PDB-9b76: Crystal structure of humanized 44H10 Fab Version 21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b76

タイトル

Crystal structure of humanized 44H10 Fab Version 21

要素

h44H10-V21 Antibody, heavy chain
h44H10-V21 Antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Humanized

機能・相同性

ACETATE ION / :

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Kassardjian, A. / Julien, J.P.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Antibodies / 年: 2024
タイトル: Humanization of Pan-HLA-DR mAb 44H10 Hinges on Critical Residues in the Antibody Framework.
著者: Kassardjian, A. / Ivanochko, D. / Barber, B. / Jetha, A. / Julien, J.P.

履歴

登録	2024年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b76.cif.gz	219.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b76.ent.gz	144.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9b76_validation.pdf.gz	444.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9b76_full_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示
XML形式データ	9b76_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	9b76_validation.cif.gz	29.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/9b76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/9b76	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9b74C 9b75C 9b7bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: h44H10-V21 Antibody, heavy chain

L: h44H10-V21 Antibody, light chain

ヘテロ分子

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.701, 86.068, 67.447
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.730, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: 抗体	h44H10-V21 Antibody, heavy chain 分子量: 23717.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	h44H10-V21 Antibody, light chain 分子量: 23494.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.37 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M potassium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→40 Å / Num. obs: 41800 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.56 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.73→1.76 Å / Num. unique obs: 2076 / CC_1/2: 0.583

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.73→35.87 Å / SU ML: 0.2373 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.6134
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2117	2007	4.81 %
R_work	0.1753	39760	-
obs	0.1771	41767	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→35.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3240	0	14	296	3550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0094	3344
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9201	4567
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0609	536
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0078	574
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8126	1194

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.73-1.77	0.3906	140	0.3143	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.22
1.77-1.82	0.2739	144	0.2546	2841	X-RAY DIFFRACTION	99.24
1.82-1.87	0.2655	142	0.2352	2783	X-RAY DIFFRACTION	98.42
1.87-1.94	0.2932	144	0.2258	2853	X-RAY DIFFRACTION	99.34
1.94-2	0.2393	144	0.1829	2795	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2-2.08	0.2436	139	0.1819	2862	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.08-2.18	0.2092	143	0.1782	2887	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.18-2.29	0.227	141	0.1836	2833	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.29-2.44	0.2048	145	0.1797	2851	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.44-2.63	0.2393	144	0.1811	2789	X-RAY DIFFRACTION	97.83
2.63-2.89	0.2088	147	0.1858	2858	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.89-3.31	0.1788	140	0.1729	2871	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.31-4.17	0.1953	147	0.1524	2857	X-RAY DIFFRACTION	99.4
4.17-35.87	0.1889	147	0.1532	2881	X-RAY DIFFRACTION	98.66

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.15869902608	-0.282454521749	-0.237602503183	2.34017350614	-0.52665572836	2.34207658559	-0.0987006739812	-0.148225002965	0.101191261385	0.0328085184697	0.0788519926895	0.104412503428	0.0882341707105	-0.0360749979951	1.85198052941	0.145924622669	0.0112237627142	0.00354042819245	0.131525307679	-0.0166626887353	0.187024290772	-19.998	4.626	4.353
2	3.55944298472	-1.07980207435	0.400527897298	2.76099908509	-0.307065501583	3.31416469853	-0.128054645349	-0.699408099676	0.0446801683179	0.122376447406	0.18706680068	-0.10647646485	-0.547532204968	0.255765502685	-0.0405671440292	0.326902891869	-0.0562971968318	-0.0232685187807	0.428149364481	-0.0088808900076	0.183784850444	-8.734	-11.956	28.453
3	2.34128286764	-1.32784877453	0.362161851506	3.73055630865	-0.685659012879	1.1492845917	0.0390324059524	0.104333722636	-0.0852810329821	-0.225907156244	-0.00949508637728	0.0005542681457	0.013514076579	0.0096688283465	-0.0262980981611	0.207030418105	-0.0229360956743	0.00654326248964	0.153994693554	-0.0198470460117	0.165318299165	-11.12	-12.679	-6.869
4	1.66724289625	-0.862259082658	-0.981675909646	1.6258224973	1.09456726458	4.46732813452	-0.127543621721	-0.639489969559	-0.28180503898	0.289942475472	0.187697030147	0.238067438741	0.369991415902	0.0914082749055	-0.0530611434934	0.242225579883	-0.0029951150897	-0.0177689011678	0.437541754248	0.114683442078	0.243848002285	-13.391	-27.718	27.151

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN H AND RESID 1:119 )	H	1 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND RESID 120:214 )	H	120 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN L AND RESID 1:107 )	L	1 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN L AND RESID 108:212 )	L	108 - 212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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