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- PDB-9axr: Crystal Structure of HY18-5B1_Ch Fab in Complex with Fentanyl -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9axr
タイトルCrystal Structure of HY18-5B1_Ch Fab in Complex with Fentanyl
要素
  • HY18-5B1_Ch Fab Heavy Chain
  • HY18-5B1_Ch Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / opioids / mAb / fentanyl / cross-reactive
機能・相同性Chem-7V7
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者McGovern, M.R. / Rodarte, J.V. / Pancera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)UG3 DA047711 米国
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Engineering of Monoclonal Antibodies for Improved Binding to Counteract the Effects of Fentanyl and Carfentanil.
著者: Rodarte, J. / Baehr, C. / Hicks, D. / McGovern, M. / Zhang, Y. / Silva-Ortiz, P. / Hannon, B. / Duddu, S. / Pancera, M. / Pravetoni, M.
履歴
登録2024年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HY18-5B1_Ch Fab Heavy Chain
B: HY18-5B1_Ch Fab Light Chain
H: HY18-5B1_Ch Fab Heavy Chain
L: HY18-5B1_Ch Fab Light Chain
C: HY18-5B1_Ch Fab Heavy Chain
D: HY18-5B1_Ch Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,8997
ポリマ－145,5626
非ポリマー3361
水00
1
A: HY18-5B1_Ch Fab Heavy Chain
B: HY18-5B1_Ch Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5212
ポリマ－48,5212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21600 Å2
手法PISA
2
H: HY18-5B1_Ch Fab Heavy Chain
L: HY18-5B1_Ch Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8573
ポリマ－48,5212
非ポリマー3361
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
3
C: HY18-5B1_Ch Fab Heavy Chain
D: HY18-5B1_Ch Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5212
ポリマ－48,5212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.635, 114.635, 90.951
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31

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要素

#1: 抗体 HY18-5B1_Ch Fab Heavy Chain


分子量: 24925.697 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 HY18-5B1_Ch Fab Light Chain


分子量: 23595.084 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-7V7 / N-phenyl-N-[1-(2-phenylethyl)piperidin-4-yl]propanamide / フェンタニル


分子量: 336.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H28N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.49 Å / Num. obs: 20115 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.946 / Rmerge(I) obs: 0.36 / Rpim(I) all: 0.173 / Rrim(I) all: 0.4 / Χ2: 2.04 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 105196
反射 シェル解像度: 3.3→3.56 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.024 / Num. measured all: 20841 / Num. unique obs: 4177 / CC1/2: 0.55 / Rpim(I) all: 0.508 / Rrim(I) all: 1.145 / Χ2: 1.22 / Net I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→48.49 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 118.65 / 位相誤差: 49.8346
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3164 900 4.48 %
Rwork0.2779 19198 -
obs0.2969 20098 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 94.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9131 0 25 0 9156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00259346
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.568312823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04171534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.00873096
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.510.40951470.37083204X-RAY DIFFRACTION95.58
3.51-3.780.41591580.35663187X-RAY DIFFRACTION95.28
3.78-4.160.3631620.34123190X-RAY DIFFRACTION95.11
4.16-4.760.29781180.29663247X-RAY DIFFRACTION96.49
4.76-5.990.33891200.28233223X-RAY DIFFRACTION96.38
6-48.490.31011950.25463147X-RAY DIFFRACTION94.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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