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万見
- PDB-9b4v: 4F-Trp labeled Oscillatoria Agardhii Agglutinin (OAA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b4v
タイトル4F-Trp labeled Oscillatoria Agardhii Agglutinin (OAA)
要素Lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Beta Barrel / carbohydrate binding
機能・相同性OAA-family lectin sugar binding domain / : / OAA-family lectin sugar binding domain / carbohydrate binding / Lectin
機能・相同性情報
生物種Oscillatoria agardhii (バクテリア)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Runge, B.R. / Zadorozhnyi, R.R. / Quinn, C.M. / Russell, R.W. / Lu, M. / Antolinez, S. / Struppe, J. / Schwieters, C.D. / Byeon, I.L. / Hadden-Perilla, J. ...Runge, B.R. / Zadorozhnyi, R.R. / Quinn, C.M. / Russell, R.W. / Lu, M. / Antolinez, S. / Struppe, J. / Schwieters, C.D. / Byeon, I.L. / Hadden-Perilla, J. / Gronenborn, A.M. / Polenova, T.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE 1708773 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE 0959496 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54AI170791 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Integrating 19 F Distance Restraints for Accurate Protein Structure Determination by Magic Angle Spinning NMR Spectroscopy.
著者: Runge, B.R. / Zadorozhnyi, R. / Quinn, C.M. / Russell, R.W. / Lu, M. / Antolinez, S. / Struppe, J. / Schwieters, C.D. / Byeon, I.L. / Hadden-Perilla, J.A. / Gronenborn, A.M. / Polenova, T.
履歴
登録2024年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1701
ポリマ－14,1701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Lectin


分子量: 14169.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oscillatoria agardhii (バクテリア)
遺伝子: OAA, NO365_04266 / プラスミド: pET-26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: C0STD7
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D CORD 25 ms
121isotropic12D CORD 50 ms
131isotropic22D CORD 100 ms
141isotropic22D CORD 250 ms
151isotropic22D CORD 500 ms
161isotropic12D NCACX 50 ms
171isotropic12D NCOCX 25 ms
181isotropic13D NCACX 50 ms
191isotropic13D NCOCX 25 ms
1101isotropic22D hCH HETCOR
1111isotropic22D hNH HETCOR
1121isotropic32D 19F-19F RFDR
1131isotropic32D hCF HETCOR
1141isotropic33D hCHF HETCOR

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試料調製

詳細タイプ: single crystal
内容: 1.2 mM NaH2PO4, 0.8 mM K2HPO4, 0.2 mM Li2SO4, 0.1 mM CAPS, 30 mg/mL [U-100% 19F]-4F-Trp, U-100% 13C, U-100% 15N] OAA, H2O
詳細: Protein was buffer exchanged into 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl (pH 8.0) and concentrated to 30 mg/mL for crystallization.Sample prepared by sitting drop diffusion crystallization with a 1:1 ...詳細: Protein was buffer exchanged into 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl (pH 8.0) and concentrated to 30 mg/mL for crystallization.Sample prepared by sitting drop diffusion crystallization with a 1:1 ratio of protein buffer to crystallization buffer.
Label: 4F-Trp,U-13C-15N-OAA / 溶媒系: H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMNaH2PO4natural abundance1
0.8 mMK2HPO4natural abundance1
0.2 mMLi2SO4natural abundance1
0.1 mMCAPSnatural abundance1
30 mg/mLOAA[U-100% 19F]-4F-Trp, U-100% 13C, U-100% 15N]1
試料状態詳細: 4F-Trp,U-13C-15N-OAA crystals grown in 1.2 mM NaH2PO4/0.8 mM K2HPO4 (pH 5.5), 0.2 mM Li2SO4, and 0.1 mM CAPS (pH 10.5) at pH 6.3.
イオン強度: 2.3 mM / Label: CAPS condition / pH: 6.3 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8501
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JL.chemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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