PDB-9avx: Crystal structure of trypsin at 100 Kelvin with benzamidine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9avx

タイトル

Crystal structure of trypsin at 100 Kelvin with benzamidine

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Benzamidine / Complex / x-ray.

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.497 Å

データ登録者

Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of trypsin at 100 Kelvin with benzamidine
著者: Lima, L.M.T.R. / de Sa Ribeiro, F.

履歴

登録	2024年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9avx.cif.gz	66.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9avx.ent.gz	43.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9avx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9avx_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9avx_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9avx_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	9avx_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/9avx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/9avx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9aw4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.296, 58.149, 66.462
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.2 詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.497→24.611 Å / Num. obs: 34353 / % possible obs: 99.33 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.8797 / Net I/σ(I): 17.53
反射シェル	解像度: 1.5→24.61 Å / Num. unique obs: 1742 / CC_1/2: 0.8797

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.497→24.611 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 1.035 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.069 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1846	1742	5.071 %
R_work	0.1552	32611	-
all	0.157	-	-
obs	-	34353	99.329 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.868 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.003 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.004 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.497→24.611 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	16	311	1956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.011	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.679	1.62	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.581	1.552	3493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.196	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.456	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.375	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.888	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.48	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	843
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	944
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.116	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.204	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.041	0.849	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.027	0.849	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.576	1.275	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.576	1.275	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.956	0.986	789
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.957	0.989	790
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.79	1.397	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.788	1.4	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.696	19.356	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.164	14.345	1875

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.497-1.536	0.228	121	0.185	2254	0.187	2516	0.971	0.98	94.3959	0.149
1.536-1.578	0.225	137	0.179	2288	0.181	2458	0.965	0.98	98.6574	0.148
1.578-1.624	0.233	127	0.162	2247	0.165	2388	0.971	0.984	99.4137	0.133
1.624-1.673	0.192	103	0.148	2184	0.15	2289	0.978	0.986	99.9126	0.125
1.673-1.728	0.202	110	0.141	2148	0.144	2259	0.974	0.987	99.9557	0.121
1.728-1.788	0.168	86	0.137	2096	0.139	2182	0.984	0.988	100	0.121
1.788-1.855	0.209	104	0.15	1980	0.153	2084	0.976	0.986	100	0.131
1.855-1.931	0.178	115	0.149	1918	0.151	2034	0.98	0.987	99.9508	0.135
1.931-2.016	0.194	104	0.158	1850	0.16	1954	0.978	0.985	100	0.146
2.016-2.114	0.19	96	0.159	1758	0.16	1855	0.98	0.985	99.9461	0.148
2.114-2.227	0.167	80	0.148	1697	0.149	1777	0.985	0.987	100	0.138
2.227-2.361	0.161	89	0.14	1616	0.141	1705	0.983	0.988	100	0.133
2.361-2.522	0.182	99	0.146	1491	0.148	1594	0.979	0.987	99.7491	0.139
2.522-2.722	0.182	76	0.15	1409	0.152	1487	0.982	0.986	99.8655	0.147
2.722-2.978	0.192	62	0.172	1319	0.173	1381	0.976	0.981	100	0.169
2.978-3.324	0.227	48	0.16	1209	0.163	1258	0.973	0.984	99.9205	0.163
3.324-3.826	0.142	46	0.161	1078	0.16	1126	0.985	0.984	99.8224	0.167
3.826-4.658	0.151	66	0.132	892	0.134	960	0.988	0.99	99.7917	0.148
4.658-6.473	0.199	56	0.168	717	0.17	775	0.983	0.988	99.7419	0.187
6.473-24.611	0.153	17	0.204	460	0.202	482	0.981	0.967	98.9627	0.225

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