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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9bb7 | ||||||
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タイトル | Backbone Modification in the GA Module of Protein PAB: ACPC residues at positions 5 and 39, beta3 residue at position 26 | ||||||
要素 | Peptostreptococcal albumin-binding protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / helix bundle / designed variant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Finegoldia magna (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Lin, Y. / Horne, W.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2024 タイトル: Backbone Modification in a Protein Hydrophobic Core. 著者: Lin, Y. / Horne, W.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9bb7.cif.gz | 166 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9bb7.ent.gz | 138.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9bb7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9bb7_validation.pdf.gz | 440 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9bb7_full_validation.pdf.gz | 553.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9bb7_validation.xml.gz | 21.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9bb7_validation.cif.gz | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/9bb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/9bb7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9bb1C 9bb2C 9bb3C 9bb4C 9bb5C 9bb6C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5158.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Finegoldia magna (バクテリア) / 参照: UniProt: Q51911 |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.88 mM GA Module of Protein PAB: ACPC residues at positions 5 and 39, beta3 residue at position 26, 0.19 mM DSS, 90% H2O/10% D2O Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 1 mM / Label: conditions_1 / pH: 5.6 pH* / 圧: 1 atm / 温度: 300 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |