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- PDB-9b9h: Crystal structure of the ternary complex of DCAF1 and WDR5 with P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b9h
タイトルCrystal structure of the ternary complex of DCAF1 and WDR5 with PROTAC, OICR-40333
要素
  • DDB1- and CUL4-associated factor 1
  • WD repeat-containing protein 5
キーワードPROTEIN BINDING / E3 ligase / adaptor / PROTAC / WDR / ternary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity ...cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / : / positive regulation of gluconeogenesis / post-translational protein modification / B cell differentiation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / gluconeogenesis / skeletal system development / nuclear estrogen receptor binding / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process / mitotic spindle / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / HATs acetylate histones / Neddylation / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / histone binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / protein serine kinase activity / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
VPRBP/DCAF1 family / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat ...VPRBP/DCAF1 family / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / WD repeat-containing protein 5 / DDB1- and CUL4-associated factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Mabanglo, M.F. / Wilson, B.J. / Alvarez, H.G. / Hoffer, L. / Al-awar, R. / Vedadi, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Ontario Institute for Cancer Research カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Crystal structures of DCAF1-PROTAC-WDR5 ternary complexes provide insight into DCAF1 substrate specificity.
著者: Mabanglo, M.F. / Wilson, B. / Noureldin, M. / Kimani, S.W. / Mamai, A. / Krausser, C. / Gonzalez-Alvarez, H. / Srivastava, S. / Mohammed, M. / Hoffer, L. / Chan, M. / Avrumutsoae, J. / Li, A. ...著者: Mabanglo, M.F. / Wilson, B. / Noureldin, M. / Kimani, S.W. / Mamai, A. / Krausser, C. / Gonzalez-Alvarez, H. / Srivastava, S. / Mohammed, M. / Hoffer, L. / Chan, M. / Avrumutsoae, J. / Li, A.S.M. / Hajian, T. / Tucker, S. / Green, S. / Szewczyk, M. / Barsyte-Lovejoy, D. / Santhakumar, V. / Ackloo, S. / Loppnau, P. / Li, Y. / Seitova, A. / Kiyota, T. / Wang, J.G. / Prive, G.G. / Kuntz, D.A. / Patel, B. / Rathod, V. / Vala, A. / Rout, B. / Aman, A. / Poda, G. / Uehling, D. / Ramnauth, J. / Halabelian, L. / Marcellus, R. / Al-Awar, R. / Vedadi, M.
履歴
登録2024年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DDB1- and CUL4-associated factor 1
A: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9873
ポリマ－74,7322
非ポリマー1,2551
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.213, 85.143, 111.644
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein


分子量: 38298.820 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1080-1390 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 36433.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#3: 化合物 ChemComp-A1AM2 / N-{(1P)-5'-({(17E)-18-[(3P)-4-{[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]carbamoyl}-3-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrol-2-yl]-16-oxo-3,6,9,12-tetraoxa-15-azaoctadec-17-en-1-yl}carbamoyl)-2'-fluoro-4-[(3R,5S)-3,4,5-trimethylpiperazin-1-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-6-oxo-4-(trifluoromethyl)-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide / OICR-40333


分子量: 1255.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C60H63Cl2F6N9O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 5% w/v 1-ethyl-3-methylimidazolium ethyl sulfate, 15% w/v polyethylene glycol 20,000, pH 7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.1808 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→42.57 Å / Num. obs: 49405 / % possible obs: 95.17 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 37.78 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01625 / Rpim(I) all: 0.01625 / Rrim(I) all: 0.02298 / Net I/σ(I): 25.11
反射 シェル解像度: 2.06→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.6408 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 2399 / CC1/2: 0.952 / Rpim(I) all: 0.6408 / Rrim(I) all: 0.9062

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→42.57 Å / SU ML: 0.2828 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.7492
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2291 2395 5 %
Rwork0.2108 45496 -
obs0.2117 47891 95.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→42.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4946 0 0 310 5256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.65765033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.83646820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0523760
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0389871
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.97451794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.10.58261060.52751885X-RAY DIFFRACTION68.18
2.1-2.150.29331520.30192662X-RAY DIFFRACTION96.5
2.15-2.20.33071600.26772694X-RAY DIFFRACTION98.28
2.2-2.250.38641030.39782096X-RAY DIFFRACTION75.31
2.25-2.310.34151360.29572390X-RAY DIFFRACTION86.48
2.31-2.380.29061330.23612810X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.460.25531540.23632762X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.550.29521110.24652828X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.650.27771360.25412747X-RAY DIFFRACTION97.66
2.65-2.770.28461270.25262730X-RAY DIFFRACTION97.74
2.77-2.910.2621760.22962786X-RAY DIFFRACTION99.93
2.91-3.10.23381430.23762802X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.340.231620.21412806X-RAY DIFFRACTION99.9
3.34-3.670.19961490.20072793X-RAY DIFFRACTION98.53
3.67-4.20.19691510.17222804X-RAY DIFFRACTION98.99
4.2-5.290.15831310.14512905X-RAY DIFFRACTION99.97
5.29-42.570.18481650.19092996X-RAY DIFFRACTION99.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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