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- PDB-9auz: Crystal structure of S. aureus GuaB dCBS with inhibitor GNE9979 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9auz
タイトルCrystal structure of S. aureus GuaB dCBS with inhibitor GNE9979
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / GuaB / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSINIC ACID / : / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Harris, S.F. / Wu, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2024
タイトル: Discovery of GuaB inhibitors with efficacy against Acinetobacter baumannii infection.
著者: Kofoed, E.M. / Aliagas, I. / Crawford, T. / Mao, J. / Harris, S.F. / Xu, M. / Wang, S. / Wu, P. / Ma, F. / Clark, K. / Sims, J. / Xu, Y. / Peng, Y. / Skippington, E. / Yang, Y. / Reeder, J. / ...著者: Kofoed, E.M. / Aliagas, I. / Crawford, T. / Mao, J. / Harris, S.F. / Xu, M. / Wang, S. / Wu, P. / Ma, F. / Clark, K. / Sims, J. / Xu, Y. / Peng, Y. / Skippington, E. / Yang, Y. / Reeder, J. / Ubhayakar, S. / Baumgardner, M. / Yan, Z. / Chen, J. / Park, S. / Zhang, H. / Yen, C.-W. / Lorenzo, M. / Skelton, N. / Liang, X. / Chen, L. / Hoag, B. / Li, C.S. / Liu, Z. / Wai, J. / Liu, X. / Liang, J. / Tan, M.W.
履歴
登録2024年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3453
ポリマ－40,5981
非ポリマー7472
水1,27971
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,38112
ポリマ－162,3934
非ポリマー2,9888
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area16460 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area47370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.627, 100.627, 64.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH


分子量: 40598.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: guaB, SAUSA300_0388 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FJM6, IMP dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 化合物 ChemComp-VP4 / N-[4-chloro-3-(dimethylamino)phenyl]-N~2~-[3-(hydroxymethyl)quinolin-6-yl]-L-alaninamide


分子量: 398.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23ClN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1M Bicine pH 9, 0.1M NaCl, 30% PEG550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→71.15 Å / Num. obs: 23998 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 149556
反射 シェル解像度: 1.94→2.04 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 1.048 / Num. measured all: 19840 / Num. unique obs: 3452 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.469 / Rrim(I) all: 1.152 / Net I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→71.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.185 / SU Rfree Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.162
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1171 4.94 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.218 23705 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.7862 Å20 Å20 Å2
2--10.7862 Å20 Å2
3----21.5724 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.94→71.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2399 0 51 71 2521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012640HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.113596HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d947SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes60HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes412HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2640HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.45
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion351SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3129SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.94→2.03 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 -3.41 %
Rwork0.265 2606 -
all0.267 2698 -
obs--92.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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