PDB-9b75: Crystal structure of humanized 44H10 Fab Version 17

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b75

タイトル

Crystal structure of humanized 44H10 Fab Version 17

要素

h44H10-V17 Antibody, heavy chain
h44H10-V17 Antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Humanized

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Kassardjian, A. / Julien, J.P.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Antibodies / 年: 2024
タイトル: Humanization of Pan-HLA-DR mAb 44H10 Hinges on Critical Residues in the Antibody Framework.
著者: Kassardjian, A. / Ivanochko, D. / Barber, B. / Jetha, A. / Julien, J.P.

履歴

登録	2024年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b75.cif.gz	218.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b75.ent.gz	143.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b75.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9b75_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9b75_full_validation.pdf.gz	431 KB	表示
XML形式データ	9b75_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	9b75_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/9b75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/9b75	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9b74C 9b76C 9b7bC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: h44H10-V17 Antibody, heavy chain

L: h44H10-V17 Antibody, light chain

ヘテロ分子

47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.923, 84.844, 64.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.420, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: 抗体	h44H10-V17 Antibody, heavy chain 分子量: 23717.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	h44H10-V17 Antibody, light chain 分子量: 23351.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M potassium nitrate pH 6.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 27394 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.77 Å² / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / Num. unique obs: 1054 / CC_1/2: 0.763

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→35.42 Å / SU ML: 0.2322 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.7421
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.223	1376	5.03 %
R_work	0.1797	25992	-
obs	0.1819	27368	97.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3279	0	4	190	3473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	3361
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6665	4582
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0467	537
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	574
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.2342	1197

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.02	0.3116	119	0.2781	2364	X-RAY DIFFRACTION	89.8
2.02-2.1	0.2717	135	0.2366	2582	X-RAY DIFFRACTION	98.26
2.1-2.2	0.2948	138	0.2205	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.2-2.31	0.258	143	0.224	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.31-2.46	0.3068	136	0.2123	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.46-2.65	0.2347	140	0.2096	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.65-2.91	0.2605	139	0.1994	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.91-3.33	0.2528	143	0.1785	2628	X-RAY DIFFRACTION	98.23
3.33-4.2	0.1865	136	0.1549	2606	X-RAY DIFFRACTION	97.93
4.2-35.42	0.1634	147	0.1412	2663	X-RAY DIFFRACTION	98.46

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.86536664376	1.70204398594	-2.69984334398	2.23930671254	-0.462883490149	3.88791165238	0.383517362557	-0.225523739214	0.230186339507	0.446725672996	-0.124181455551	-0.427226529181	-0.0689279920538	0.254865481693	-0.246245572782	0.216801851404	0.0527473653692	-0.00359280009176	0.184461380069	-0.0211876399368	0.289180165616	-1.429	2.976	13.474
2	3.37293274957	-1.065074057	0.258407644447	3.78110944449	0.193114048729	4.21061051736	-0.242619111548	0.298504873768	0.233420678194	-0.124772621687	0.166425422976	-0.0656370274997	-0.0936856032203	-0.141018408036	0.0656480462418	0.182541336418	-0.0311876050063	0.00612909065474	0.202389316627	0.0282630622498	0.191116332613	-1.922	4.847	1.387
3	3.49734359738	0.136333808275	-0.100642691249	4.81858915339	-0.288243567908	3.2421813651	-0.187147218939	0.0856080303463	0.372989778767	-0.212692579109	0.106133961225	-0.256964090263	-0.124477096424	0.123467952144	0.12339073068	0.174131002098	-0.00881317386031	-0.0275874812508	0.199185954762	-0.00284203396293	0.207621051542	-1.518	4.867	4.828
4	4.74965799981	0.605678732488	-0.329790171585	1.95767103953	1.93033425691	2.66087539193	-0.153114108643	0.358554782917	-0.233025311536	-0.199484080436	-0.111110492956	-0.579392679903	-0.629175679902	0.33783540844	0.385564815253	0.43480775742	0.00382917380491	0.028568687772	0.234817100247	0.021956888005	0.479389394957	5.893	0.435	0.546
5	3.17207631645	-1.66575508545	3.154580599	0.874236125711	-1.67150743217	3.17843415728	-0.325181897878	-0.565629101668	0.154698529762	0.381772131122	0.24054062076	-0.111000841776	-0.582789747258	-0.393288869936	0.0726931757818	0.367263369997	0.0101727009307	0.00611259029818	0.333985676379	-0.0079900848133	0.263338165688	-2.348	-10.018	28.088
6	5.6752240592	-2.82166004865	0.501929391516	6.97538522088	-1.06314227043	5.80371023517	-0.217342011504	-0.615559533944	-0.485367253782	0.131340321649	0.373703731877	-0.269396938154	0.174246440034	0.223745947805	-0.0657603420757	0.303887501682	-0.0571558203855	-0.00585115094489	0.262480497474	0.0199238219027	0.269872872029	8.353	-19.684	28.707
7	5.49033553298	-1.82666906217	1.5461080641	2.66231132236	-0.250471122363	4.48895927055	-0.283630996799	-0.0143077563053	0.386907273738	-0.0432165724954	0.0702665055936	-0.132930986519	-0.572355888354	0.282866910275	0.150236667381	0.316353249881	-0.0830628892517	-0.018458794492	0.228403420009	0.0411375589022	0.278671430183	10.7	-13.794	27.767
8	5.13975131991	-0.775291490074	3.12653528329	5.06645624317	-2.44541935484	6.4864456916	-0.0285699036642	0.325646387794	-0.115676804821	-0.0192915979316	0.0115685342086	0.335341776773	0.162822288055	0.14033525106	0.0113496711155	0.222526101651	-0.00190752861002	0.00574593632841	0.230041860258	-0.0435532454117	0.239985089421	4.46	-18.947	-8.239
9	3.61843145199	-1.96386240089	0.110058608215	4.4055757716	-0.260018376625	3.31782754671	-0.05638990388	0.22696132452	0.167001757225	0.130983720278	-0.102402316841	-0.282338351238	-0.237022840888	0.34902602906	0.157249010845	0.203123916015	-0.0760164814988	-0.00579102235554	0.21595885394	0.0224182473135	0.207865209795	8.169	-10.028	-7.243
10	1.52924352013	-2.04345371881	3.13527481174	4.31747008546	-5.21255130563	7.06306311312	-0.0289709830534	0.205380357772	-0.270413718734	-0.155018039255	0.0263111137763	0.00210400648683	0.0294590648608	0.284377418249	-0.0186229379776	0.236405827595	0.0245014963913	0.0313790521714	0.280951726801	-0.0133320999166	0.252324472254	12.136	-28.115	6.05
11	2.93038358509	-0.767027002981	-2.57333709113	0.673544731748	0.881648601678	6.96444155414	0.152940951361	-0.0293461751294	-0.0321576806829	-0.0338612987952	0.0446275637385	-0.0376834856821	-0.327788150072	-0.035891486635	-0.205623636049	0.204893773176	-0.0107107073382	-0.0405416516503	0.223269944913	0.0331591056646	0.259616509788	5.016	-27.654	24.254
12	1.7394987544	-0.950916745107	-2.05426124236	2.48998349019	1.52954954021	5.9003793296	-0.17616580023	-0.169902405248	-0.14375570946	0.261709633381	0.156535969991	0.188632341609	0.481742547097	-0.049531640694	0.0257563857162	0.205711628166	-0.0350185703657	-0.0124008230043	0.299185473095	0.0437105440138	0.251412180565	2.978	-33.517	30.913

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN H AND RESID 1:17 )	H	1 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND RESID 18:71 )	H	18 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN H AND RESID 72:99 )	H	72 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN H AND RESID 100:109 )	H	100 - 109
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN H AND RESID 110:125 )	H	110 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN H AND RESID 126:149 )	H	126 - 149
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN H AND RESID 150:214 )	H	150 - 214
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN L AND RESID 1:25 )	L	1 - 25
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN L AND RESID 26:101 )	L	26 - 101
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN L AND RESID 102:113 )	L	102 - 113
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN L AND RESID 114:174 )	L	114 - 174
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN L AND RESID 175:212 )	L	175 - 212

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)