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万見
- PDB-9ay5: Tail-Baseplate of P1 bacteriophage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ay5
タイトルTail-Baseplate of P1 bacteriophage
要素
  • BplA
  • BplB
  • Gp16
  • Gp22
  • Gp26
  • PmgA
  • PmgG
  • Tub
キーワードVIRAL PROTEIN / P1 bacteriophage / baseplate-tail tube complex / baseplate / structural protein
機能・相同性Gp26 / Gp22 / BplB / Tub / BplA / Gp16 / PmgG / Pep44b
機能・相同性情報
生物種Escherichia phage P1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å
データ登録者Nakamura, T. / Sen, A. / Terashi, G. / Kihara, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM133840 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Baseplate of P1 bacteriophage
著者: Nakamura, T. / Sen, A. / Terashi, G. / Kihara, D.
履歴
登録2024年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tub
B: Tub
C: Tub
D: Tub
E: Tub
F: Tub
G: PmgG
H: PmgG
I: PmgG
J: PmgG
K: PmgG
L: PmgG
M: PmgA
N: PmgA
O: PmgA
P: PmgA
Q: PmgA
R: PmgA
S: Gp26
T: Gp26
U: Gp26
V: Gp26
W: Gp26
X: Gp26
Y: BplA
Z: BplA
0: BplA
1: BplA
2: BplA
3: BplA
4: BplA
5: BplA
6: BplA
7: BplA
8: BplA
9: BplA
a: Gp16
b: Gp16
c: Gp16
d: Gp16
e: Gp16
f: Gp16
g: Gp22
h: Gp22
i: Gp22
j: Gp22
k: Gp22
l: Gp22
m: Gp22
n: Gp22
o: Gp22
p: Gp22
q: Gp22
r: Gp22
AA: Gp22
BA: Gp22
CA: Gp22
DA: Gp22
EA: Gp22
FA: Gp22
GA: Gp22
HA: Gp22
IA: Gp22
JA: Gp22
KA: Gp22
LA: Gp22
MA: Gp22
NA: Gp22
OA: Gp22
PA: Gp22
QA: Gp22
RA: Gp22
AB: BplB
BB: BplB
CB: BplB
DB: BplB
EB: BplB
FB: BplB
GB: BplB
HB: BplB
IB: BplB
JB: BplB
KB: BplB
LB: BplB
MB: BplB
NB: BplB
OB: BplB
PB: BplB
QB: BplB
RB: BplB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,304,19990
ポリマ－3,304,19990
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 8種, 90分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ0123...

#1: タンパク質
Tub


分子量: 22335.309 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage P1 (ファージ) / 遺伝子: tub / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71TC8
#2: タンパク質
PmgG


分子量: 20578.162 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage P1 (ファージ) / 遺伝子: pmgG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71TM4
#3: タンパク質
PmgA


分子量: 13249.910 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage P1 (ファージ) / 遺伝子: pmgA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71TP1
#4: タンパク質
Gp26


分子量: 14472.648 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage P1 (ファージ) / 遺伝子: 26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71T87
#5: タンパク質
BplA


分子量: 53624.277 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage P1 (ファージ) / 遺伝子: bplA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71TD2
#6: タンパク質
Gp16


分子量: 31387.590 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage P1 (ファージ) / 遺伝子: 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71TD3
#7: タンパク質 ...
Gp22


分子量: 56989.246 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage P1 (ファージ) / 遺伝子: 22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71TB2
#8: タンパク質
BplB


分子量: 18827.127 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage P1 (ファージ) / 遺伝子: bplB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71TB5

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Escherichia phage P1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia phage P1 (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12800 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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