PDB-9ay9: Co-crystal structure of human PRMT9 in complex with MRK-990 inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ay9

タイトル

Co-crystal structure of human PRMT9 in complex with MRK-990 inhibitor

要素

Protein arginine N-methyltransferase 9

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Methyltransferase / PRMT9 / SGC / TRANSPORT PROTEIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / mRNA processing / methylation / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Zeng, H. / Dong, A. / Li, Y. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Li, Y. / Gao, Y.D. / Schneider, S. / Siliphaivanh, P. / Sloman, D. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Co-crystal structure of human PRMT9 in complex with MRK-990 inhibitor
著者: Zeng, H. / Dong, A. / Li, Y. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Li, Y. / Gao, Y.D. / Schneider, S. / Siliphaivanh, P. / Sloman, D. / Nicholson, B. / Fischer, C. / Hicks, J. / Brown, P.J. / ...

履歴

登録	2024年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ay9.cif.gz	958.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ay9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ay9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ay9_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ay9_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9ay9_validation.xml.gz	45.8 KB	表示
CIF形式データ	9ay9_validation.cif.gz	75 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/9ay9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/9ay9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein arginine N-methyltransferase 9

B: Protein arginine N-methyltransferase 9

C: Protein arginine N-methyltransferase 9

D: Protein arginine N-methyltransferase 9

ヘテロ分子

324 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Protein arginine N-methyltransferase 9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Protein arginine N-methyltransferase 9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protein arginine N-methyltransferase 9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Protein arginine N-methyltransferase 9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.374, 223.078, 84.698
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein arginine N-methyltransferase 9 / Protein arginine N-methyltransferase 10 分子量: 80486.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT9, PRMT10 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q6P2P2, type II protein arginine methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-A1AHM / 7-[5-S-(4-{[(2-tert-butylpyridin-3-yl)methyl]amino}butyl)-5-thio-beta-D-ribofuranosyl]-5-methyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine 分子量: 514.683 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₈N₆O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M Ammonium Nitrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.22→50 Å / Num. obs: 151743 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.12 / Χ²: 1.474 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 801919

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.22-2.26	4.6	0.829	7594	0.565	0.85	0.429	0.938	1.175	98.4
2.26-2.3	4.6	0.825	7556	0.598	0.865	0.427	0.934	0.939	98.2
2.3-2.34	5.3	0.665	7652	0.745	0.924	0.317	0.74	0.901	98.5
2.34-2.39	5.1	0.544	7227	0.774	0.934	0.261	0.607	0.927	94.1
2.39-2.44	5.8	0.499	7708	0.851	0.959	0.229	0.55	0.955	99.2
2.44-2.5	6	0.455	7727	0.877	0.967	0.205	0.5	0.969	99.9
2.5-2.56	6	0.374	7755	0.909	0.976	0.168	0.41	1.016	99.9
2.56-2.63	6	0.328	7668	0.927	0.981	0.147	0.36	1.046	99.9
2.63-2.71	5.9	0.277	7731	0.942	0.985	0.125	0.305	1.11	99.8
2.71-2.8	5.8	0.23	7725	0.958	0.989	0.104	0.253	1.241	99.9
2.8-2.9	5.8	0.193	7720	0.968	0.992	0.088	0.213	1.338	99.8
2.9-3.01	5.6	0.157	7728	0.978	0.994	0.073	0.173	1.489	99.6
3.01-3.15	5.4	0.127	7715	0.981	0.995	0.06	0.141	1.722	99.2
3.15-3.32	5.2	0.11	7596	0.984	0.996	0.053	0.122	1.944	98.9
3.32-3.52	4.6	0.091	7571	0.986	0.996	0.045	0.102	2.113	96.6
3.52-3.8	4.5	0.085	7235	0.986	0.997	0.043	0.096	2.287	94
3.8-4.18	4.7	0.077	7383	0.987	0.997	0.039	0.087	2.464	95.4
4.18-4.78	4.6	0.069	7313	0.99	0.997	0.035	0.078	2.47	93.7
4.78-6.02	4.9	0.067	7424	0.99	0.997	0.033	0.076	2.347	95.4
6.02-50	5.2	0.057	7715	0.994	0.998	0.027	0.064	2	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.22→46.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.228 / SU R_free Blow DPI: 0.182 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.187

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	1509	0.99 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
obs	0.209	151692	97.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.6103 Å²	0 Å²	3.7554 Å²
2-	-	2.3658 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.7555 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.32 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.22→46.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18610	0	146	598	19354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	19286	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.11	26332	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		6369	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3295	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		19286	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.26
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.3
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		2637	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		21530	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.22→2.23 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3072	-	0.89 %
R_work	0.2771	3007	-
obs	-	-	76.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4322	-0.1701	-0.2389	0.5573	0.201	0.7979	-0.028	-0.1297	-0.1287	0.1134	0.009	0.1265	0.1489	0.0684	0.0191	-0.0582	-0.006	0.0721	-0.1477	0.0211	-0.0173	39.4543	4.8091	34.6322
2	0.7436	-0.2201	0.213	0.6312	-0.1543	0.4347	-0.0014	-0.066	-0.1483	-0.1335	0.0196	0.1174	0.1239	-0.1316	-0.0182	-0.0168	-0.0221	0.0289	-0.1555	-0.0075	-0.0584	7.9768	60.6644	-2.5143
3	0.7887	0.2575	0.2287	0.5654	-0.065	0.662	-0.0481	0.2652	0.0387	-0.1519	0.0671	0.034	-0.0239	0.0734	-0.019	-0.0756	-0.0464	0.0323	-0.1154	0.0024	-0.0987	-2.3028	-3.951	-15.6175
4	0.6409	0.0752	-0.174	0.5829	0.2475	0.7892	-0.0129	-0.0665	0.0277	-0.0273	0.0642	-0.1582	-0.0417	0.2616	-0.0513	-0.0873	0.003	0.075	-0.1386	-0.0442	-0.0663	-26.9503	51.9293	40.1513

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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