PDB-9aw4: Crystal structure of trypsin at 125 Kelvin with benzamidine (trip...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9aw4

タイトル

Crystal structure of trypsin at 125 Kelvin with benzamidine (triplicate)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.499 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 100 Kelvin with benzamidine
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9aw4.cif.gz	65.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9aw4.ent.gz	44 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9aw4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9aw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9aw4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9avxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.490, 58.282, 66.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.499→23.989 Å / Num. obs: 34353 / % possible obs: 98.87 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.813 / Net I/σ(I): 19.03
反射シェル	解像度: 1.5→23.97 Å / Num. unique obs: 2331 / CC_1/2: 0.813

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.499→23.989 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / WR_factor R_free: 0.19 / WR_factor R_work: 0.164 / SU B: 1.555 / SU ML: 0.057 / Average fsc free: 0.9626 / Average fsc work: 0.9711 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2197	1708	4.972 %
R_work	0.1902	32645	-
all	0.192	-	-
obs	-	34353	98.869 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.611 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.073 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.062 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.011 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.499→23.989 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	10	309	1948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.703	1.758	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.613	1.726	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.153	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.655	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.59	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.555	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.968	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	837
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	925
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.276	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.141	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.167	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.163	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.025	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.812	0.693	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.808	0.692	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.31	1.243	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.31	1.244	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.438	0.797	778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.437	0.797	779
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.248	1.386	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.248	1.386	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.632	11.111	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.012	8.549	1882

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.499-1.538	0.275	115	0.252	2334	0.253	2530	0.95	0.953	96.7984	0.227
1.538-1.58	0.258	103	0.262	2219	0.262	2442	0.929	0.942	95.086	0.239
1.58-1.626	0.261	99	0.238	2224	0.239	2405	0.931	0.95	96.5904	0.208
1.626-1.675	0.258	103	0.22	2170	0.222	2316	0.947	0.959	98.1433	0.193
1.675-1.73	0.253	106	0.203	2147	0.205	2269	0.952	0.968	99.2948	0.175
1.73-1.791	0.248	122	0.187	2046	0.191	2169	0.963	0.975	99.9539	0.161
1.791-1.858	0.217	115	0.171	2004	0.174	2120	0.974	0.98	99.9528	0.147
1.858-1.933	0.183	114	0.181	1921	0.181	2036	0.977	0.979	99.9509	0.155
1.933-2.018	0.232	99	0.178	1861	0.181	1961	0.967	0.979	99.949	0.151
2.018-2.116	0.193	104	0.174	1768	0.175	1875	0.975	0.981	99.84	0.152
2.116-2.23	0.22	76	0.177	1704	0.178	1786	0.972	0.981	99.6641	0.152
2.23-2.364	0.201	77	0.174	1615	0.175	1696	0.974	0.981	99.7642	0.149
2.364-2.525	0.219	96	0.187	1507	0.189	1605	0.969	0.978	99.8754	0.164
2.525-2.725	0.222	79	0.177	1414	0.18	1494	0.969	0.98	99.9331	0.157
2.725-2.981	0.21	66	0.191	1328	0.192	1394	0.972	0.977	100	0.167
2.981-3.327	0.196	55	0.187	1200	0.187	1256	0.972	0.978	99.9204	0.169
3.327-3.829	0.245	60	0.185	1069	0.188	1131	0.965	0.981	99.8232	0.169
3.829-4.66	0.139	55	0.137	914	0.137	969	0.989	0.99	100	0.133
4.66-6.469	0.228	44	0.173	733	0.176	777	0.977	0.985	100	0.162
6.469-23.989	0.285	20	0.221	468	0.223	489	0.962	0.97	99.7955	0.209

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新型コロナ情報

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