PDB-9azg: Native nnhA in H32

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9azg

タイトル

Native nnhA in H32

要素

2-nitroimidazole nitrohydrolase

キーワード

HYDROLASE / antibacterial / GME superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

2-nitroimidazole nitrohydrolase / nitroimidazole catabolic process / arginine deiminase activity / L-arginine deiminase pathway / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium sp. JS330 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.162 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the enzymatic breakdown of azomycin-derived antibiotics by 2-nitroimdazole hydrolase (NnhA).
著者: Ahmed, F.H. / Liu, J.W. / Royan, S. / Warden, A.C. / Esquirol, L. / Pandey, G. / Newman, J. / Scott, C. / Peat, T.S.

履歴

登録	2024年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9azg.cif.gz	96.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9azg.ent.gz	69.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9azg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9azg_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9azg_full_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示
XML形式データ	9azg_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	9azg_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/9azg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/9azg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9azhC 9b01C 9b02C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-nitroimidazole nitrohydrolase

ヘテロ分子

43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-nitroimidazole nitrohydrolase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
260 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_557	y,x,-z+2	1
crystal symmetry operation	5_557	x-y,-y,-z+2	1
crystal symmetry operation	6_557	-x,-x+y,-z+2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	206.360, 206.360, 70.303
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-704- HOH

#1: タンパク質	2-nitroimidazole nitrohydrolase / 2NI nitrohydrolase 分子量: 43132.492 Da / 分子数: 1 / 変異: T2I, G14D, K73R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium sp. JS330 (バクテリア) 遺伝子: nnhA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: F4ZCI3, 2-nitroimidazole nitrohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: Protein at 7mg/mL was set up in sitting drops with 300 nL of protein and 150 nL reservoir. The reservoir solution consisted of 21% polyacrylic acid 5100, 20 mM MgCl2 and 100 mM HEPES pH 7.2 at 20 C

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.45861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.45861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→48.71 Å / Num. obs: 30547 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 59.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.157 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 28.1
反射シェル	解像度: 2.16→2.23 Å / 冗長度: 20.2 % / R_merge(I) obs: 0.733 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique obs: 2620 / CC_1/2: 0.973 / R_pim(I) all: 0.165 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.162→48.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 6.68 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2065	1504	4.928 %
R_work	0.1677	29015	-
all	0.17	-	-
obs	-	30519	99.752 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.591 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.085 Å²	-2.042 Å²	0 Å²
2-	-	-4.085 Å²	0 Å²
3-	-	-	13.251 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.162→48.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2891	0	15	204	3110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	3007
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.553	1.817	4092
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.542	1.754	6359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.44	5	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.546	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.579	10	469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.029	10	147
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	436
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3661
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	713
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.186	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.124	2.981	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.114	2.98	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.145	5.35	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.148	5.351	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.116	3.307	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.115	3.308	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.817	5.917	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.815	5.918	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.33	37.353	12925
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.323	37.219	12829

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.162-2.218	0.284	106	0.295	2108	X-RAY DIFFRACTION	98.0514
2.218-2.279	0.285	101	0.265	2081	X-RAY DIFFRACTION	99.9542
2.279-2.345	0.277	106	0.232	2029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.345-2.417	0.248	100	0.222	1974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.417-2.496	0.275	101	0.196	1892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.496-2.583	0.235	101	0.177	1838	X-RAY DIFFRACTION	99.8455
2.583-2.681	0.255	85	0.177	1790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.681-2.79	0.204	96	0.162	1695	X-RAY DIFFRACTION	99.9442
2.79-2.913	0.211	96	0.163	1642	X-RAY DIFFRACTION	99.8851
2.913-3.055	0.226	91	0.17	1561	X-RAY DIFFRACTION	99.7585
3.055-3.22	0.2	72	0.17	1497	X-RAY DIFFRACTION	99.8092
3.22-3.414	0.202	73	0.18	1411	X-RAY DIFFRACTION	99.7982
3.414-3.648	0.234	74	0.175	1329	X-RAY DIFFRACTION	99.8577
3.648-3.939	0.209	51	0.15	1256	X-RAY DIFFRACTION	99.771
3.939-4.312	0.172	64	0.122	1149	X-RAY DIFFRACTION	99.8354
4.312-4.816	0.11	58	0.102	1033	X-RAY DIFFRACTION	99.9084
4.816-5.552	0.155	39	0.118	951	X-RAY DIFFRACTION	100
5.552-6.778	0.177	45	0.139	780	X-RAY DIFFRACTION	100
6.778-9.495	0.204	24	0.127	630	X-RAY DIFFRACTION	100
9.495-48.71	0.106	21	0.148	369	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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