PDB-9ba3: High-resolution crystal structure of the ligand binding domain of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ba3

タイトル

High-resolution crystal structure of the ligand binding domain of the Halomonas titanicae chemoreceptor Htc10 in complex with guanine

要素

Chemotaxis protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Halomonas titanicae / chemoreceptor / guanine

機能・相同性

機能・相同性情報

chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Halomonas titanicae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ramos Ricciuti, F.E. / Herrera Seitz, M.K. / Gasperotti, A.F. / Boyko, A. / Jung, K. / Bellinzoni, M. / Lisa, M.N. / Studdert, C.A.

資金援助

アルゼンチン, 2件

組織	認可番号	国
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)	PICT2016-1629	アルゼンチン
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)	PICT2020-3814	アルゼンチン

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: The chemoreceptor controlling the Wsp-like transduction pathway in Halomonas titanicae KHS3 binds and responds to purine derivatives.
著者: Ramos Ricciuti, F.E. / Soldano, A. / Herrera Seitz, M.K. / Gasperotti, A.F. / Boyko, A. / Jung, K. / Bellinzoni, M. / Lisa, M.N. / Studdert, C.A.

履歴

登録	2024年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ba3.cif.gz	454.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ba3.ent.gz	307.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ba3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/9ba3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/9ba3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9b9sC 9b9xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (7) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Chemotaxis protein

B: Chemotaxis protein

C: Chemotaxis protein

D: Chemotaxis protein

E: Chemotaxis protein

F: Chemotaxis protein

ヘテロ分子

195 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Chemotaxis protein

B: Chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Chemotaxis protein

D: Chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.2 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Chemotaxis protein

F: Chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.346, 104.496, 145.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 50 through 82 or resid 84 through 158 or resid 160 through 204))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 50 through 82 or resid 84 through 158 or resid 160 through 204))
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 50 through 82 or resid 84 through 158 or resid 160 through 204))
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 50 through 82 or resid 84 through 158 or resid 160 through 204))
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 50 through 82 or resid 84 through 158 or resid 160 through 204))
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 50 through 82 or resid 84 through 158 or resid 160 through 204))
d_1	ens_2	chain "H"
d_2	ens_2	chain "I"
d_3	ens_2	chain "J"
d_4	ens_2	chain "K"
d_5	ens_2	chain "L"
d_6	ens_2	chain "M"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	LEU	LEU	GLU	GLU	A	A	50 - 82	21 - 53
d_1	2	ens_1	TRP	TRP	TYR	TYR	A	A	84 - 158	55 - 129
d_1	3	ens_1	LEU	LEU	SER	SER	A	A	160 - 204	131 - 175
d_2	1	ens_1	LEU	LEU	GLU	GLU	B	B	50 - 82	21 - 53
d_2	2	ens_1	TRP	TRP	TYR	TYR	B	B	84 - 158	55 - 129
d_2	3	ens_1	LEU	LEU	SER	SER	B	B	160 - 204	131 - 175
d_3	1	ens_1	LEU	LEU	GLU	GLU	C	C	50 - 82	21 - 53
d_3	2	ens_1	TRP	TRP	TYR	TYR	C	C	84 - 158	55 - 129
d_3	3	ens_1	LEU	LEU	SER	SER	C	C	160 - 204	131 - 175
d_4	1	ens_1	LEU	LEU	GLU	GLU	D	D	50 - 82	21 - 53
d_4	2	ens_1	TRP	TRP	TYR	TYR	D	D	84 - 158	55 - 129
d_4	3	ens_1	LEU	LEU	SER	SER	D	D	160 - 204	131 - 175
d_5	1	ens_1	LEU	LEU	GLU	GLU	E	E	50 - 82	21 - 53
d_5	2	ens_1	TRP	TRP	TYR	TYR	E	E	84 - 158	55 - 129
d_5	3	ens_1	LEU	LEU	SER	SER	E	E	160 - 204	131 - 175
d_6	1	ens_1	LEU	LEU	GLU	GLU	F	F	50 - 82	21 - 53
d_6	2	ens_1	TRP	TRP	TYR	TYR	F	F	84 - 158	55 - 129
d_6	3	ens_1	LEU	LEU	SER	SER	F	F	160 - 204	131 - 175
d_1	1	ens_2	GUN	GUN	GUN	GUN	E	K	401
d_2	1	ens_2	GUN	GUN	GUN	GUN	C	I	401
d_3	1	ens_2	GUN	GUN	GUN	GUN	B	H	401
d_4	1	ens_2	GUN	GUN	GUN	GUN	D	J	401
d_5	1	ens_2	GUN	GUN	GUN	GUN	A	G	401
d_6	1	ens_2	GUN	GUN	GUN	GUN	F	L	401

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.130305847618, -0.0384781050463, -0.990726915708), (-0.0282590434285, -0.998984823066, 0.0350820430975), (-0.991071043135, 0.0234255995748, -0.131260918569)	-2.98970209917, -35.9166587606, -2.35084519527
2	given	(-0.771460125874, 0.00296278532161, -0.636270772619), (-0.0216264974927, -0.999533466473, 0.0215671974662), (-0.635910031995, 0.0303985411408, 0.77116428853)	-17.4911221365, -18.7684721482, -19.449278234
3	given	(0.530865859847, -0.0692372779559, 0.844622778635), (0.0210175826687, 0.997426051172, 0.0685531448058), (-0.847195195966, -0.0186405950888, 0.530954638503)	-15.0255143966, 17.5895517952, -20.1331381876
4	given	(-0.920255447286, 0.025261985695, 0.390501912695), (-0.0393241202326, -0.998832568691, -0.0280555393858), (0.389337289901, -0.0411744071122, 0.920174517628)	-37.5843249182, -0.919505539609, -10.6922579988
5	given	(-0.463203849361, -0.0764825709168, 0.882945417499), (0.00415864261741, 0.996070747045, 0.0884633967961), (-0.886242009627, 0.0446484403656, -0.461065740589)	-38.1802437235, 35.7528073954, -12.2189399508
6	given	(0.564399158724, 0.0872649395237, -0.820876616771), (-0.0928050885531, 0.994800377209, 0.0419455008793), (0.820268739603, 0.052507521702, 0.569563126435)	-3.55517065497, -21.8541324506, 16.7461100069
7	given	(-0.400271904758, -0.0252227105834, -0.916049243836), (-0.0881146870829, 0.996048748346, 0.0110766799903), (0.912150318852, 0.0851510762712, -0.400912820983)	-26.8300207211, -39.2635332036, 28.3666492741
8	given	(-0.218884295253, 0.0658196956783, 0.973528342141), (0.0522716730687, -0.99549864872, 0.0790576535851), (0.974349699793, 0.0681924340129, 0.214458514537)	-13.4432753851, 19.8446457823, 18.7957488915
9	given	(-0.94794944119, -0.0913637856213, 0.305031991148), (0.0949543800894, -0.995476869529, -0.00307700104088), (0.303933418118, 0.0260472822096, 0.952337133814)	-33.1528526328, 3.48406698082, 20.5744610551
10	given	(0.727868615196, 0.146722148814, 0.66983571871), (0.106080011434, -0.989173922924, 0.101400105433), (0.67746166695, -0.00274977362279, -0.735552940691)	-3.71199669448, 40.6291268257, 5.85617905465

#1: タンパク質	Chemotaxis protein / Htc10 分子量: 32430.799 Da / 分子数: 6 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Halomonas titanicae (バクテリア) 遺伝子: RO22_21155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C3EFW7
#2: 化合物	ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン分子量: 151.126 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 200 mM (NH4)2SO4, 100 mM sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30% w/v polyethylene glycol 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→89.35 Å / Num. obs: 80249 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / B_iso Wilson estimate: 37.79 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / R_merge(I) obs: 1.31 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4521 / CC_1/2: 0.759 / R_pim(I) all: 0.441 / R_rim(I) all: 1.383

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→84.9 Å / SU ML: 0.303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2117
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2384	4034	5.03 %
R_work	0.2107	76093	-
obs	0.2121	80127	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→84.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7537	0	66	570	8173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0039	7797
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.646	10618
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0445	1125
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	1430
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.6859	2842

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.33501704499
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.28942877677
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.00018545407
ens_1	d_5	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.762427657312
ens_1	d_6	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.966129061449
ens_2	d_2	K	E	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.00152894833028
ens_2	d_3	K	E	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.0021261711637
ens_2	d_4	K	E	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.00205552231435
ens_2	d_5	K	E	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.00149261494245
ens_2	d_6	K	E	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.00198083256432

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.4067	142	0.3553	2589	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.12-2.15	0.3836	142	0.3498	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.15-2.18	0.3953	120	0.3363	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.18-2.21	0.3295	140	0.3019	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.21-2.24	0.3118	124	0.3155	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.24-2.27	0.3175	149	0.2923	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.27-2.3	0.3454	153	0.2997	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.3-2.34	0.3091	122	0.2895	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.34-2.38	0.3297	152	0.2834	2572	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.38-2.42	0.3579	147	0.2765	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.42-2.46	0.2924	126	0.2701	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.46-2.51	0.3359	122	0.2599	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.51-2.56	0.3367	112	0.2626	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.56-2.62	0.3594	147	0.2676	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.68	0.2598	141	0.2575	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.74	0.322	115	0.2595	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.74-2.82	0.2924	142	0.2359	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.9	0.2964	142	0.2349	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.99	0.248	137	0.2337	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.1	0.2742	139	0.2184	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.23	0.2545	140	0.2062	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.23-3.37	0.2277	145	0.2071	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.37-3.55	0.2048	126	0.1833	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.77	0.2055	161	0.1718	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.06	0.193	135	0.1671	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.47	0.1536	140	0.1512	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-5.12	0.1665	144	0.1481	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.12-6.45	0.2109	147	0.1794	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
6.45-84.9	0.1918	182	0.1932	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.53157287203	0.667169061283	-0.010532390745	4.68078323119	-0.214192758473	3.67160092567	-0.0971986430573	-0.0373258380101	0.163054828796	0.0610011701503	0.00464541699653	-0.280239976638	-0.293950718509	0.119850355835	0.0999064880736	0.186743316569	0.00380282770308	-0.0484812819171	0.221207044181	-0.0394954439809	0.256331355886	8.803	-4.196	-6.544
2	2.70672106354	0.262587874437	-0.464302435859	3.18350638801	0.777272756704	4.01162447278	-0.137822249714	-0.0397816689056	-0.155223106326	-0.12103959759	-0.0490035553805	-0.0304414694367	0.347944671711	0.216710780506	0.152630038224	0.258723310253	0.0611448771652	0.0246031659523	0.21956221418	0.0261770155297	0.241575191926	4.703	-32.159	-10.2
3	3.49634052728	0.301813437413	0.577015581556	3.80646951246	0.368461019866	3.73317645443	0.107155682251	0.262765035432	-0.208958367269	-0.087153964391	0.0193940742078	0.0635565147534	0.427128854864	-0.0104692917202	-0.0912903611306	0.277950779592	-0.014350626674	-0.0453584671108	0.22322438572	-0.0103536909405	0.251161454308	-20.13	-14.849	-29.995
4	2.45354841392	0.175459710957	0.0469321498432	2.81204791905	-1.60875102266	4.93603769549	-0.0885216488871	0.128554883274	0.0829330163997	-0.12250181095	0.0813652273279	-0.0555172875051	-0.283779166776	0.0122244948302	0.024801234095	0.202912751083	-0.0121935387837	0.0223960126565	0.210667193345	0.00627963655407	0.264831163143	-15.45	13.063	-30.816
5	2.61319713581	1.21936904643	-0.0825700452316	4.1002371661	-0.723748819859	3.33305845129	0.150248789301	0.0459757166167	-0.047361570529	-0.150683832536	-0.0498455294051	0.229909591723	0.260755409894	-0.148986906615	-0.0221575189794	0.195823904978	0.0109863756308	-0.0417333405577	0.229072852284	0.0154692426741	0.232034358018	-48.353	3.058	-12.866
6	4.28325923979	-0.892042912566	-0.200338759821	3.76672695237	-1.10815134631	3.27189894335	0.0585724030546	-0.0285306850368	0.409585818586	-0.00917462319904	-0.0777622601419	0.244473882124	-0.4681148067	-0.244214418804	0.0469335698563	0.319905772515	0.0120384251725	-0.0591245335061	0.229896642026	-0.0304374605622	0.320643750703	-47.356	31.01	-17.341

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 49:179 )	A	49 - 179
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 50:179 )	B	50 - 179
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 50:179 )	C	50 - 179
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 49:176 )	D	49 - 176
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND RESID 49:176 )	E	49 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN F AND RESID 50:177 )	F	50 - 177

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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