PDB-9b3b: Structure of TDP1 complexed with compound IB09

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b3b

タイトル

Structure of TDP1 complexed with compound IB09

要素

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / phosphodiesterase / drug target / cancer

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / single strand break repair / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Barakat, I. / Wang, W. / Agama, K. / Al Mahmud, M.R. / Pommier, Y. / Burke, T.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of TDP1 complexed with compound IB09
著者: Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Barakat, I. / Wang, W. / Agama, K. / Al Mahmud, M.R. / Pommier, Y. / Burke, T.R.

履歴

登録	2024年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b3b.cif.gz	392.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b3b.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/9b3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/9b3b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.023, 104.748, 193.241
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1 分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / 詳細 (発現宿主): pDN2454 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-A1AIM / (8M)-8-{4-(benzylcarbamoyl)-2-[(fluorosulfonyl)oxy]phenyl}-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid 分子量: 496.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₁₇FN₂O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M MOPS/HEPES pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (w/v) ethylene glycol, 0.03M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 122336 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.027 / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 24.7
反射シェル	解像度: 1.62→1.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5701 / CC_1/2: 0.803 / R_pim(I) all: 0.297 / R_sym value: 0.67

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.62→45.14 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1894	6062	4.96 %
R_work	0.1601	-	-
obs	0.1616	122247	94.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→45.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6969	0	90	755	7814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	7651
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.443	10465
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.855	6023
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	1085
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1340

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.6384	0.2859	180	0.2188	3540	X-RAY DIFFRACTION	88
1.6384-1.6576	0.2347	181	0.21	3664	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6576-1.6779	0.2491	168	0.1933	3615	X-RAY DIFFRACTION	88
1.6779-1.6991	0.2144	183	0.1845	3645	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6991-1.7215	0.2051	186	0.1836	3678	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7215-1.745	0.2285	194	0.1785	3709	X-RAY DIFFRACTION	92
1.745-1.77	0.201	192	0.1744	3708	X-RAY DIFFRACTION	91
1.77-1.7964	0.1932	215	0.1675	3666	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7964-1.8245	0.2138	193	0.1676	3712	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8245-1.8544	0.2025	176	0.1645	3762	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8544-1.8863	0.2263	204	0.1668	3732	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8863-1.9206	0.1837	224	0.1675	3776	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9206-1.9576	0.1915	176	0.1599	3793	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9576-1.9975	0.1888	200	0.153	3851	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9975-2.041	0.1841	174	0.1568	3791	X-RAY DIFFRACTION	93
2.041-2.0885	0.1786	223	0.159	3816	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0885-2.1407	0.2177	192	0.1539	3507	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1407-2.1986	0.1859	216	0.1542	3839	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1986-2.2633	0.2	216	0.1534	4012	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2633-2.3363	0.1836	228	0.1576	3963	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3363-2.4198	0.1793	236	0.1596	4040	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4198-2.5167	0.1955	225	0.1604	4066	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5167-2.6312	0.1999	206	0.1612	4137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6312-2.7699	0.1988	207	0.1609	4107	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7699-2.9434	0.1973	190	0.1628	4158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9434-3.1706	0.173	227	0.1638	4128	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1706-3.4896	0.1718	219	0.1552	4146	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4896-3.9943	0.1715	201	0.1466	3993	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9943-5.0313	0.1645	212	0.1338	4207	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0313-45.14	0.1958	218	0.1804	4424	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4728	-0.23	0.3755	0.711	-0.2617	1.7487	-0.076	-0.1086	0.0945	0.0316	0.0374	0.0747	-0.0745	-0.2474	0.0196	0.0877	0.0088	-0.0053	0.0626	0.0112	0.149	2.0651	-2.1867	-42.7616
2	1.2693	0.065	0.5764	0.3851	-0.1967	1.3203	0.063	0.0476	-0.173	-0.0279	-0.0388	-0.037	0.3099	0.109	0.0219	0.1484	0.0178	-0.0007	0.0533	0.0086	0.1702	18.7825	-16.807	-43.4416
3	1.855	-0.1084	-0.011	0.4452	-0.1931	4.1288	0.0291	-0.0189	0.0223	0.152	-0.1261	-0.0345	-0.1219	0.2485	0.0642	0.0863	-0.007	-0.005	0.1081	0.0159	0.1771	24.2823	-9.8365	-34.69
4	1.951	0.2715	0.8352	0.1689	0.4567	1.8848	-0.189	0.0943	0.5112	0.0118	-0.2697	-0.1047	-0.7236	0.1028	0.222	0.2491	-0.0399	-0.0433	0.1939	0.1455	0.2801	4.5241	16.9104	-85.8263
5	1.6222	-0.1953	0.3391	0.9896	-0.3999	1.8067	-0.0666	0.3194	0.1466	-0.0662	-0.1904	-0.2489	-0.0687	0.6979	0.1154	0.1092	-0.0114	0.0144	0.3372	0.1508	0.2205	16.8337	7.4606	-85.532
6	1.1538	0.0608	0.6073	0.4861	-0.173	2.6076	0.0908	-0.0104	-0.2485	-0.0578	-0.0574	-0.0394	0.5821	-0.0525	-0.0212	0.201	0.0139	0.0161	0.1215	0.0392	0.1835	-0.6034	-7.139	-86.5008
7	1.3454	0.302	-0.6471	0.5407	-0.8355	5.4155	-0.0317	-0.0277	-0.038	-0.0585	0.0205	0.0478	-0.0232	-0.4678	0.0156	0.0885	0.0185	-0.0071	0.2042	0.0155	0.1651	-8.5124	2.4635	-95.2238

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 162 through 382 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 383 through 548 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 549 through 607 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 162 through 202 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 203 through 344 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 345 through 548 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 549 through 607 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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