PDB-9bbd: Structure of S1_8B, a lambda-carrageenan specific sulfatase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bbd

タイトル

Structure of S1_8B, a lambda-carrageenan specific sulfatase

要素

S1_8B sulfatase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Sulfatase / carrageenan

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Pseudoalteromonas distincta (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hettle, J.A. / Vickers, C. / Boraston, A.B.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of S1_8C, a lambda-carrageenan specific sulfatase
著者: Hettle, J.A. / Vickers, C. / Boraston, A.B.

履歴

登録	2024年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bbd.cif.gz	204.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bbd.ent.gz	160.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bbd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bbd_validation.pdf.gz	471.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bbd_full_validation.pdf.gz	477.2 KB	表示
XML形式データ	9bbd_validation.xml.gz	42.3 KB	表示
CIF形式データ	9bbd_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/9bbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/9bbd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bbaC 9behC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S1_8B sulfatase

B: S1_8B sulfatase

ヘテロ分子

126 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.842, 103.087, 148.161
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	S1_8B sulfatase 分子量: 62061.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas distincta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 379分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate (pH 4.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 425774 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / R_merge(I) obs: 0.436 / Num. unique obs: 2000 / CC_1/2: 0.869

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→29.933 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2349	3107	5.11 %
R_work	0.2028	-	-
obs	0.2044	60746	93.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.933 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7310	0	73	356	7739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7579
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.898	10310
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.177	5314
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1072
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1340

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3331	0.3099	94	0.264	1571	X-RAY DIFFRACTION	57
2.3331-2.3713	0.3024	109	0.239	1925	X-RAY DIFFRACTION	70
2.3713-2.4122	0.2672	113	0.2399	2125	X-RAY DIFFRACTION	77
2.4122-2.4561	0.3316	146	0.2414	2276	X-RAY DIFFRACTION	84
2.4561-2.5033	0.3057	127	0.2529	2514	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5033-2.5544	0.3414	164	0.2553	2625	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5544-2.6099	0.2858	144	0.2487	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6099-2.6705	0.28	150	0.2372	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6705-2.7373	0.3192	145	0.2471	2769	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7373-2.8112	0.307	148	0.2509	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8112-2.8939	0.2629	162	0.2552	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8939-2.9872	0.3171	124	0.2541	2761	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9872-3.0939	0.3434	134	0.2475	2763	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0939-3.2176	0.2598	126	0.232	2814	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2176-3.3639	0.2762	129	0.2236	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3639-3.541	0.2217	151	0.1933	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
3.541-3.7624	0.1932	141	0.1749	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7624-4.0523	0.1729	159	0.1705	2753	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0523-4.4589	0.1875	140	0.1499	2793	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4589-5.1013	0.1873	151	0.1571	2813	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1013-6.4167	0.223	171	0.1809	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4167-29.933	0.1828	179	0.1909	2973	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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