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万見
- PDB-9b5i: Ubiquitin E1-Ub-E2 tetrahedral transthiolation intermediate mimic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b5i
タイトルUbiquitin E1-Ub-E2 tetrahedral transthiolation intermediate mimic (doubly Ub-loaded) - cluster 4 map and model (Ub(A)-AMP/PPi/Mg)
要素
  • Polyubiquitin
  • Ubiquitin
  • Ubiquitin-activating enzyme E1 1
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4
キーワードLIGASE / UBIQUITIN / E1 / E2 / UBA1 / UBC4 / TRANSTHIOESTERIFICATION / THIOESTER / TRANSTHIOLATION / TETRAHEDRAL INTERMEDIATE / ADENYLATION / INHIBITOR / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / UBL CONJUGATION PATHWAY / UBL / ATP ATP-BINDING / AMP / NUCLEOTIDE-BINDING / ISOPEPTIDE BOND
機能・相同性
機能・相同性情報


Hedgehog ligand biogenesis / Regulation of necroptotic cell death / MAPK6/MAPK4 signaling / Josephin domain DUBs / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / ER Quality Control Compartment (ERQC) ...Hedgehog ligand biogenesis / Regulation of necroptotic cell death / MAPK6/MAPK4 signaling / Josephin domain DUBs / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Interleukin-1 signaling / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / RAS processing / KEAP1-NFE2L2 pathway / Translesion synthesis by REV1 / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Formation of Incision Complex in GG-NER / Pexophagy / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Aggrephagy / Dual Incision in GG-NER / Neddylation / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Metalloprotease DUBs / Regulation of PTEN localization / Regulation of PTEN stability and activity / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, meiosis-specific transcripts / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Peroxisomal protein import / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / SREBP signaling pathway / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / enzyme inhibitor activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / meiotic cell cycle / modification-dependent protein catabolic process / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / protein tag activity / ribosome biogenesis / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / nucleolus / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle ...Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / Ubiquitin-activating enzyme / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PYROPHOSPHATE 2- / Ubiquitin-activating enzyme E1 1 / Polyubiquitin / Ubiquitin-ribosomal protein eL40B fusion protein / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kochanczyk, T. / Lima, C.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118080 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural basis for transthiolation intermediates in the ubiquitin pathway
著者: Kochanczyk, T. / Hann, Z.S. / Lux, M.C. / Reyes, A.M.V.D. / Ji, C. / Tan, D.S. / Lima, C.D.
履歴
登録2024年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
B: Polyubiquitin
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4
D: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,8029
ポリマ－146,1464
非ポリマー6565
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ubiquitin-activating enzyme E1 1 / Poly(A)+ RNA transport protein 3


分子量: 111764.047 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 13-1012 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ptr3, SPBC1604.21c, SPBC211.09 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O94609, E1 ubiquitin-activating enzyme
#2: タンパク質 Polyubiquitin


分子量: 8568.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ubi4, SPBC337.08c / プラスミド: pET3C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG72
#3: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme 4 / Ubiquitin carrier protein 4 / Ubiquitin-protein ligase 4


分子量: 17043.336 Da / 分子数: 1 / Mutation: C21S,C107S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ubc4, SPBC119.02 / プラスミド: pET29b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P46595, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#4: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8769.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: uep1, ubi2, SPAC1805.12c / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CH07

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非ポリマー , 4種, 5分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#7: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#8: 化合物 ChemComp-A1AIV / 4-aminobutanenitrile


分子量: 84.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Covalent E1-Ub-E2 transthiolation intermediate mimic complex with second Ub bound to E1 (doubly Ub-loaded E1-Ub-E2 complex)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.2
詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM ATP, 0.05% CHAPSO
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris HCl bufferC4H12NO31
2100 mMSodium chlorideNaCl1
35 mMMagnesium chlorideMgCl21
41 mMAdenosine triphosphateC10H16N5O13P31
50.5 mg/mlCHAPSOC32H59N2O8S1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 72 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
3SerialEM画像取得
4cryoSPARCmasking
5GctfCTF補正
6PHENIXモデルフィッティング
7RELIONその他
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 324446 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039745
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.44313195
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.3863639
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041471
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031709

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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