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- PDB-9b9s: Crystal structure of the ligand binding domain of the Halomonas t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b9s
タイトルCrystal structure of the ligand binding domain of the Halomonas titanicae chemoreceptor Htc10 in complex with guanine
要素Chemotaxis protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Halomonas titanicae / chemoreceptor / guanine
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANINE / Chemotaxis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halomonas titanicae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Ramos Ricciuti, F.E. / Herrera Seitz, M.K. / Gasperotti, A.F. / Boyko, A. / Jung, K. / Bellinzoni, M. / Lisa, M.N. / Studdert, C.A.
資金援助 アルゼンチン, 2件
組織認可番号国
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)PICT2016-1629 アルゼンチン
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)PICT2020-3814 アルゼンチン
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: The chemoreceptor controlling the Wsp-like transduction pathway in Halomonas titanicae KHS3 binds and responds to purine derivatives.
著者: Ramos Ricciuti, F.E. / Soldano, A. / Herrera Seitz, M.K. / Gasperotti, A.F. / Boyko, A. / Jung, K. / Bellinzoni, M. / Lisa, M.N. / Studdert, C.A.
履歴
登録2024年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7702
ポリマ－32,6181
非ポリマー1511
水00
1
A: Chemotaxis protein
ヘテロ分子

A: Chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5394
ポリマ－65,2372
非ポリマー3022
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
Buried area2600 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area20930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.537, 178.537, 89.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Chemotaxis protein / Htc10


分子量: 32618.377 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halomonas titanicae (バクテリア)
遺伝子: RO22_21155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C3EFW7
#2: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE


分子量: 151.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: sodium acetate pH 4.6, 2 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.967697 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.967697 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→77.38 Å / Num. obs: 6446 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 124.54 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.6→3.94 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.836 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1530 / CC1/2: 0.828 / Rpim(I) all: 0.307 / Rrim(I) all: 0.893 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.6→51.54 Å / SU ML: 0.2576 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.7895
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2862 346 5.38 %
Rwork0.2525 6091 -
obs0.2544 6437 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 115.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→51.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1714 0 11 0 1725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00251760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56222391
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0395260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2265644
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-4.540.29481650.29613021X-RAY DIFFRACTION100
4.54-51.540.28241810.23353070X-RAY DIFFRACTION99.79
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.81247454188 Å / Origin y: 40.1951123091 Å / Origin z: 37.9664421052 Å
111213212223313233
T0.656866943793 Å2-0.0229479410741 Å2-0.0215665554207 Å2-0.697818098973 Å20.231669097366 Å2--0.825694103881 Å2
L3.30943191973 °20.284572690966 °20.480084564809 °2-0.743160966929 °20.24530112839 °2--0.972408294458 °2
S0.140345824682 Å °0.186383291746 Å °-0.416736186286 Å °0.0451325590881 Å °-0.24080340363 Å °-0.466714707195 Å °0.329407418796 Å °0.23510626784 Å °0.0740216460558 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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