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- PDB-9ax8: 70S initiation complex (tRNA-fMet M1, initiation factor 2 + CUG s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ax8
タイトル70S initiation complex (tRNA-fMet M1, initiation factor 2 + CUG start codon)
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 27
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • P-site tRNA-fMet M1
  • Translation initiation factor IF2
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / translation initiation / tRNA-fMet M1 / frameshifting / initiation factor 2
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate binding / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / translation initiation factor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis ...guanosine tetraphosphate binding / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / translation initiation factor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Elongation factor G domain 2 / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 ...: / Elongation factor G domain 2 / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L16 / : / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / L28p-like / Ribosomal protein L20
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L33 ...PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L33 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS14 / 50S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL18 / 30S ribosomal protein S9 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Translation initiation factor IF-2 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mattingly, J.M. / Nguyen, H.A. / Dunham, C.M.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM135060 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM093278 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM072528 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1TR000454 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of noncanonical translation initiation complexes.
著者: Jacob M Mattingly / Ha An Nguyen / Bappaditya Roy / Kurt Fredrick / Christine M Dunham /
要旨: Translation initiation is a highly regulated, multi-step process which is critical for efficient and accurate protein synthesis. In bacteria, initiation begins when mRNA, initiation factors, and a ...Translation initiation is a highly regulated, multi-step process which is critical for efficient and accurate protein synthesis. In bacteria, initiation begins when mRNA, initiation factors, and a dedicated initiator fMet-tRNA bind the small (30S) ribosomal subunit. Specific binding of fMet-tRNA in the peptidyl (P) site is mediated by the inspection of the fMet moiety by initiation factor IF2 and of three conserved G-C base pairs in the tRNA anticodon stem by the 30S head domain. Tandem A-minor interactions form between 16S ribosomal RNA nucleotides A1339 and G1338 and tRNA base pairs G30-C40 and G29-C41, respectively. Swapping the G30-C40 pair of tRNA with C-G reduces discrimination against the noncanonical start codon CUG in vitro, suggesting crosstalk between gripping of the anticodon stem and recognition of the start codon. Here, we solved electron cryomicroscopy structures of E. coli 70S initiation complexes containing an fMet-tRNA G30-C40 variant paired to noncanonical CUG start codon, in the presence or absence of IF2 and the non-hydrolyzable GTP analog GDPCP, alongside structures of 70S initiation complexes containing this tRNA variant paired to the canonical bacterial start codons AUG, GUG, and UUG. We find that the M1 mutation weakens A-minor interactions between tRNA and 16S nucleotides A1339 and G1338, with IF2 strengthening the interaction of G1338 with the tRNA minor groove. These structures suggest how even slight changes to the recognition of the fMet-tRNA anticodon stem by the ribosome can impact start codon selection.
履歴
登録2024年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L27
1: 50S ribosomal protein L28
2: 50S ribosomal protein L29
3: 50S ribosomal protein L30
4: 50S ribosomal protein L3
5: 50S ribosomal protein L32
6: 50S ribosomal protein L33
7: 50S ribosomal protein L34
8: 50S ribosomal protein L35
9: 50S ribosomal protein L2
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
H: 50S ribosomal protein L6
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
V: 50S ribosomal protein L25
X: 5S ribosomal RNA
Y: 50S ribosomal protein L36
a: 16S ribosomal RNA
b: 30S ribosomal protein S2
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
u: 30S ribosomal protein S21
x: mRNA
y: P-site tRNA-fMet M1
z: Translation initiation factor IF2
A: 23S ribosomal RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,169,942341
ポリマ－2,162,44553
非ポリマー7,497288
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 0123456789EFHJKLMNOPQRSTUVY

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8476.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SSG7
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2KZD0
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6IEL0
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A828UBL8
#7: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 5814.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A080IDV9
#8: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MGC4
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E1M2J4
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1AGK6
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P8BX24
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR17
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1EW51
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13451.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1NW45
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 14877.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A037Y8L6
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13721.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2T1LEK9
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3KXD9
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1PSA3
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3T7Q7
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SSG2
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQV2
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U9LWC1
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7XH79
#28: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2L017

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 XaxyA

#27: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38177.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1266940032
#29: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 498725.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1338015391
#50: RNA鎖 mRNA


分子量: 8706.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#51: RNA鎖 P-site tRNA-fMet M1


分子量: 24786.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 2260466602
#53: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 935101.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu

#30: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 24253.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U9ZNW8
#31: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V5
#32: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR62
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 15804.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4TL26
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A828U358
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3KYI7
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3EQD3
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQR7
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1P5F8
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 7117.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A090BZT4
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7XN21
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SYP2
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A080IK26
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / 30S ribosomal protein S18


分子量: 6328.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T9
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U9LGZ0
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TRH7
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 6067.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5C9AJ78

-
タンパク質 , 1種, 1分子 z

#52: タンパク質 Translation initiation factor IF2


分子量: 54866.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A376TVY0

-
非ポリマー , 2種, 288分子

#54: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#55: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: E. coli 70S ribosome in complex with fMet-tRNA-fMet M1, initiation factor 2, and mRNA containing P-site CUG start codon and A-site GUA codon
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#53 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3.1粒子像選択RELION-3.1 Laplacian-of-Gaussian and template-based pickers were used to prepare training particle sets for Topaz
2Topaz0.2.5粒子像選択Topaz 0.2.5 (through RELION-3.1 integration scripts) was used for final particle selection across the whole dataset
5CTFFIND4.1CTF補正CTFFIND-4.1 was used (through its RELION integration) to perform CTF estimation and correction
13RELION3.1３次元再構成Final reconstruction was performed using RELION-3.1 3D auto-refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42825 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 6O9K

6o9k


Accession code: 6O9K / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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