PDB-9b02: nnhA C357A catalytic mutant in tris buffer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b02

タイトル

nnhA C357A catalytic mutant in tris buffer

要素

2-nitroimidazole nitrohydrolase

キーワード

HYDROLASE / antibacterial / GME superfamily

機能・相同性

2-nitroimidazole nitrohydrolase / nitroimidazole catabolic process / arginine deiminase activity / L-arginine deiminase pathway / Arginine deiminase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / response to antibiotic / 2-nitroimidazole nitrohydrolase

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium sp. JS330 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the enzymatic breakdown of azomycin-derived antibiotics by 2-nitroimdazole hydrolase (NnhA).
著者: Ahmed, F.H. / Liu, J.W. / Royan, S. / Warden, A.C. / Esquirol, L. / Pandey, G. / Newman, J. / Scott, C. / Peat, T.S.

履歴

登録	2024年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b02.cif.gz	100.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b02.ent.gz	71.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/9b02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/9b02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9azgC 9azhC 9b01C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-nitroimidazole nitrohydrolase

ヘテロ分子

43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-nitroimidazole nitrohydrolase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
261 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_765	-y+2,x-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_675	-x+y+1,-x+2,z	1
crystal symmetry operation	4_559	y,x,-z+4	1
crystal symmetry operation	5_679	x-y+1,-y+2,-z+4	1
crystal symmetry operation	6_769	-x+2,-x+y+1,-z+4	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	206.091, 206.091, 69.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-402- NA

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	2-nitroimidazole nitrohydrolase / 2NI nitrohydrolase 分子量: 43100.430 Da / 分子数: 1 / 変異: T2I, G14D, K73R, C357A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium sp. JS330 (バクテリア) 遺伝子: nnhA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: F4ZCI3, 2-nitroimidazole nitrohydrolase

-
非ポリマー , 6種, 372分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: Protein was at 2.5 mg/mL in tris pH 7.0 buffer. The drops were 200 nL plus 200 nL and incubated at 20 C. The reservoir was 21.7% polyacrylic acid 5100, 15 mM MgCl2 and 100 mM HEPES pH 7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→40.3 Å / Num. obs: 39795 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.178 / R_pim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.97→2.01 Å / R_merge(I) obs: 0.909 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2711 / CC_1/2: 0.862 / R_pim(I) all: 0.289

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.97→40.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 4.661 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1979	2086	5.243 %
R_work	0.1648	37701	-
all	0.167	-	-
obs	-	39787	99.814 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.616 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.035 Å²	-1.017 Å²	0 Å²
2-	-	-2.035 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.601 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→40.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2890	0	20	366	3276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.438	1.657	4110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.505	1.578	6373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.923	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.346	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.291	10	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.942	10	149
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	439
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3686
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	716
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	599
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.151	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.307	1.868	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.291	1.867	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.944	3.356	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.947	3.358	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.304	2.148	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.303	2.152	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.578	3.812	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.578	3.816	2237
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.96	24.002	13168
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.959	24.002	13169

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-2.018	0.302	153	0.293	2711	X-RAY DIFFRACTION	97.9145
2.018-2.073	0.25	148	0.263	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.073-2.133	0.266	153	0.227	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.133-2.199	0.214	138	0.223	2559	X-RAY DIFFRACTION	99.9629
2.199-2.27	0.198	125	0.176	2469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.35	0.232	142	0.168	2371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.438	0.208	151	0.167	2303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.438-2.537	0.215	124	0.155	2221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.537-2.65	0.231	127	0.162	2132	X-RAY DIFFRACTION	99.9557
2.65-2.778	0.192	118	0.143	2048	X-RAY DIFFRACTION	100
2.778-2.928	0.194	105	0.138	1934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.928-3.105	0.201	110	0.152	1858	X-RAY DIFFRACTION	100
3.105-3.317	0.208	84	0.168	1741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.317-3.581	0.206	84	0.179	1624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.581-3.92	0.158	75	0.145	1494	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.378	0.126	73	0.11	1366	X-RAY DIFFRACTION	99.9306
4.378-5.045	0.134	46	0.114	1226	X-RAY DIFFRACTION	99.843
5.045-6.155	0.172	54	0.138	1019	X-RAY DIFFRACTION	100
6.155-8.604	0.172	43	0.134	815	X-RAY DIFFRACTION	100
8.604-40.3	0.167	33	0.154	474	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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