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- PDB-9bch: Solution structure of the hemoglobin receptor HbpA from Corynebac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bch
タイトルSolution structure of the hemoglobin receptor HbpA from Corynebacterium diphtheriae
要素Membrane protein
キーワードPROTEIN BINDING / receptor / capping / beta-sandwich
機能・相同性membrane / Membrane protein
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mahoney, B.J. / Clubb, R.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI161828 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of hemoglobin binding and heme removal in Corynebacterium diphtheriae.
著者: Mahoney, B.J. / Lyman, L.R. / Ford, J. / Soule, J. / Cheung, N.A. / Goring, A.K. / Ellis-Guardiola, K. / Collazo, M.J. / Cascio, D. / Ton-That, H. / Schmitt, M.P. / Clubb, R.T.
履歴
登録2024年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9191
ポリマ－21,9191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Membrane protein


分子量: 21918.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A31S, TEV cleavage scar
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
遺伝子: DIP2330 / プラスミド: pMAPLe4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NEE5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
122isotropic12D 1H-15N HSQC
133isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
143isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
112isotropic13D HNCO
152isotropic13D HNCA
1102isotropic13D HN(CO)CA
192isotropic13D HN(CA)CB
182isotropic13D CBCA(CO)NH
173isotropic23D (H)CCH-COSY
163isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1142isotropic33D H(CCO)NH
1132isotropic33D 1H-15N TOCSY
1122isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1113isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1153isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1162isotropic13D 1H-15N NOESY
1172isotropic13D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution20.72 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Hemoglobin receptor HbpA, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O15N_13C_H2O_sample90% H2O/10% D2O
solution30.72 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Hemoglobin receptor HbpA, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 100% D2O15N_13C_D2O_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.72 mMHemoglobin receptor HbpA[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
0.72 mMHemoglobin receptor HbpA[U-100% 13C; U-100% 15N]3
50 mMsodium phosphatenatural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: HbpA_conditions / pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8002
Bruker AVANCE DRXBrukerAVANCE DRX5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.9.1.7Keller and Wuthrichchemical shift assignment
X-PLOR NIH3.6Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIH3.6Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
Xipp1.21.7Dan Garrettpeak picking
Xipp1.21.7Dan Garrettchemical shift assignment
UNIO10Torsten Herrmannstructure calculation
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipe11.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYNational Magnetic Resonance Facility at Madison (Wisconsin)データ解析
TALOS-NCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thorntongeometry optimization
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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