PDB-9bal: Surface glycan-binding protein A (SGBP-A, SusD-like) from a mixed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bal

タイトル

Surface glycan-binding protein A (SGBP-A, SusD-like) from a mixed-linkage beta-glucan utilization locus in Segatella copri in complex with cellopentaose

要素

Surface glycan-binding protein A (SGBP-A)

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / glycan-binding protein / SGBP-A / mixed-linkage beta-glucan / cellopentaose

機能・相同性

SusD-like 2 / Starch-binding associating with outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / metal ion binding / beta-cellopentaose / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Segatella copri DSM 18205 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Cordeiro, R.L. / Golisch, B. / Brumer, H. / Van Petegem, F.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: The molecular basis of cereal mixed-linkage beta-glucan utilization by the human gut bacterium Segatella copri.
著者: Golisch, B. / Cordeiro, R.L. / Fraser, A.S.C. / Briggs, J. / Stewart, W.A. / Van Petegem, F. / Brumer, H.

履歴

登録	2024年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bal.cif.gz	311.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bal.ent.gz	206.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bal.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bal_validation.pdf.gz	963.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bal_full_validation.pdf.gz	964.5 KB	表示
XML形式データ	9bal_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	9bal_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/9bal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/9bal	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bamC 9bjxC 9bmkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Surface glycan-binding protein A (SGBP-A)

ヘテロ分子

65.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.960, 77.410, 100.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Surface glycan-binding protein A (SGBP-A)

分子量: 64702.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Segatella copri DSM 18205 (バクテリア)
遺伝子: PREVCOP_05098 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D1PD12

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellopentaose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION

分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5) and 23% (w/v) Polyethylene glycol (PEG) 8,000 Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→42.03 Å / Num. obs: 86193 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 16.23 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.01551 / Net I/σ(I): 18.83
反射シェル	解像度: 1.5→1.554 Å / R_merge(I) obs: 0.1393 / Num. unique obs: 8470 / CC_1/2: 0.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→42.03 Å / SU ML: 0.118 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.951
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1667	4307	5 %
R_work	0.1493	81868	-
obs	0.1502	86175	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→42.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4412	0	57	497	4966

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	4760
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9696	6501
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	704
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0086	847
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.7251	661

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.2116	140	0.1784	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.52-1.53	0.1889	144	0.1635	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.53-1.55	0.1559	139	0.1557	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.55-1.57	0.1931	144	0.1522	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.57-1.59	0.1784	141	0.1566	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.62	0.1764	144	0.1562	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.62-1.64	0.2078	142	0.1522	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.64-1.66	0.1965	141	0.1526	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.1804	143	0.1517	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.69-1.72	0.2044	142	0.1459	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.72-1.75	0.1824	142	0.1585	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.78	0.161	143	0.159	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.78-1.81	0.1898	143	0.1589	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.85	0.1719	143	0.1579	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.85-1.89	0.1799	144	0.1569	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.89-1.93	0.208	142	0.1492	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.98	0.1754	141	0.1541	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.98-2.04	0.1683	145	0.1509	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.1	0.1674	143	0.1487	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.16	0.1597	144	0.1518	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.24	0.1704	143	0.1453	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.33	0.1759	144	0.15	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.44	0.1528	144	0.1514	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.56	0.1693	144	0.1531	2739	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.56-2.73	0.1831	145	0.1612	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.94	0.1759	146	0.1599	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.94-3.23	0.1614	147	0.158	2789	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.23-3.7	0.1605	146	0.1432	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.7-4.66	0.1298	148	0.1245	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-42.03	0.1574	150	0.1454	2866	X-RAY DIFFRACTION	97.04

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -17.0281429102 Å / Origin y: 16.6401230054 Å / Origin z: -21.7522585471 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0981057535367 Å²	-0.00338376317446 Å²	0.00765629204041 Å²	-	0.104063276002 Å²	0.0133477676806 Å²	-	-	0.114796977437 Å²
L	0.571116586354 °²	0.0930545762516 °²	0.144219921928 °²	-	0.425890801024 °²	0.107228210382 °²	-	-	0.485427243934 °²
S	0.0336975986867 Å °	-0.0237443303421 Å °	-0.00380730487743 Å °	0.0177761901598 Å °	-0.0320120638137 Å °	-0.0384354195683 Å °	-0.018197088067 Å °	0.0585702808897 Å °	-0.00165756646202 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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