PDB-9b01: Catalytic mutant C357A nnhA in CHES buffer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b01

タイトル

Catalytic mutant C357A nnhA in CHES buffer

要素

2-nitroimidazole nitrohydrolase

キーワード

HYDROLASE / antibacterial / GME superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

2-nitroimidazole nitrohydrolase / nitroimidazole catabolic process / arginine deiminase activity / L-arginine deiminase pathway / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium sp. JS330 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the enzymatic breakdown of azomycin-derived antibiotics by 2-nitroimdazole hydrolase (NnhA).
著者: Ahmed, F.H. / Liu, J.W. / Royan, S. / Warden, A.C. / Esquirol, L. / Pandey, G. / Newman, J. / Scott, C. / Peat, T.S.

履歴

登録	2024年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b01.cif.gz	102.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b01.ent.gz	72.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b01.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9b01_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9b01_full_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示
XML形式データ	9b01_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	9b01_validation.cif.gz	31.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/9b01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/9b01	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9azgC 9azhC 9b02C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-nitroimidazole nitrohydrolase

ヘテロ分子

43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-nitroimidazole nitrohydrolase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
260 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_645	-y+1,x-y-1,z	1
crystal symmetry operation	3_765	-x+y+2,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	4_649	y+1,x-1,-z+4	1
crystal symmetry operation	5_559	x-y,-y,-z+4	1
crystal symmetry operation	6_769	-x+2,-x+y+1,-z+4	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	206.124, 206.124, 68.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-401- NA
2	1	A-865- HOH
3	1	A-914- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	2-nitroimidazole nitrohydrolase / 2NI nitrohydrolase 分子量: 43100.430 Da / 分子数: 1 / 変異: T2I, G14D, K73R, C357A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium sp. JS330 (バクテリア) 遺伝子: nnhA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: F4ZCI3, 2-nitroimidazole nitrohydrolase

-
非ポリマー , 5種, 420分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: Protein was at 2.5 mg/mL in CHES buffer at pH 9.0 and was set up in 200 nL plus 200 nL drops at 20 C. The reservoir was 21.2% polyacrylic acid 5100, 30 mM MgCl2 and 100 mM HEPES at pH 7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→48 Å / Num. obs: 37832 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.3 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.231 / R_pim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 1.011 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2570 / CC_1/2: 0.83 / R_pim(I) all: 0.322 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.324 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1738	1967	5.199 %
R_work	0.146	35865	-
all	0.147	-	-
obs	-	37832	99.834 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.262 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.159 Å²	-0.58 Å²	0 Å²
2-	-	-1.159 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2890	0	14	414	3318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.598	1.817	4104
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.568	1.758	6357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.916	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.198	5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.602	10	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.927	10	149
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	722
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	579
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2631
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.04	1.411	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.04	1.412	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.589	2.53	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.591	2.531	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.189	1.649	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.19	1.647	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.384	2.919	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.384	2.92	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.799	18.249	13367
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.799	18.249	13368

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.042	0.252	127	0.225	2583	X-RAY DIFFRACTION	98.2952
2.042-2.097	0.232	156	0.197	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.097-2.158	0.212	129	0.179	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.158-2.224	0.179	129	0.178	2433	X-RAY DIFFRACTION	100
2.224-2.297	0.225	132	0.198	2353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.297-2.378	0.195	136	0.153	2283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.378-2.467	0.201	144	0.143	2185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.467-2.568	0.175	118	0.13	2095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.568-2.681	0.16	107	0.134	2045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.681-2.812	0.168	110	0.13	1948	X-RAY DIFFRACTION	100
2.812-2.963	0.161	107	0.121	1853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.963-3.142	0.187	101	0.133	1739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.142-3.358	0.175	85	0.151	1661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.358-3.626	0.161	76	0.15	1558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.626-3.97	0.153	77	0.147	1415	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-4.434	0.113	66	0.102	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
4.434-5.113	0.141	45	0.109	1162	X-RAY DIFFRACTION	100
5.113-6.245	0.137	53	0.122	979	X-RAY DIFFRACTION	100
6.245-8.758	0.154	36	0.119	768	X-RAY DIFFRACTION	100
8.758-48	0.131	33	0.141	445	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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