PDB-9auv: Crystal structure of A. baumannii GuaB dCBS with inhibitor GNE9123

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9auv

タイトル

Crystal structure of A. baumannii GuaB dCBS with inhibitor GNE9123

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GuaB / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Harris, S.F. / Wu, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2024
タイトル: Discovery of GuaB inhibitors with efficacy against Acinetobacter baumannii infection.
著者: Kofoed, E.M. / Aliagas, I. / Crawford, T. / Mao, J. / Harris, S.F. / Xu, M. / Wang, S. / Wu, P. / Ma, F. / Clark, K. / Sims, J. / Xu, Y. / Peng, Y. / Skippington, E. / Yang, Y. / Reeder, J. / ...

履歴

登録	2024年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9auv.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9auv.ent.gz	932.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9auv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9auv_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9auv_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	9auv_validation.xml.gz	136.6 KB	表示
CIF形式データ	9auv_validation.cif.gz	182.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/9auv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/9auv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9auwC 9auxC 9auyC 9auzC 9av0C 9av1C 9av2C 9av3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

338 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.731, 127.277, 126.702
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH 分子量: 41522.379 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: guaB, HMPREF0010_03512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0CF46, IMP dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-VOA / N-(6-chloropyridin-3-yl)-N~2~-(1,4-dihydro-2H-pyrano[3,4-c]quinolin-9-yl)-L-alaninamide 分子量: 382.843 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₉ClN₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 20% isopropanol, 10% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→97.4 Å / Num. obs: 473886 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 1.82→1.92 Å / % possible obs: 77.2 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.517 / Num. measured all: 101082 / Num. unique obs: 30808 / CC_1/2: 0.821 / R_pim(I) all: 0.337 / R_rim(I) all: 0.621 / Net I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2-3874_final	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.83→46.54 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.8 / 位相誤差: 20.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1865	23912	5.05 %
R_work	0.1346	-	-
obs	0.1373	473886	88.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→46.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19908	0	400	2141	22449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	21025
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.654	28503
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.788	7701
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	3294
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3796

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.85	0.3027	830	0.2436	15922	X-RAY DIFFRACTION	94
1.85-1.87	0.3014	775	0.2384	15504	X-RAY DIFFRACTION	91
1.87-1.9	0.2797	756	0.2213	14112	X-RAY DIFFRACTION	83
1.9-1.9	0.3252	152	0.2479	3553	X-RAY DIFFRACTION	66
1.92-1.94	0.2743	682	0.2141	12326	X-RAY DIFFRACTION	92
1.94-1.97	0.2695	905	0.1973	16792	X-RAY DIFFRACTION	98
1.97-2	0.2475	859	0.1834	16625	X-RAY DIFFRACTION	98
2-2.03	0.2319	865	0.1746	16764	X-RAY DIFFRACTION	98
2.03-2.06	0.2321	842	0.1741	16705	X-RAY DIFFRACTION	98
2.06-2.09	0.2229	546	0.1574	10044	X-RAY DIFFRACTION	59
2.09-2.13	0.1972	921	0.1486	16453	X-RAY DIFFRACTION	97
2.13-2.17	0.215	849	0.1419	16564	X-RAY DIFFRACTION	97
2.17-2.21	0.2014	918	0.1402	16374	X-RAY DIFFRACTION	97
2.21-2.26	0.2198	566	0.1372	11528	X-RAY DIFFRACTION	67
2.26-2.31	0.1918	912	0.1279	16138	X-RAY DIFFRACTION	95
2.31-2.36	0.1783	869	0.1263	15773	X-RAY DIFFRACTION	93
2.36-2.42	0.1892	702	0.1235	14532	X-RAY DIFFRACTION	85
2.42-2.48	0.1895	864	0.1236	16054	X-RAY DIFFRACTION	94
2.48-2.56	0.1869	851	0.1238	16625	X-RAY DIFFRACTION	98
2.56-2.64	0.1935	958	0.1243	16618	X-RAY DIFFRACTION	98
2.64-2.73	0.2007	749	0.1276	13887	X-RAY DIFFRACTION	82
2.73-2.84	0.1918	852	0.1281	16617	X-RAY DIFFRACTION	97
2.84-2.97	0.2113	882	0.1333	16490	X-RAY DIFFRACTION	97
2.97-3.13	0.1794	858	0.1263	16523	X-RAY DIFFRACTION	97
3.13-3.32	0.1746	828	0.1287	15945	X-RAY DIFFRACTION	94
3.33-3.58	0.1752	778	0.1217	14681	X-RAY DIFFRACTION	87
3.58-3.94	0.1594	697	0.1192	13441	X-RAY DIFFRACTION	79
3.94-4.51	0.1428	898	0.1028	16044	X-RAY DIFFRACTION	95
4.51-5.68	0.1524	934	0.1163	15859	X-RAY DIFFRACTION	94
5.68-46.54	0.1609	814	0.1431	15481	X-RAY DIFFRACTION	91

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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