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万見
- PDB-9b5t: Ubiquitin E1-Ub-E2 tetrahedral transthiolation intermediate mimic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b5t
タイトルUbiquitin E1-Ub-E2 tetrahedral transthiolation intermediate mimic (singly Ub-loaded) - cluster 5 map and model (ATP/Mg)
要素
  • Ubiquitin
  • Ubiquitin-activating enzyme E1 1
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4
キーワードLIGASE / ubiquitin / E1 / E2 / UBA1 / UBC4 / transthioesterification / thioester / transthiolation / tetrahedral intermediate / adenylation / inhibitor / nucleus / phosphoprotein / UBL conjugation pathway / UBL / ATP / ATP-binding / AMP / nucleotide-binding / isopeptide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


Peroxisomal protein import / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / SREBP signaling pathway / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process ...Peroxisomal protein import / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / SREBP signaling pathway / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / ubiquitin ligase complex / modification-dependent protein catabolic process / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / protein tag activity / ribosome biogenesis / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle ...Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ubiquitin-activating enzyme E1 1 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40B fusion protein / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Kochanczyk, T. / Lima, C.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118080 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structural basis for transthiolation intermediates in the ubiquitin pathway.
著者: Tomasz Kochańczyk / Zachary S Hann / Michaelyn C Lux / Avelyn Mae V Delos Reyes / Cheng Ji / Derek S Tan / Christopher D Lima /
要旨: Transthiolation (also known as transthioesterification) reactions are used in the biosynthesis of acetyl coenzyme A, fatty acids and polyketides, and for post-translational modification by ubiquitin ...Transthiolation (also known as transthioesterification) reactions are used in the biosynthesis of acetyl coenzyme A, fatty acids and polyketides, and for post-translational modification by ubiquitin (Ub) and ubiquitin-like (Ubl) proteins. For the Ub pathway, E1 enzymes catalyse transthiolation from an E1~Ub thioester to an E2~Ub thioester. Transthiolation is also required for transfer of Ub from an E2~Ub thioester to HECT (homologous to E6AP C terminus) and RBR (ring-between-ring) E3 ligases to form E3~Ub thioesters. How isoenergetic transfer of thioester bonds is driven forward by enzymes in the Ub pathway remains unclear. Here we isolate mimics of transient transthiolation intermediates for E1-Ub(T)-E2 and E2-Ub(T)-E3 complexes (where T denotes Ub in a thioester or Ub undergoing transthiolation) using a chemical strategy with native enzymes and near-native Ub to capture and visualize a continuum of structures determined by single-particle cryo-electron microscopy. These structures and accompanying biochemical experiments illuminate conformational changes in Ub, E1, E2 and E3 that are coordinated with the chemical reactions to facilitate directional transfer of Ub from each enzyme to the next.
履歴
登録2024年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22024年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.32024年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / em_admin
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.42024年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.52024年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / em_admin
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4
D: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,2177
ポリマ－137,5773
非ポリマー6404
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ACD

#1: タンパク質 Ubiquitin-activating enzyme E1 1 / Poly(A)+ RNA transport protein 3


分子量: 111764.047 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 13-1012 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ptr3, SPBC1604.21c, SPBC211.09 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O94609, E1 ubiquitin-activating enzyme
#2: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme 4 / Ubiquitin carrier protein 4 / Ubiquitin-protein ligase 4


分子量: 17043.336 Da / 分子数: 1 / Mutation: C21S/C107S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ubc4, SPBC119.02 / プラスミド: pET29b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P46595, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#3: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8769.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: uep1, ubi2, SPAC1805.12c / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CH07

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非ポリマー , 3種, 4分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-A1AIV / 4-aminobutanenitrile


分子量: 84.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Covalent E1-Ub-E2 transthiolation intermediate mimic complex (singly Ub-loaded E1-Ub-E2 complex)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.2
詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM ATP, 0.05% CHAPSO
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris HCl bufferC4H12NO31
2100 mMSodium chlorideNaCl1
35 mMMagnesium chlorideMgCl21
41 mMAdenosine triphosphateC10H16N5O13P31
50.5 mg/mlCHAPSOC32H59N2O8S1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 72 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
3SerialEM画像取得
4cryoSPARCmasking
5GctfCTF補正
6PHENIXモデルフィッティング
7RELIONその他
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24668 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039140
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.44512390
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.8153393
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411374
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031604

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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