PDB-9axq: Crystal Structure of HY11-7E1_Hu3 Fab in the Apo Conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9axq

タイトル

Crystal Structure of HY11-7E1_Hu3 Fab in the Apo Conformation

要素

HY11-7E1_Hu3 Fab Heavy Chain
HY11-7E1_Hu3 Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / opioids / mAb / apo / cross-reactive

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Rodarte, J.V. / Pancera, M. / Hannon, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Engineering of Monoclonal Antibodies for Improved Binding to Counteract the Effects of Fentanyl and Carfentanil.
著者: Rodarte, J. / Baehr, C. / Hicks, D. / McGovern, M. / Zhang, Y. / Silva-Ortiz, P. / Hannon, B. / Duddu, S. / Pancera, M. / Pravetoni, M.

履歴

登録	2024年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9axq.cif.gz	342.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9axq.ent.gz	276.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9axq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9axq_validation.pdf.gz	502.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9axq_full_validation.pdf.gz	520.1 KB	表示
XML形式データ	9axq_validation.xml.gz	71.5 KB	表示
CIF形式データ	9axq_validation.cif.gz	92.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/9axq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/9axq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9axnC 9axoC 9axpC 9axrC 9axsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: HY11-7E1_Hu3 Fab Heavy Chain

L: HY11-7E1_Hu3 Fab Light Chain

A: HY11-7E1_Hu3 Fab Heavy Chain

C: HY11-7E1_Hu3 Fab Heavy Chain

E: HY11-7E1_Hu3 Fab Heavy Chain

B: HY11-7E1_Hu3 Fab Light Chain

D: HY11-7E1_Hu3 Fab Light Chain

F: HY11-7E1_Hu3 Fab Light Chain

ヘテロ分子

195 kDa, 8 ポリマー
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1

H: HY11-7E1_Hu3 Fab Heavy Chain

L: HY11-7E1_Hu3 Fab Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
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2

A: HY11-7E1_Hu3 Fab Heavy Chain

B: HY11-7E1_Hu3 Fab Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
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3

C: HY11-7E1_Hu3 Fab Heavy Chain

D: HY11-7E1_Hu3 Fab Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
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4

E: HY11-7E1_Hu3 Fab Heavy Chain

F: HY11-7E1_Hu3 Fab Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.581, 151.103, 104.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	HY11-7E1_Hu3 Fab Heavy Chain 分子量: 25201.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	HY11-7E1_Hu3 Fab Light Chain 分子量: 23378.889 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.6, 25% PEG 4K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 111677 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2.5 % / CC_1/2: 0.978 / CC star: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.132 / R_pim(I) all: 0.091 / R_rim(I) all: 0.161 / Χ²: 4.489 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 284536

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	1.9	0.876	4405	0.417	0.767	0.711	1.134	0.579	76.1
2.24-2.28	2.3	0.805	5515	0.375	0.739	0.63	1.028	0.652	93.7
2.28-2.32	2.3	0.79	5457	0.544	0.84	0.611	1.004	0.614	94.9
2.32-2.37	2.3	0.711	5557	0.579	0.857	0.548	0.903	0.675	95.6
2.37-2.42	2.4	0.627	5609	0.649	0.887	0.476	0.792	0.734	95.9
2.42-2.48	2.4	0.525	5541	0.718	0.914	0.395	0.66	0.779	95.8
2.48-2.54	2.4	0.436	5573	0.793	0.94	0.326	0.547	0.86	95.3
2.54-2.61	2.3	0.365	5525	0.612	0.872	0.281	0.463	1.063	94.6
2.61-2.69	2.6	0.315	5670	0.865	0.963	0.228	0.39	1.212	97.7
2.69-2.77	2.6	0.277	5684	0.875	0.966	0.197	0.341	1.512	97.7
2.77-2.87	2.6	0.235	5667	0.908	0.976	0.168	0.29	1.796	97.7
2.87-2.99	2.6	0.198	5674	0.934	0.983	0.142	0.244	2.3	97.3
2.99-3.12	2.5	0.175	5616	0.938	0.984	0.128	0.218	3.18	96.5
3.12-3.29	2.6	0.162	5642	0.942	0.985	0.114	0.199	4.691	96.8
3.29-3.49	2.8	0.145	5756	0.96	0.99	0.1	0.177	5.929	98
3.49-3.76	2.8	0.133	5706	0.962	0.99	0.091	0.162	7.095	97.8
3.76-4.14	2.7	0.124	5690	0.966	0.991	0.087	0.152	8.46	97.3
4.14-4.74	2.9	0.116	5754	0.973	0.993	0.078	0.141	9.866	98.6
4.74-5.97	2.9	0.108	5780	0.973	0.993	0.073	0.131	9.887	98.2
5.97-50	3	0.101	5856	0.98	0.995	0.068	0.122	15.176	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→42.83 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2376	5437	4.96 %
R_work	0.2077	-	-
obs	0.2091	109545	96.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13013	0	64	393	13470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	13387
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.583	18213
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.755	4776
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	2045
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2327

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.22	0.3791	156	0.3553	3090	X-RAY DIFFRACTION	85
2.23-2.25	0.3826	177	0.3618	3304	X-RAY DIFFRACTION	92
2.25-2.28	0.4189	183	0.3454	3353	X-RAY DIFFRACTION	93
2.28-2.31	0.3545	158	0.3341	3400	X-RAY DIFFRACTION	94
2.31-2.34	0.3726	207	0.3297	3407	X-RAY DIFFRACTION	95
2.34-2.37	0.3349	172	0.3104	3424	X-RAY DIFFRACTION	96
2.37-2.4	0.3674	171	0.2981	3469	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4-2.44	0.3615	183	0.2997	3413	X-RAY DIFFRACTION	95
2.44-2.48	0.3254	191	0.2827	3437	X-RAY DIFFRACTION	95
2.48-2.52	0.3298	184	0.2708	3433	X-RAY DIFFRACTION	95
2.52-2.56	0.2963	158	0.2593	3388	X-RAY DIFFRACTION	94
2.56-2.61	0.3162	185	0.2568	3472	X-RAY DIFFRACTION	96
2.61-2.66	0.2746	185	0.2506	3518	X-RAY DIFFRACTION	97
2.66-2.71	0.2749	176	0.2581	3482	X-RAY DIFFRACTION	98
2.71-2.77	0.2962	208	0.2539	3522	X-RAY DIFFRACTION	98
2.77-2.84	0.2932	157	0.2598	3545	X-RAY DIFFRACTION	97
2.84-2.91	0.2917	195	0.2687	3513	X-RAY DIFFRACTION	97
2.91-2.99	0.3288	183	0.2483	3479	X-RAY DIFFRACTION	97
2.99-3.07	0.3139	187	0.2515	3491	X-RAY DIFFRACTION	96
3.07-3.17	0.2892	174	0.2419	3421	X-RAY DIFFRACTION	95
3.17-3.29	0.2915	165	0.2316	3598	X-RAY DIFFRACTION	98
3.29-3.42	0.2537	174	0.2227	3537	X-RAY DIFFRACTION	98
3.42-3.57	0.2549	179	0.2091	3527	X-RAY DIFFRACTION	98
3.57-3.76	0.2098	203	0.1985	3523	X-RAY DIFFRACTION	98
3.76-4	0.1933	212	0.1842	3525	X-RAY DIFFRACTION	98
4-4.31	0.178	157	0.1597	3539	X-RAY DIFFRACTION	97
4.31-4.74	0.1777	191	0.1431	3572	X-RAY DIFFRACTION	99
4.74-5.42	0.1529	217	0.1417	3548	X-RAY DIFFRACTION	98
5.42-6.83	0.2053	185	0.1765	3572	X-RAY DIFFRACTION	98
6.83-42.83	0.188	164	0.1747	3606	X-RAY DIFFRACTION	97

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関連情報:EMDBヘッダ

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