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万見
- PDB-9avr: Human eIF4A-1 in complex with AMP-PNP, RNA, and the inhibitor sil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9avr
タイトルHuman eIF4A-1 in complex with AMP-PNP, RNA, and the inhibitor silvestrol
要素
  • Eukaryotic initiation factor 4A-I
  • RNA oligonucleotide (AG)5
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Eukaryotic initiation factor 4A-1 / silvestrol inhibitor / anti-cancer / RNA binding / drug
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / nuclear stress granule / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / cytoplasmic translational initiation / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / translation factor activity, RNA binding / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Ribosomal scanning and start codon recognition ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / nuclear stress granule / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / cytoplasmic translational initiation / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / translation factor activity, RNA binding / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation initiation factor activity / helicase activity / translational initiation / ISG15 antiviral mechanism / cytoplasmic stress granule / double-stranded RNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent RNA helicase eIF4A, DEAD-box helicase domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...ATP-dependent RNA helicase eIF4A, DEAD-box helicase domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / IODIDE ION / RNA / Eukaryotic initiation factor 4A-I
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Bhatt, G.B. / Naineni, S.K. / Cencic, R.C. / Jiramongkolsiri, E.J. / Huang, S.H. / Pelletier, J.P. / Nagar, B.N.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Protein-RNA interactions mediated by silvestrol-insight into a unique molecular clamp.
著者: Naineni, S.K. / Bhatt, G. / Jiramongkolsiri, E. / Robert, F. / Cencic, R. / Huang, S. / Nagar, B. / Pelletier, J.
履歴
登録2024年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic initiation factor 4A-I
B: RNA oligonucleotide (AG)5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9747
ポリマ－49,5352
非ポリマー1,4395
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.480, 84.295, 88.412
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Eukaryotic initiation factor 4A-I / eIF-4A-I / eIF4A-I / ATP-dependent RNA helicase eIF4A-1


分子量: 46207.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4A1, DDX2A, EIF4A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60842, RNA helicase
#2: RNA鎖 RNA oligonucleotide (AG)5


分子量: 3327.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 321分子

#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 化合物 ChemComp-A1AG8 / silvestrol / methyl (1R,2R,3S,3aR,8bS)-6-({(2S,3R,6R)-6-[(1R)-1,2-dihydroxyethyl]-3-methoxy-1,4-dioxan-2-yl}oxy)-1,8b-dihydroxy-8-methoxy-3a-(4-methoxyphenyl)-3-phenyl-2,3,3a,8b-tetrahydro-1H-benzo[b]cyclopenta[d]furan-2-carboxylate


分子量: 654.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H38O13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.08 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium iodide, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 33958 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 20.24 Å2 / CC1/2: 0.956 / Net I/σ(I): 0.3221
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Num. unique obs: 752 / CC1/2: 0.456

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3861精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.91→44.21 Å / SU ML: 0.1893 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.4538
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1967 4024 9.72 %
Rwork0.147 37379 -
obs0.1519 30812 95.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→44.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2983 177 81 316 3557
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01543316
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.46574531
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0812527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008538
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.78231263
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-2.120.24141060.1919907X-RAY DIFFRACTION45
2.12-2.160.2998960.197924X-RAY DIFFRACTION44.76
2.16-2.20.2484950.1941903X-RAY DIFFRACTION44.24
2.2-2.230.2395980.183917X-RAY DIFFRACTION45.35
2.24-2.280.22031090.1603966X-RAY DIFFRACTION46.86
2.28-2.320.24851000.16871075X-RAY DIFFRACTION50.89
2.32-2.380.21211260.17671120X-RAY DIFFRACTION55.13
2.38-2.430.22611370.16781145X-RAY DIFFRACTION57.23
2.43-2.490.25361310.16731254X-RAY DIFFRACTION61.01
2.49-2.560.22181580.16061311X-RAY DIFFRACTION64.15
2.56-2.630.23931500.15411432X-RAY DIFFRACTION70
2.63-2.720.22911470.15711599X-RAY DIFFRACTION76.98
2.72-2.820.21031950.14441648X-RAY DIFFRACTION80.94
2.82-2.930.22611900.14871751X-RAY DIFFRACTION84.69
2.93-3.060.18011870.13921768X-RAY DIFFRACTION87
3.06-3.220.18611950.14211793X-RAY DIFFRACTION87.62
3.22-3.430.17081940.13241840X-RAY DIFFRACTION89.96
3.43-3.690.18312150.13081948X-RAY DIFFRACTION95.04
3.69-4.060.1672090.12191899X-RAY DIFFRACTION92.78
4.06-4.650.1492130.11811962X-RAY DIFFRACTION95.27
4.65-5.850.19032160.13782033X-RAY DIFFRACTION99.65
5.86-44.210.18122160.15112034X-RAY DIFFRACTION99.29
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.517564332719-0.0366941115322-0.6174370799621.15572777018-0.735448427991.32542732869-0.0313670060290.1562221573950.110639389416-0.232713991860.1446109297790.22475910325-0.133972065137-0.688145650182-0.06289441032040.2159316132780.093769294221-0.03559531889790.2857718639670.03457302167350.161675355948-21.92627809394.583312786070.0946629010926
22.100935516620.1181852241831.086020616381.33154990236-0.3270470704391.56371938339-0.04160777699740.2498181306080.112092330038-0.04848844271830.000856303143255-0.16986065993-0.1828657030460.07073491143220.03410794487280.1491566251190.018826021990.01104362510790.0829188410213-0.01034666931210.123959667524-2.276568296594.086986409785.88982871544
31.294006615560.2101729097050.1321509934252.0832731588-0.5822512967851.135830395260.01894607232190.0185152020443-0.141112421814-0.0351244228420.004430051241560.0702511545220.0291853117626-0.111559369725-0.004523599816910.1230937558250.0355509914445-0.02508234040650.146672272765-0.03403504558580.116027680142-12.2197512629-15.745239823114.8885646754
42.935431221260.139854537578-0.2980468543143.00685269892-0.1678455077233.09579500483-0.003948492259750.00818560270438-0.2177282954970.07386901746650.06406937807530.1946054556860.164455252191-0.303252245373-0.0487162608640.1081723093690.0110906643111-0.02003428290820.1139189689990.0008357364039690.159651597281-18.6113518786-18.588253277616.3302748592
56.725862344361.20781852579-1.555447734115.78982996455-0.08393943594742.98989870040.102941906765-0.6589143474170.2139760596780.33861935242-0.28031441135-0.0799219396960.1726130688050.261524775030.113742452450.1236147195870.0245963672259-0.02731414913190.0742585529874-0.02834147899720.1461978430463.43730207891-8.1896512397518.8600273441
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 30 through 81 )AA30 - 811 - 52
22chain 'A' and (resid 82 through 202 )AA82 - 20253 - 173
33chain 'A' and (resid 203 through 320 )AA203 - 320174 - 291
44chain 'A' and (resid 321 through 402 )AA321 - 402292 - 373
55chain 'B' and (resid 1 through 8 )BB1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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