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Yorodumi- PDB-9bai: Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9bai | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex with aryl sulfonyl fluoride compounds. | |||||||||
Components | (Isoform 2B of GTPase ...) x 2 | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / KRAS / cancer / GTPase / covalent inhibitor / sulfonyl fluoride | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationresponse to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation ...response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / myoblast proliferation / skeletal muscle cell differentiation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of glial cell proliferation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / protein-membrane adaptor activity / Tie2 Signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / SHC1 events in EGFR signaling / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / Downstream signal transduction / GRB2 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / response to glucocorticoid / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / liver development / female pregnancy / RAF activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / Regulation of RAS by GAPs / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of cellular senescence / DAP12 signaling / MAPK cascade / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.49 Å | |||||||||
Authors | Landgraf, A.D. / Brenner, R.J. / Ghozayel, M.K. / Bum-Erdene, K. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Meroueh, S. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Chemmedchem / Year: 2025Title: Small-Molecule KRAS Inhibitors by Tyrosine Covalent Bond Formation. Authors: Landgraf, A.D. / Brenner, R. / Ghozayel, M.K. / Bum-Erdene, K. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Meroueh, S.O. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9bai.cif.gz | 509.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9bai.ent.gz | 348.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9bai.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/9bai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/9bai | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9bajC ![]() 9bakC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Isoform 2B of GTPase ... , 2 types, 4 molecules ACBD
| #1: Protein | Mass: 19255.693 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C118S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KRAS, KRAS2, RASK2 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 19271.693 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C118S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KRAS, KRAS2, RASK2 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 930 molecules 




| #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-WMU / Mass: 298.338 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Formula: C11H10N2O4S2 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Chemical | ChemComp-GDP / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.65 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Ammonium chloride 0.2 M and PEG 3350 20%. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1.0722 Å |
| Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: Oct 21, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0722 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.49→104.55 Å / Num. obs: 98547 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 13.16 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.1 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 9.9 |
| Reflection shell | Resolution: 1.49→1.52 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4602 / CC1/2: 0.539 / Rpim(I) all: 0.497 / Rrim(I) all: 0.915 / Rsym value: 0.763 / % possible all: 92.5 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.49→65.46 Å / SU ML: 0.1754 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.0745 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 19.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.49→65.46 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation

PDBj























