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- PDB-9b2h: HIV-1 wild type protease with GRL-072-17A, a substituted tetrahyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b2h
タイトルHIV-1 wild type protease with GRL-072-17A, a substituted tetrahydrofuran derivative based on Darunavir as P2 group
要素Protease
キーワードVIRAL PROTEIN / ASPARTIC ACID PROTEASE / HIV-1 protease / Darunavir / a substituted Tetrahydrofuran derivative inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FORMIC ACID / Protease
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Wang, Y.-F. / Agniswamy, J. / Ghosh, A.K. / Weber, I.T.
資金援助 米国, 日本, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI150466 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI150461 米国
Department of Energy (DOE, United States)W-31-109-Eng-38 米国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP15fk0410001, JP16fk0410101 日本
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
National Center for Global Health and Medicine (NCGM) Research Institute 日本
Welfare and Labor of Japan 日本
Grant-in-Aid for Scientific Research and a Grant-in-Aid for Challenging Research from the Ministry of Education, Culture, Sports, Science, and Technology of Japan (Monbu Kagakusho) 日本
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Design of substituted tetrahydrofuran derivatives for HIV-1 protease inhibitors: synthesis, biological evaluation, and X-ray structural studies.
著者: Ghosh, A.K. / Lee, D. / Sharma, A. / Johnson, M.E. / Ghosh, A.K. / Wang, Y.F. / Agniswamy, J. / Amano, M. / Hattori, S.I. / Weber, I.T. / Mitsuya, H.
履歴
登録2024年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,50412
ポリマ－21,4812
非ポリマー1,02310
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area9370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.576, 85.877, 46.312
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protease


分子量: 10740.677 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / プラスミド: pJ414 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5RZ08, HIV-1 retropepsin

-
非ポリマー , 6種, 221分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-A1AIH / 2,5:6,9-dianhydro-1,3,7,8-tetradeoxy-4-O-({(2S,3R)-3-hydroxy-4-[(4-methoxybenzene-1-sulfonyl)(2-methylpropyl)amino]-1-phenylbutan-2-yl}carbamoyl)-L-gluco-nonitol


分子量: 604.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H44N2O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.7M NaCl, 0.1M Sodium Acetate, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→50 Å / Num. obs: 51438 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 19.5 / Num. measured all: 296116
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.32-1.374.80.51238560.8740.9660.2480.5711.00671.5
1.37-1.425.80.3650040.9520.9880.160.395192.5
1.42-1.496.10.27452270.9720.9930.1190.2990.99796
1.49-1.575.90.18552120.9820.9960.0810.2020.99296.2
1.57-1.665.50.13552200.9850.9960.0620.1490.99495.7
1.66-1.795.90.10352450.9870.9970.0450.1121.00595.9
1.79-1.9760.0853320.9920.9980.0350.0871.00697.5
1.97-2.265.70.07353840.9920.9980.0330.0811.00497.4
2.26-2.845.90.0753170.9930.9980.0310.0770.99895.8
2.84-505.70.08656410.9820.9950.0390.0941.00297

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT4.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.32→36.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.228 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16358 2566 5 %RANDOM
Rwork0.13011 ---
obs0.13174 48778 93.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å2-0 Å20 Å2
2---0.44 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.32→36.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1512 0 63 211 1786
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0131797
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1731.7122477
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4311.6434318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4255242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.9722.72766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg1115331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.476159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02337
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0281.331857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0291.332858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.442.0091082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4452.011083
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5641.747940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5531.746939
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7642.4541374
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.58316.5231794
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.48916.11758
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.4933644
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.324→1.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 137 -
Rwork0.183 2413 -
obs--62.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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