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- PDB-9b1y: WT strain WT mycobacterial ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b1y
タイトルWT strain WT mycobacterial ribosome
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 5
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 24
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 18
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 23S rRNA fragment
  • 5S rRNA
キーワードRIBOSOME / mycobacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / : / Ribosomal protein S14, type Z ...Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / : / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / : / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein L16
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL15 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein bS18B / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL34
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Chen, Y. / Young, I.D. / Fraser, J.S. / Javid, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32-GM133129 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Ribosomal RNA methylation by GidB is a capacitor for discrimination of mischarged tRNA
著者: Chen, Y. / Young, I.D. / Fraser, J.S. / Javid, B.
履歴
登録2024年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 16S rRNA
C: Small ribosomal subunit protein uS3
D: Small ribosomal subunit protein uS4
E: Small ribosomal subunit protein uS5
F: Small ribosomal subunit protein bS6
G: Small ribosomal subunit protein uS7
H: Small ribosomal subunit protein uS8
I: Small ribosomal subunit protein uS9
J: Small ribosomal subunit protein uS10
K: Small ribosomal subunit protein uS11
L: Small ribosomal subunit protein uS12
M: Small ribosomal subunit protein uS13
N: Small ribosomal subunit protein uS14B
O: Small ribosomal subunit protein uS15
P: Small ribosomal subunit protein bS16
Q: Small ribosomal subunit protein uS17
R: Small ribosomal subunit protein bS18B
T: Small ribosomal subunit protein bS20
V: Small ribosomal subunit protein uS2
Y: 23S rRNA
U: 5S rRNA
Z: Large ribosomal subunit protein uL2
a: Large ribosomal subunit protein uL3
b: Large ribosomal subunit protein uL4
c: Large ribosomal subunit protein uL5
d: Large ribosomal subunit protein uL6
e: Large ribosomal subunit protein uL11
f: 50S ribosomal protein L13
g: Large ribosomal subunit protein uL14
h: 50S ribosomal protein L15
i: Large ribosomal subunit protein uL16
j: Large ribosomal subunit protein bL17
k: Large ribosomal subunit protein uL18
l: Large ribosomal subunit protein bL19
m: Large ribosomal subunit protein bL20
n: Large ribosomal subunit protein bL21
o: 50S ribosomal protein L22
p: Large ribosomal subunit protein uL23
q: Large ribosomal subunit protein uL24
r: Large ribosomal subunit protein bL25
s: Large ribosomal subunit protein bL27
t: Large ribosomal subunit protein bL28
u: Large ribosomal subunit protein uL29
v: Large ribosomal subunit protein uL10
w: Large ribosomal subunit protein uL30
x: Large ribosomal subunit protein bL32
y: Large ribosomal subunit protein bL33A
z: 50S ribosomal protein L34
1: Large ribosomal subunit protein bL35
2: 50S ribosomal protein L36
4: 23S rRNA fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,188,080680
ポリマ－2,172,58751
非ポリマー15,493629
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 AYU4

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 490126.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: GenBank: 2093960070
#20: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 985538.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT
#21: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38061.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: GenBank: 967054
#51: RNA鎖 23S rRNA fragment


分子量: 26249.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: GenBank: 4586628

-
Small ribosomal subunit protein ... , 18種, 18分子 CDEFGHIJKLMNOPQRTV

#2: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 23617.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSD7
#3: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 30S ribosomal protein S4


分子量: 23284.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSL7
#4: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S5


分子量: 18481.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSG6
#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 10991.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0A2U9Q0X2
#6: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S7


分子量: 17529.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QS97
#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8


分子量: 14361.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSG3
#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S9


分子量: 14093.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSP9
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 30S ribosomal protein S10


分子量: 11252.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSD0
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S11


分子量: 12151.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSL6
#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12


分子量: 13678.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QS96
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13


分子量: 13374.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSL5
#13: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14B / 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 6845.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSG2
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S15


分子量: 10236.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QVQ3
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS16 / 30S ribosomal protein S16


分子量: 10837.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QV37
#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 / 30S ribosomal protein S17


分子量: 10680.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSE0
#17: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18B / 30S ribosomal protein S18 2


分子量: 7353.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0R7F7
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS20 / 30S ribosomal protein S20


分子量: 9424.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0R102
#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S2


分子量: 25576.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QVB8

+
Large ribosomal subunit protein ... , 24種, 24分子 Zabcdegijklmnpqrstuvwxy1

#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 30008.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSD4
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L3


分子量: 22621.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSD1
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 22346.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSD2
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L5


分子量: 20588.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSG1
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L6


分子量: 19165.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSG4
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL11 / 50S ribosomal protein L11


分子量: 14109.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QS45
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 13400.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSF9
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16 / 50S ribosomal protein L16


分子量: 15498.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSD8
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L17


分子量: 13210.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSL9
#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 13580.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSG5
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19 / 50S ribosomal protein L19


分子量: 12892.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QV42
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20 / 50S ribosomal protein L20


分子量: 14035.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QYU6
#36: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21 / 50S ribosomal protein L21


分子量: 10724.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0R151
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L23


分子量: 10748.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSD3
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 10455.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSG0
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL25 / General stress protein CTC


分子量: 20331.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0R3D2
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27 / 50S ribosomal protein L27


分子量: 8322.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0R150
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 6759.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QV03
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L29


分子量: 7590.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSD9
#44: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL10 / 50S ribosomal protein L10


分子量: 13095.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QS62
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 6761.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSG7
#46: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32 / 50S ribosomal protein L32


分子量: 6050.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0R3I9
#47: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL33A / 50S ribosomal protein L33 1


分子量: 5833.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QS39
#49: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35 / 50S ribosomal protein L35


分子量: 7167.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QYU7

-
50S ribosomal protein ... , 5種, 5分子 fhoz2

#28: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16015.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0A653FEZ4
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15383.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0A653FF82
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12408.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: O06115
#48: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5391.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: P0C562
#50: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4341.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: WT / 参照: UniProt: A0QSL4

-
非ポリマー , 2種, 629分子

#52: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#53: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mycobacterium smegmatis ribosome, WT strain WT / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#4, #7-#51 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: WT
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15 mA positive charge / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.2 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 901.165 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9030

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cisTEMdevelopment粒子像選択
2SerialEM画像取得
3cisTEMdevelopmentCTF補正
4UCSF ChimeraXモデルフィッティング
5ISOLDEモデルフィッティング
6Cootモデルフィッティング
7PyMOLモデルフィッティング
12cisTEMdevelopment初期オイラー角割当
13cisTEMdevelopment最終オイラー角割当
14cisTEMdevelopment分類
15cisTEMdevelopment３次元再構成
16PHENIX1.20_4459モデル精密化
17ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1466881 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15o60

5o60

15o601PDBexperimental model
25o5j

5o5j

15o5j2PDBexperimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 168.51 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0059159111
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6618238406
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.037430573
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007612621
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.643163134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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