PDB-9bak: Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bak

タイトル

Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex with aryl sulfonyl fluoride compounds.

要素

Isoform 2B of GTPase KRas

キーワード

HYDROLASE / KRAS / cancer / GTPase / covalent inhibitor / sulfonyl fluoride

機能・相同性

機能・相同性情報

forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / type I pneumocyte differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants ...forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / type I pneumocyte differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / glial cell proliferation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Erythropoietin activates RAS / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / positive regulation of glial cell proliferation / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / Signaling by FGFR2 in disease / striated muscle cell differentiation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / RAF activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / cytoplasmic side of plasma membrane / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / DAP12 signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / G protein activity / actin cytoskeleton organization / Ca2+ pathway / RAF/MAP kinase cascade / neuron apoptotic process / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / Ras protein signal transduction / Golgi membrane / focal adhesion / GTPase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Landgraf, A.D. / Brenner, R.J. / Ghozayel, M.K. / Bum-Erdene, K. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Meroueh, S.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2025
タイトル: Small-Molecule KRAS Inhibitors by Tyrosine Covalent Bond Formation.
著者: Landgraf, A.D. / Brenner, R. / Ghozayel, M.K. / Bum-Erdene, K. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Meroueh, S.O.

履歴

登録	2024年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bak.cif.gz	506.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bak.ent.gz	347.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bak.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/9bak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/9bak	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似性 (6)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
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#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (6)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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#267 - 2022年3月
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
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#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
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#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
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#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (2)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (2)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (2)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2B of GTPase KRas

B: Isoform 2B of GTPase KRas

C: Isoform 2B of GTPase KRas

D: Isoform 2B of GTPase KRas

ヘテロ分子

80.1 kDa, 4 ポリマー
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1

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単位格子

Length a, b, c (Å)	35.867, 83.885, 104.689
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras 分子量: 19255.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-WN3 / 3-[bis(oxidanylidene)-$l^{5}-sulfanyl]-~{N}-pyridazin-3-yl-benzenesulfonamide 分子量: 299.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₉N₃O₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium chloride 0.2 M and PEG 3350 20%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0722 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0722 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→104.69 Å / Num. obs: 69748 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 11.97 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.105 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.67→1.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 12897 / CC_1/2: 0.596 / R_pim(I) all: 0.535 / R_rim(I) all: 1.036 / R_sym value: 0.885 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.67→52.34 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 20.99 / 位相誤差: 34.3353
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2886	3326	5.1 %
R_work	0.2703	61864	-
obs	0.2743	65190	90.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→52.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5310	0	192	639	6141

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0033	5615
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6928	7608
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0446	836
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	967
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	0	0

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.69	0.2838	183	0.3045	3324	X-RAY DIFFRACTION	91.65
1.69-1.73	0.3127	148	0.3047	3361	X-RAY DIFFRACTION	92.59
1.73-1.76	0.2977	162	0.318	3283	X-RAY DIFFRACTION	92.22
1.76-1.79	0.3586	150	0.3263	3397	X-RAY DIFFRACTION	92.97
1.79-1.83	0.4248	143	0.3703	3256	X-RAY DIFFRACTION	91.38
1.83-1.88	0.4805	116	0.5171	2045	X-RAY DIFFRACTION	56.21
1.88-1.92	0.8165	121	0.7817	2057	X-RAY DIFFRACTION	57.43
1.92-1.98	0.3849	107	0.3618	1991	X-RAY DIFFRACTION	54.56
1.98-2.03	0.2502	173	0.2469	3299	X-RAY DIFFRACTION	92.98
2.03-2.1	0.2532	185	0.2297	3398	X-RAY DIFFRACTION	93.02
2.1-2.17	0.2692	187	0.2252	3332	X-RAY DIFFRACTION	92.94
2.17-2.26	0.4045	121	0.3706	2122	X-RAY DIFFRACTION	58.36
2.26-2.36	0.3062	140	0.2861	3222	X-RAY DIFFRACTION	90.25
2.36-2.49	0.2549	213	0.2162	3378	X-RAY DIFFRACTION	92.9
2.49-2.64	0.2609	157	0.2249	3412	X-RAY DIFFRACTION	94.52
2.65-2.85	0.2156	176	0.2232	3434	X-RAY DIFFRACTION	94.29
2.85-3.14	0.2467	198	0.2051	3377	X-RAY DIFFRACTION	93.73
3.14-3.59	0.2235	200	0.1839	3445	X-RAY DIFFRACTION	93.82
3.59-4.52	0.2089	186	0.2048	3318	X-RAY DIFFRACTION	90.9
4.52-52.34	0.195	189	0.1909	3484	X-RAY DIFFRACTION	94.26

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.54479948324	1.37185385435	-0.722777699349	2.16700165434	-0.838827689445	1.36895950167	-0.099435490842	0.302998356318	0.169841060987	0.177911188216	-0.0243690077223	0.184280164836	-0.437233511198	-0.359208334069	0.191117024804	0.187939376571	0.0488314953295	0.00445461705553	0.273827613499	-0.0526823053872	0.159165896489	12.2587308802	-29.2401794604	45.1838408905
2	0.625257808052	-0.0324732934402	0.115158238814	1.92916548674	0.784410293698	0.80405096315	-0.0240055759481	-0.122896187821	0.00546407885438	-0.241978672306	0.156950127667	-0.0221945800974	-0.0768115406834	-0.0239229144324	-0.00195582659302	0.120715086459	-0.0546335971	-0.0303996024229	0.276573525661	-0.0225632310488	0.0735860432371	23.178352815	-32.9662213975	30.6550555421
3	2.03352110565	-0.206979094173	-1.32431347375	0.905530313637	0.115679260097	2.30455142076	-0.0420154671551	0.518394578186	0.349101127511	-0.467393461446	0.196318501435	-0.0263318932502	-0.0407254703838	-0.331682611045	-0.100435378659	0.121799235841	-0.0207848038888	0.0234419185131	0.11118019428	0.0368811734964	0.23824195928	27.3310242669	-18.9241533743	33.9419518351
4	2.24447276735	0.784278117278	1.05972283709	2.13409087632	0.484681247303	2.795979978	-0.13145145898	-0.0701561130409	-0.212480983185	-0.189824269463	0.0547390533877	-0.121353038441	-0.100376727003	0.00998215889053	0.130043085171	0.0889364680467	-0.0200222294353	-0.00503421305611	0.119478321285	0.00313779672659	0.108862311946	11.1123117539	-12.6273839334	7.61199568501
5	1.01535616994	0.73162698877	0.55116596484	5.78055342784	-0.13123221163	1.61514056858	-0.0858110165127	-0.455879557545	0.150400989437	0.101528534279	0.0867695617113	0.786798762374	-0.151422056901	-0.283108388341	0.0912545855992	0.102256646315	0.0200885544235	-0.0316399227765	0.338966763333	-0.0182850989186	0.118356613356	5.94234536393	-7.42909330512	20.4642739422
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13	0.871433829127	-0.145275888268	-0.169472382803	5.19835845082	0.921496677687	1.69544412219	0.180368393013	0.154594419958	-0.113121039505	0.0923051060091	-0.0635873082473	0.209893860266	0.13071848478	-0.396817441047	-0.0215593000782	0.0825272235344	-0.00521286326175	-0.0332939169959	0.294849076585	-0.0265374171118	0.095564816859	-10.7447379163	5.71930570445	33.5543097866
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15	4.12352937639	-2.79272512893	1.41819284021	5.21252927935	-0.127070749855	5.38852712804	-0.00314541178114	0.170076169373	-0.0298692847098	-0.459511095213	0.176369937593	0.033737940476	0.555913115117	0.0559152582619	-0.235832037393	0.254237313078	-0.108563281123	-0.081235800309	0.320526695796	0.00216723030131	0.161564795838	-8.4240487947	8.78932684495	22.1768553801
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18	0.942471320961	0.151335246334	0.126222878125	0.830034150915	0.758591134803	1.4501342384	0.035754883511	-0.10984542505	-0.0876744080059	0.229600510711	-0.257592717705	-0.166778896537	-0.0207214137719	0.117429663359	0.0903601473898	0.188189064149	0.0833984533804	-0.00370825067903	0.384113818705	0.0847313058636	0.0953371226955	28.9059267034	-25.9105919354	46.3385230792

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid 58 through 74 )	C	I	58 - 74	58 - 74
2	2	chain 'C' and (resid 75 through 151 )	C	I	75 - 151	75 - 151
3	3	chain 'C' and (resid 152 through 167 )	C	I	152 - 167	152 - 167
4	4	chain 'D' and (resid 1 through 83 )	D	M	1 - 83	1 - 83
5	5	chain 'D' and (resid 84 through 126 )	D	M	84 - 126	84 - 126
6	6	chain 'D' and (resid 127 through 166 )	D	M	127 - 166	127 - 166
7	7	chain 'A' and (resid 1 through 37 )	A	A	1 - 37	1 - 37
8	8	chain 'A' and (resid 38 through 74 )	A	A	38 - 74	38 - 74
9	9	chain 'A' and (resid 75 through 151 )	A	A	75 - 151	75 - 151
10	10	chain 'A' and (resid 152 through 167 )	A	A	152 - 167	152 - 167
11	11	chain 'B' and (resid 1 through 37 )	B	E	1 - 37	1 - 37
12	12	chain 'B' and (resid 38 through 74 )	B	E	38 - 74	38 - 74
13	13	chain 'B' and (resid 75 through 92 )	B	E	75 - 92	75 - 92
14	14	chain 'B' and (resid 93 through 126 )	B	E	93 - 126	93 - 126
15	15	chain 'B' and (resid 127 through 137 )	B	E	127 - 137	127 - 137
16	16	chain 'B' and (resid 138 through 166 )	B	E	138 - 166	138 - 166
17	17	chain 'C' and (resid 1 through 25 )	C	I	1 - 25	1 - 25
18	18	chain 'C' and (resid 26 through 57 )	C	I	26 - 57	26 - 57

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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