PDB-9beh: Structure of GH110A in complex with galactose-6-sulfate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9beh

タイトル

Structure of GH110A in complex with galactose-6-sulfate

要素

GH110A

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Sulfatase / carrageenan

機能・相同性

: / 6-O-sulfo-beta-D-galactopyranose

機能・相同性情報

生物種

Pseudoalteromonas distincta (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.247 Å

データ登録者

Hettle, J.A. / Vickers, C. / Boraston, A.B.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of S1_8C, a lambda-carrageenan specific sulfatase
著者: Hettle, J.A. / Vickers, C. / Boraston, A.B.

履歴

登録	2024年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9beh.cif.gz	257 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9beh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9beh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9beh_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9beh_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	9beh_validation.xml.gz	54.8 KB	表示
CIF形式データ	9beh_validation.cif.gz	74.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/9beh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/9beh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bbaC 9bbdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GH110A

B: GH110A

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	230.112, 77.477, 116.031
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-988- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	GH110A 分子量: 68106.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas distincta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 2種, 6分子

#4: 糖

ChemComp-G6S / 6-O-sulfo-beta-D-galactopyranose / D-GALACTOSE-6-SULFATE / 6-O-sulfo-beta-D-galactose / 6-O-sulfo-D-galactose / 6-O-sulfo-galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス6-O-硫酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₉S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 糖

ChemComp-A1APC / 6-O-sulfo-alpha-D-galactopyranose

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₉S

-
非ポリマー , 3種, 606分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% pentaerythritol propoxylate, 0.05M KCl, 0.05M HEPES (pH 7.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.541 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.247→30 Å / Num. obs: 86709 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.247→2.29 Å / R_merge(I) obs: 0.566 / Num. unique obs: 4700 / CC_1/2: 0.815 / R_pim(I) all: 0.373

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.247→19.969 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2324	4332	5 %
R_work	0.2012	-	-
obs	0.2028	86709	97.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.247→19.969 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9135	0	107	595	9837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9435
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.904	12812
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.386	5600
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1433
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1666

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2475-2.273	0.3389	98	0.2557	2120	X-RAY DIFFRACTION	75
2.273-2.2997	0.2879	175	0.2485	2585	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2997-2.3277	0.2871	145	0.2434	2660	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3277-2.3571	0.2829	134	0.2362	2680	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3571-2.3881	0.2827	142	0.2332	2670	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3881-2.4207	0.2769	155	0.2487	2707	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4207-2.4552	0.2979	137	0.2495	2693	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4552-2.4918	0.2858	141	0.2612	2717	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4918-2.5307	0.3032	136	0.2437	2707	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5307-2.5721	0.2952	143	0.244	2712	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5721-2.6163	0.2741	165	0.2374	2672	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6163-2.6638	0.288	153	0.2305	2758	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6638-2.7149	0.2942	149	0.246	2754	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7149-2.7702	0.2798	145	0.2419	2786	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7702-2.8303	0.2484	126	0.2408	2781	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8303-2.8959	0.2612	161	0.2474	2756	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8959-2.9681	0.2886	138	0.2317	2830	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9681-3.0481	0.2855	135	0.2309	2744	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0481-3.1375	0.3131	157	0.2282	2805	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1375-3.2383	0.2586	136	0.2101	2821	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2383-3.3535	0.2064	132	0.2025	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3535-3.4871	0.2164	154	0.1959	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4871-3.6449	0.2034	155	0.1682	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6449-3.8358	0.2251	136	0.1718	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8358-4.0742	0.2013	141	0.1697	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0742-4.3858	0.1793	147	0.1665	2820	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3858-4.8215	0.1471	145	0.1517	2846	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8215-5.5063	0.1856	153	0.1714	2818	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5063-6.8897	0.235	156	0.2062	2838	X-RAY DIFFRACTION	99
6.8897-19.969	0.218	142	0.2013	2924	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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