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万見
- PDB-9b0l: Cryo-EM structure of Acanthamoeba polyphaga mimivirus Fanzor2 ter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b0l
タイトルCryo-EM structure of Acanthamoeba polyphaga mimivirus Fanzor2 ternary complex
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*C)-3')
  • RNA (117-MER)
  • TnpB-like protein L79
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / Transposon / Fanzor / cryo-EM / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transposition / DNA recombination / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Probable transposase, IS891/IS1136/IS1341 / Probable transposase / Transposase IS605, OrfB, C-terminal / Cas12f1-like, TNB domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / TnpB-like protein L79
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Qayyum, M.Z. / Schargel, R.D. / Tanwar, A.S. / Kellogg, E.H. / Kalathur, R.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structure of Fanzor2 reveals insights into the evolution of the TnpB superfamily.
著者: Richard D Schargel / M Zuhaib Qayyum / Ajay Singh Tanwar / Ravi C Kalathur / Elizabeth H Kellogg /
要旨: RNA-guided endonucleases, once thought to be exclusive to prokaryotes, have been recently identified in eukaryotes and are called Fanzors. They are classified into two clades, Fanzor1 and Fanzor2. ...RNA-guided endonucleases, once thought to be exclusive to prokaryotes, have been recently identified in eukaryotes and are called Fanzors. They are classified into two clades, Fanzor1 and Fanzor2. Here we present the cryo-electron microscopy structure of Acanthamoeba polyphaga mimivirus Fanzor2, revealing its ωRNA architecture, active site and features involved in transposon-adjacent motif recognition. A comparison to Fanzor1 and TnpB structures highlights divergent evolutionary paths, advancing our understanding of RNA-guided endonucleases.
履歴
登録2024年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月9日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月9日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22025年6月4日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*C)-3')
P: TnpB-like protein L79
D: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*A)-3')
A: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*C)-3')
C: RNA (117-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,6277
ポリマ－151,5385
非ポリマー902
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 BDA

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3415.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*A)-3')


分子量: 1135.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*C)-3')


分子量: 7083.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 PC

#2: タンパク質 TnpB-like protein L79


分子量: 60572.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
遺伝子: MIMI_L79 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5UPF5
#5: RNA鎖 RNA (117-MER)


分子量: 79330.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 55416625

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非ポリマー , 2種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Acanthamoeba polyphaga mimivirus Fanzor2 ternary complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 51 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 189912 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037501
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52310829
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.5992557
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0361323
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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