PDB-9b3r: The structure of human cardiac F-actin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b3r

タイトル

The structure of human cardiac F-actin

要素

Actin, alpha cardiac muscle 1

キーワード

CONTRACTILE PROTEIN / actin / cardiac / human / sarcomere

機能・相同性

機能・相同性情報

actin-myosin filament sliding / cardiac myofibril assembly / actin filament-based movement / cardiac muscle tissue morphogenesis / actomyosin structure organization / Striated Muscle Contraction / I band / microfilament motor activity / RHOB GTPase cycle / myosin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Doran, M.H. / Sousa, D. / Rynkiewicz, M.J. / Lehman, W. / Cammarato, A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	1R56HL124091-01	米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	5R01HL036153-33	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human cardiac actin
著者: Doran, M.H. / Rynkiewicz, M.J. / Sousa, D. / Cammarato, A. / Lehman, W.

履歴

登録	2024年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b3r.cif.gz	198.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b3r.ent.gz	160 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b3r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9b3r_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9b3r_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9b3r_validation.xml.gz	41.4 KB	表示
CIF形式データ	9b3r_validation.cif.gz	58.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/9b3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/9b3r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	44154MC 44153C 9b3qC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (9) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (8) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Actin, alpha cardiac muscle 1

D: Actin, alpha cardiac muscle 1

E: Actin, alpha cardiac muscle 1

ヘテロ分子

128 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Actin, alpha cardiac muscle 1 / Alpha-cardiac actin 分子量: 42077.910 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTC1, ACTC 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): 21 参照: UniProt: P68032, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Human cardiac F-actin / タイプ: COMPLEX 詳細: ACTC was expressed in Sf21 insect cells, using recombinant baculoviruses, and purified via gelsolin affinity chromatography Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: .42 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株: Sf21
由来(組換発現)	生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
緩衝液	pH: 8 詳細: 2 mmolL-1 Tris (pH 8), 0.2 mmolL-1 CaCl2, 0.2 mmolL-1 ATP, 0.5 mmolL-1 b-mercaptoethanol, 0.002% NaN3
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 8000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -166.48 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.93 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 133289 / 対称性のタイプ: HELICAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	9000
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.588	12216
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.716	1254
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.043	1356
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	1563

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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