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- PDB-9auq: Crystal structure of 4-Fluoro-tryptophan labeled Oscillatoria Aga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9auq
タイトルCrystal structure of 4-Fluoro-tryptophan labeled Oscillatoria Agardhii agglutinin
要素Lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / Beta Barrel / carbohydrate binding / fluorinated
機能・相同性OAA-family lectin sugar binding domain / : / OAA-family lectin sugar binding domain / carbohydrate binding / Lectin
機能・相同性情報
生物種Planktothrix agardhii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Runge, B.R. / Zadorozhnyi, R.R. / Quinn, C.M. / Russell, R.W. / Lu, M. / Antolinez, S. / Struppe, J. / Schwieters, C.D. / Byeon, I.L. / Hadden-Perilla, J. ...Runge, B.R. / Zadorozhnyi, R.R. / Quinn, C.M. / Russell, R.W. / Lu, M. / Antolinez, S. / Struppe, J. / Schwieters, C.D. / Byeon, I.L. / Hadden-Perilla, J. / Gronenborn, A.M. / Polenova, T.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1708773 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1U54AI170791 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE0959496 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Integrating 19 F Distance Restraints for Accurate Protein Structure Determination by Magic Angle Spinning NMR Spectroscopy.
著者: Runge, B.R. / Zadorozhnyi, R. / Quinn, C.M. / Russell, R.W. / Lu, M. / Antolinez, S. / Struppe, J. / Schwieters, C.D. / Byeon, I.L. / Hadden-Perilla, J.A. / Gronenborn, A.M. / Polenova, T.
履歴
登録2024年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin
B: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9636
ポリマ－28,0772
非ポリマー8854
水1,802100
1
A: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4813
ポリマ－14,0391
非ポリマー4432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4813
ポリマ－14,0391
非ポリマー4432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.480, 47.303, 47.282
Angle α, β, γ (deg.)78.440, 63.360, 63.370
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Lectin


分子量: 14038.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planktothrix agardhii (バクテリア)
遺伝子: OAA, NO365_04266 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0STD7
#2: 化合物
ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M CAPS (pH 10.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年2月24日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→42.29 Å / Num. obs: 11304 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 1.93 % / Rmerge(I) obs: 0.014 / Rrim(I) all: 0.02 / Χ2: 1.22 / Net I/av σ(I): 43.9 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル解像度: 2.37→2.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.025 / Num. unique obs: 1106 / Rrim(I) all: 0.035 / Χ2: 1.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.37→29.9 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 1134 10.04 %
Rwork0.1652 10165 -
obs0.1725 11299 95.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.48 Å2 / Biso mean: 14.337 Å2 / Biso min: 2.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.37→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1978 0 56 100 2134
Biso mean--18.98 15.3 -
残基数----264
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.37-2.480.23420.16251181X-RAY DIFFRACTION89
2.48-2.610.32960.20161236X-RAY DIFFRACTION95
2.61-2.770.33430.19941265X-RAY DIFFRACTION95
2.77-2.990.25390.20561302X-RAY DIFFRACTION96
2.99-3.290.24040.19781269X-RAY DIFFRACTION96
3.29-3.760.2420.14891316X-RAY DIFFRACTION97
3.76-4.730.16590.13041317X-RAY DIFFRACTION96
4.74-29.90.21510.1371279X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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