PDB-9bba: Structure of S1_8C, a lambda-carrageenan specific sulfatase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bba

タイトル

Structure of S1_8C, a lambda-carrageenan specific sulfatase

要素

S1_8C sulfatase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Sulfatase / carrageenan

生物種

Pseudoalteromonas distincta (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.201 Å

データ登録者

Hettle, J.A. / Vickers, C. / Boraston, A.B.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of S1_8C, a lambda-carrageenan specific sulfatase
著者: Hettle, J.A. / Vickers, C. / Boraston, A.B.

履歴

登録	2024年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bba.cif.gz	478.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bba.ent.gz	389.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bba.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bba_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bba_full_validation.pdf.gz	464.5 KB	表示
XML形式データ	9bba_validation.xml.gz	93.4 KB	表示
CIF形式データ	9bba_validation.cif.gz	121.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/9bba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/9bba	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bbdC 9behC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S1_8C sulfatase

B: S1_8C sulfatase

C: S1_8C sulfatase

D: S1_8C sulfatase

ヘテロ分子

300 kDa, 4 ポリマー
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1

A: S1_8C sulfatase

B: S1_8C sulfatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
150 kDa, 2 ポリマー
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2

C: S1_8C sulfatase

D: S1_8C sulfatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
150 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.897, 54.565, 159.287
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	S1_8C sulfatase 分子量: 74903.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas distincta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 3350, 0.15 M sodium nitrate, 5% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 123433 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / R_merge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 5100 / CC_1/2: 0.824 / R_pim(I) all: 0.231

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.201→29.155 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	6038	4.92 %
R_work	0.1874	-	-
obs	0.1899	122669	97.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.201→29.155 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19119	0	11	455	19585

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	19645
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1	26658
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.495	7168
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	2871
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3475

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.201-2.2257	0.3093	164	0.2215	3262	X-RAY DIFFRACTION	83
2.2257-2.2519	0.284	168	0.2163	3673	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2519-2.2794	0.2727	171	0.2205	3735	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2794-2.3082	0.2928	177	0.2117	3687	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3082-2.3386	0.2773	181	0.2078	3737	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3386-2.3706	0.2761	178	0.2175	3833	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3706-2.4044	0.3015	219	0.2219	3725	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4044-2.4403	0.2988	203	0.2276	3791	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4403-2.4784	0.3414	216	0.2239	3875	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4784-2.519	0.2861	189	0.2209	3773	X-RAY DIFFRACTION	97
2.519-2.5624	0.3041	204	0.2204	3864	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5624-2.609	0.2679	213	0.2259	3943	X-RAY DIFFRACTION	98
2.609-2.6592	0.2762	218	0.2142	3899	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6592-2.7134	0.2869	209	0.2132	3960	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7134-2.7723	0.2983	227	0.2178	3895	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7723-2.8368	0.2829	200	0.2203	3990	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8368-2.9077	0.2783	196	0.2306	3933	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9077-2.9862	0.2772	201	0.2246	3921	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9862-3.074	0.309	201	0.2255	3974	X-RAY DIFFRACTION	99
3.074-3.1731	0.2608	240	0.2217	3879	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1731-3.2864	0.2732	215	0.2253	3954	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2864-3.4177	0.268	187	0.2045	4040	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4177-3.573	0.223	188	0.1913	3997	X-RAY DIFFRACTION	100
3.573-3.761	0.2154	189	0.1711	4012	X-RAY DIFFRACTION	100
3.761-3.9961	0.2132	221	0.1619	3964	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9961-4.3038	0.1822	225	0.1486	3993	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3038-4.7352	0.167	186	0.1317	4026	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7352-5.4166	0.1916	213	0.1436	4060	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4166-6.81	0.2195	196	0.1647	4096	X-RAY DIFFRACTION	100
6.81-29.155	0.1625	243	0.1513	4140	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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