PDB-9b3e: Crystal structure of a Slam-dependent surface lipoprotein, PmSLP,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b3e

タイトル

Crystal structure of a Slam-dependent surface lipoprotein, PmSLP, in Pasteurella multocida

要素

surface lipoprotein, PmSLP-1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Bacterial surface lipoprotein / complement evasion

機能・相同性

SELENIUM ATOM

機能・相同性情報

生物種

Pasteurella multocida 36950 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lai, C.H.R. / Shah, M. / Nguyen, Q.H. / Moraes, T.F.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2025
タイトル: A surface lipoprotein on Pasteurella multocida binds complement factor I to promote immune evasion.
著者: Quynh Huong Nguyen / Chun Heng Royce Lai / Michael J Norris / Dixon Ng / Megha Shah / Christine Chieh-Lin Lai / David E Isenman / Trevor F Moraes /

要旨: Pasteurella multocida is the leading cause of wound infections in humans following animals' bites or scratches. This bacterium is also commonly found in the respiratory tract of many mammals and can ...

履歴

登録	2024年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b3e.cif.gz	228.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b3e.ent.gz	153.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b3e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/9b3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/9b3e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	44139C 44146C 44149C 9b3hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: surface lipoprotein, PmSLP-1

B: surface lipoprotein, PmSLP-1

ヘテロ分子

57.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: surface lipoprotein, PmSLP-1

登録者が定義した集合体
28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: surface lipoprotein, PmSLP-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.910, 81.500, 109.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

#1: タンパク質	surface lipoprotein, PmSLP-1 分子量: 28613.104 Da / 分子数: 2 / 変異: E222A, K223A, and K224A / 由来タイプ: 組換発現詳細: The protein construct contains a linker region, thrombin cleavage site, and a 10X His tag at the C-terminus. The His tag is removed by thrombin after the affinity purification step. 由来: (組換発現) Pasteurella multocida 36950 (バクテリア) 遺伝子: AET16641.1 / プラスミド: pET52 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7SHuffle
#2: 化合物	ChemComp-SE / SELENIUM ATOM / セレン分子量: 78.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Se
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Na cacodylate, ammonium tartrate, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.744 Å / Num. obs: 67811 / % possible obs: 98.15 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 36.89 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 11.96
反射シェル	解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 1.366 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 3359 / CC_1/2: 0.746 / CC star: 0.924 / R_pim(I) all: 0.5811 / % possible all: 93.07

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.13-2998	位相決定
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→47.74 Å / SU ML: 0.3137 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.87 / 位相誤差: 28.8062
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2449	3410	5.03 %
R_work	0.2034	64395	-
obs	0.2055	67805	98.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3498	0	1	205	3704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	3585
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8916	4856
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0549	504
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	639
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.1845	466

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.03	0.3822	148	0.34	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.4646	119	0.3795	2258	X-RAY DIFFRACTION	83.73
2.06-2.09	0.594	131	0.499	2496	X-RAY DIFFRACTION	90.18
2.09-2.13	0.3507	148	0.3211	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.13-2.16	0.3296	142	0.3086	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.16-2.2	0.3066	148	0.2891	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.2-2.24	0.4049	137	0.3442	2529	X-RAY DIFFRACTION	93.77
2.24-2.29	0.3943	137	0.3512	2678	X-RAY DIFFRACTION	97.2
2.29-2.34	0.2783	146	0.257	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.39	0.2707	139	0.2384	2755	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.39-2.45	0.2987	144	0.2268	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.45-2.52	0.3228	146	0.2321	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.52-2.59	0.2694	143	0.2268	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.59-2.68	0.2718	144	0.233	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.68-2.77	0.2775	146	0.2125	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.77-2.88	0.2435	141	0.2113	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.02	0.2713	144	0.2067	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.02-3.17	0.2335	145	0.1941	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.17-3.37	0.2565	143	0.1906	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.37-3.63	0.2489	139	0.1647	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.63-4	0.1916	148	0.1586	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.21
4-4.58	0.1741	148	0.1384	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.48
4.58-5.77	0.1834	144	0.1581	2684	X-RAY DIFFRACTION	98.47
5.77-47.74	0.1951	140	0.1893	2600	X-RAY DIFFRACTION	95.37

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.03097178185	-0.168840805867	-0.973493500395	2.22584467062	-1.8522469166	5.80358852655	0.060685611016	-0.132975277047	0.0605806283972	0.119300475994	0.00156323459388	0.0455254113664	-0.273978121678	0.41375439915	-0.0439441683619	0.271738969541	-0.051114240825	-0.0157336650062	0.295948092694	-0.0525773992441	0.250133533784	18.653	52.773	79.991
2	1.35115349922	0.761482736771	0.239242064785	3.51355587817	-0.214238077524	2.80826253455	0.0708540017115	-0.012304715255	0.116429210311	-0.171695414543	-0.106548582186	0.319939869021	-0.0198180136178	0.0227952129055	0.015431716242	0.221822594431	0.0257647706265	-0.00514108531405	0.289793474792	-0.0562905260419	0.278009606633	13.726	48.176	61.9
3	4.43992763115	-0.666725435266	-2.5029093478	2.12654656187	0.706931637681	4.01164698802	0.0579282329299	0.103007861111	0.112767712874	0.211539973088	0.011066210751	0.0226734822407	-0.21914680642	-0.332810638688	-0.0899311242396	0.276080197408	-0.00136166020229	-0.0189568917317	0.268484515875	-0.00637668495246	0.236149473114	-3.14	12.591	63.276
4	2.33025183742	-0.303180433316	-0.795134958406	4.40184730578	0.531070348916	1.82454584224	0.114685916003	-0.246483446661	-0.24558826609	0.687744387846	0.0390336885031	-0.778121239428	0.133688566315	0.305342432243	-0.0892581322618	0.371192826566	0.0276308010383	-0.164504166357	0.324894187386	-0.00153035741137	0.45521727284	18.271	12.623	67.125

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 103:196 )	A	103 - 196
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 197:318 )	A	197 - 318
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 102:175 )	B	102 - 175
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 176:317 )	B	176 - 317

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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