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万見
- PDB-9b2f: Crystal structure of short chain dehydrogenase reductase 9 (short... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b2f
タイトルCrystal structure of short chain dehydrogenase reductase 9 (short chain dehydrogenase reductase 9C4) in complex with NAD+
要素Dehydrogenase/reductase SDR family member 9
キーワードOXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenase reductase / oxylipins / polyunsaturated fatty acids
機能・相同性
機能・相同性情報


The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / RA biosynthesis pathway / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / progesterone metabolic process ...The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / RA biosynthesis pathway / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / progesterone metabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / androgen metabolic process / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Dehydrogenase/reductase SDR family member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.662 Å
データ登録者Pakhomova, S. / Belyaeva, O.V. / Boeglin, W.E. / Kedishvili, N.Y. / Brash, A.R. / Newcomer, M.E. / Popov, K.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)AR076924 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM134548 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The large substrate binding pocket of dehydrogenase reductase 9 underlies its ability to oxidize diverse pro-inflammatory and pro-resolving oxylipins.
著者: Pakhomova, S. / Belyaeva, O.V. / Boeglin, W.E. / Kedishvili, N.Y. / Brash, A.R. / Newcomer, M.E. / Popov, K.M.
履歴
登録2024年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0553
ポリマ－35,2891
非ポリマー7652
水2,576143
1
A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 9
ヘテロ分子

A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1096
ポリマ－70,5782
非ポリマー1,5314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area7330 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area25090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.384, 103.045, 103.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

MLI

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要素

#1: タンパク質 Dehydrogenase/reductase SDR family member 9 / 3-alpha hydroxysteroid dehydrogenase / 3-alpha-HSD / Retinol dehydrogenase / Short-chain ...3-alpha hydroxysteroid dehydrogenase / 3-alpha-HSD / Retinol dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase retSDR8


分子量: 35289.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dhrs9 / プラスミド: pet19b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q58NB6, 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase, 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase, all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 15% Jeffamine SD-2001, 0.1 M Na citrate pH 5.0, 0.1 M Na malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月9日
放射モノクロメーター: cryogenically cooled single crystal SI(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→72.88 Å / Num. obs: 46581 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.66→1.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 6403 / CC1/2: 0.764 / Rpim(I) all: 0.482

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.662→50.005 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.195 / WRfactor Rwork: 0.168 / SU B: 2.947 / SU ML: 0.085 / Average fsc free: 0.9226 / Average fsc work: 0.9263 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.076 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1931 968 2.079 %RANDOM
Rwork0.1661 45600 --
all0.167 ---
obs-46568 99.227 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.658 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.535 Å2-0 Å20 Å2
2--4.69 Å20 Å2
3----2.155 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.662→50.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2299 0 51 143 2493
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8251.8243345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.61.7655480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5155313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.722512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.0151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.43610425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.2671094
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1850.21997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21184
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.21367
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0850.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1250.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1120.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1070.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7284.171211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7244.1691211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8797.4721516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8977.4721517
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2544.7521244
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2354.7471241
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.0788.4091821
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.0758.411822
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.63641.8322710
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.63240.1142673
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.662-1.7050.372780.3593034X-RAY DIFFRACTION90.0202
7.356-50.0050.186110.168597X-RAY DIFFRACTION99.8358

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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