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- PDB-9b2m: Hemagglutinin H1 New Caledonia 1999 in complex with monoclonal an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b2m
タイトルHemagglutinin H1 New Caledonia 1999 in complex with monoclonal antibody Fab 43_S0008
要素
  • Heavy chain monoclonal antibody Fab 3_S0008
  • Hemagglutinin HA1 chain
  • Hemagglutinin HA2 chain
  • Light chain monoclonal antibody Fab 3_S0008
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / influenza virus / broadly neutralizing antibody / bnAb / VH1-69 / DH3-9 / hemagglutinin / HA / stem / stalk / germline-targeting / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Mus sp. (ネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Torrents de la Pena, A. / de Paiva Froes Rocha, R. / Ward, A.B. / Ataca, S. / Kanekiyo, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Modulating the immunodominance hierarchy of immunoglobulin germline-encoded structural motifs targeting the influenza hemagglutinin stem.
著者: Sila Ataca / Maya Sangesland / Rebeca de Paiva Fróes Rocha / Alba Torrents de la Peña / Larance Ronsard / Seyhan Boyoglu-Barnum / Rebecca A Gillespie / Yaroslav Tsybovsky / Tyler Stephens / ...著者: Sila Ataca / Maya Sangesland / Rebeca de Paiva Fróes Rocha / Alba Torrents de la Peña / Larance Ronsard / Seyhan Boyoglu-Barnum / Rebecca A Gillespie / Yaroslav Tsybovsky / Tyler Stephens / Syed M Moin / Julia Lederhofer / Adrian Creanga / Sarah F Andrews / Ralston M Barnes / Daniel Rohrer / Nils Lonberg / Barney S Graham / Andrew B Ward / Daniel Lingwood / Masaru Kanekiyo /
要旨: Antibodies targeting epitopes through germline-encoded motifs can be found in different individuals. While these public antibodies are often beneficial, they also pose hurdles for subdominant ...Antibodies targeting epitopes through germline-encoded motifs can be found in different individuals. While these public antibodies are often beneficial, they also pose hurdles for subdominant antibodies to emerge. Here, we use transgenic mice that reproduce the human IGHV1-6901 germline-encoded antibody response to the conserved stem epitope on group 1 hemagglutinin (HA) of influenza A virus to show that this germline-endowed response can be overridden by a subdominant yet cross-group reactive public antibody response. Immunization with a non-cognate group 2 HA stem enriched B cells harboring the IGHD3-9 gene, thereby switching from IGHV1-69- to IGHD3-9-encoded motif-dependent epitope recognition. These IGHD3-9 antibodies bound, neutralized, and conferred cross-group protection in mice against influenza A viruses. A cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of an IGHD3-9 antibody resembled the human broadly neutralizing antibody FI6v3, which uses IGHD3-9. Together, our findings offer insights into vaccine regimens that engage an immunoglobulin repertoire with broader cross-reactivity to influenza A viruses.
履歴
登録2024年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
H: Heavy chain monoclonal antibody Fab 3_S0008
L: Light chain monoclonal antibody Fab 3_S0008
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
E: Heavy chain monoclonal antibody Fab 3_S0008
F: Light chain monoclonal antibody Fab 3_S0008
G: Hemagglutinin HA1 chain
I: Hemagglutinin HA2 chain
J: Heavy chain monoclonal antibody Fab 3_S0008
K: Light chain monoclonal antibody Fab 3_S0008
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)340,22927
ポリマ－336,91112
非ポリマー3,31815
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 37803.648 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Hemagglutinin New Caledonia 1999 HA1
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6WG00
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 25550.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Hemagglutinin H1 New Caledonia 1999
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6WG00
#3: 抗体 Heavy chain monoclonal antibody Fab 3_S0008


分子量: 24914.199 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus sp. (ネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Light chain monoclonal antibody Fab 3_S0008


分子量: 24034.838 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus sp. (ネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hemagglutinin H1 New Caledonia 1999 in complex with monoclonal antibody Fab 43_S0008
タイプ: COMPLEX
詳細: Fab fragment was generated using papain digestion and size exclusion chromatography. The complex was incubated overnight and the sample was purified using size exclusion chromatography
Entity ID: #2-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.330 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 40 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2cryoSPARC4.4.1画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7RosettaEMモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC３次元再構成
13RosettaEMモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 190711 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 4m4y

4m4y


Accession code: 4m4y / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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