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- PDB-9aud: Immune receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9aud
タイトルImmune receptor complex
要素
  • H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
  • NPLCK1-2 TCR TRBV1 Beta chain
  • NPLCK1-2_TCR TRAV6-5 alpha chain
  • Nucleoprotein,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / peptide HLA complex / IMMUNE SYSTEM-VIRAL peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / protein antigen binding / positive regulation of T cell differentiation / helical viral capsid / antigen processing and presentation / response to type II interferon ...positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / protein antigen binding / positive regulation of T cell differentiation / helical viral capsid / antigen processing and presentation / response to type II interferon / toxic substance binding / multivesicular body / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / cellular response to type II interferon / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / adaptive immune response / early endosome / lysosome / immune response / ribonucleoprotein complex / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / Golgi apparatus / RNA binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Influenza A virus H3N2 (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chaurasia, P. / Littler, D.R. / La Gruta, N. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2025
タイトル: LCK-co-receptor association ensures T cell lineage fidelity and maximizes epitope-specific TCR diversity.
著者: Zhang, J.B. / Chaurasia, P. / Nguyen, A. / Huang, Z. / Nguyen, T.T. / Xu, H. / Tran, M.T. / Reid, H.H. / Jones, C.M. / Schattgen, S.A. / Thiele, D. / Thomas, P.G. / Rientjes, J. / Good- ...著者: Zhang, J.B. / Chaurasia, P. / Nguyen, A. / Huang, Z. / Nguyen, T.T. / Xu, H. / Tran, M.T. / Reid, H.H. / Jones, C.M. / Schattgen, S.A. / Thiele, D. / Thomas, P.G. / Rientjes, J. / Good-Jacobson, K.L. / Ruscher, R. / Littler, D.R. / Rossjohn, J. / Zareie, P. / La Gruta, N.L.
履歴
登録2024年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
D: Nucleoprotein,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
A: NPLCK1-2_TCR TRAV6-5 alpha chain
B: NPLCK1-2 TCR TRBV1 Beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,13612
ポリマ－98,3224
非ポリマー8158
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)196.344, 196.344, 77.104
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 CDAB

#1: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / IAalpha


分子量: 21204.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Expression tag on C terminal residue 181-188 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Aa / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P14434
#2: タンパク質 Nucleoprotein,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 26266.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residue -25 to -11 (1-15 aligned sequence) QVYSLIRPNENPAHK- NP311-325, Flu peptide sequence. Residue GSGGSIEGRGGSGASGDS (16-34 aligned sequence) is unique peptide linker sequence from ...詳細: Residue -25 to -11 (1-15 aligned sequence) QVYSLIRPNENPAHK- NP311-325, Flu peptide sequence. Residue GSGGSIEGRGGSGASGDS (16-34 aligned sequence) is unique peptide linker sequence from construct, not present in electron density.,Residue -25 to -11 (1-15 aligned sequence) QVYSLIRPNENPAHK- NP311-325, Flu peptide sequence. Residue GSGGSIEGRGGSGASGDS (16-34 aligned sequence) is unique peptide linker sequence from construct, not present in electron density.
由来: (組換発現) Influenza A virus H3N2 (A型インフルエンザウイルス), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: NP, H2-Ab1, H2-iabeta / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O92607, UniProt: P14483
#3: タンパク質 NPLCK1-2_TCR TRAV6-5 alpha chain


分子量: 23039.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 NPLCK1-2 TCR TRBV1 Beta chain


分子量: 27811.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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糖 , 1種, 2分子

#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 48分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M BIS-TRIS prop pH 8.5, 20 %w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.37 Å / Num. obs: 24545 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 67.46 Å2 / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 3973 / CC1/2: 0.775 / Rpim(I) all: 0.169 / Rrim(I) all: 0.366 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→49.37 Å / SU ML: 0.3399 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.0546
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 1286 5.24 %
Rwork0.1829 23250 -
obs0.1847 24536 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6059 0 52 42 6153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00196306
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45348610
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0434970
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00351112
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.28092197
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.020.32291350.25032559X-RAY DIFFRACTION99.96
3.02-3.150.25061310.23092594X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.320.28211320.23352618X-RAY DIFFRACTION99.96
3.32-3.530.2471480.19772572X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.80.20521660.18862561X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.180.22281470.18572586X-RAY DIFFRACTION100
4.18-4.790.17371450.14262598X-RAY DIFFRACTION100
4.79-6.030.2081470.16432565X-RAY DIFFRACTION100
6.03-49.370.20021350.18172597X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.436607079273.173705590131.238938156258.271299343541.220187481722.09664885621-0.173323189710.4640405985830.14823003302-0.08857759180470.1653967900750.170713745327-0.1480923997760.1873867459390.02335154365330.2574008256010.02580577774380.03538234694050.4532508840210.06276163633750.28717957901567.30265312743.562751935218.3644661951
24.81014799652-2.89254452166-2.197942425759.333728296994.359420628364.71035713129-0.1251897451040.145799329407-0.3575103815580.1642754048140.0609271257903-0.4082712164430.3398010116910.3713639372090.06267329582530.3683099634050.0745106033929-0.04192186560170.5559646988830.08418177239720.40117948835184.535824159731.038856459616.8840218391
34.305400454571.089096059930.293579217424.15111147551.107763931023.80274508709-0.144103277305-0.724191700997-0.0006830676128670.7080159782680.041753565150.287841458633-0.02328226170970.1364231788260.08331012420270.471848016570.1061371110970.04381628725670.5103968195620.1140852167260.36317145399364.107867027444.27806699231.4775270285
42.65369474088-3.06667093844-3.018331882639.074941924476.845100780365.488681918410.0753182976179-0.9385145093660.4956287111470.679159596814-0.2594076265370.263249582573-0.507381877597-0.07775950712420.09501112652330.8047550293120.03948151121210.06274959501390.5567896857830.09299604675210.53414922352864.611527371755.664263362739.7043463281
51.735652039632.869024233143.474458497856.944324206543.711653119818.86968672593-0.200299706208-0.317098833666-0.02403804192330.2574136148360.08665772656191.09882750069-0.641527991761-1.206416213120.06492319087910.5414060367280.1810825360160.2013539760080.6849417858270.09996317581110.68441899756353.132987788849.811964623631.513152416
61.47594299230.589926782072-0.2911292010222.761976483961.265389876023.42009780775-0.2214994282930.273495511042-1.921250728510.0354749600877-0.07811758445850.5450929311220.7501652844740.2063730723940.2081291236430.538892900684-0.02123563102410.1323724025250.5684492828320.01740055687761.2313887129864.04823075419.394308760618.2018759486
71.71905650305-0.2910523810380.3920487989542.533204407020.7793833270510.382606400468-0.7279059213930.6383126506210.485124166233-0.6605301793190.8524620402770.4199625417080.7256441863750.2131979265710.004479565269881.33302137060.1362654318380.1501829413871.342803192740.4168047667541.2649530220170.80820446261.9867263129928.9342773317
80.946497053999-1.587357551330.8967213785864.45238266044-0.326996973855.8917105965-0.149920709578-0.432952540347-1.754039981310.696774037555-0.2255233937890.7218143882641.274181758180.2074878022880.343177432030.8478691771220.1134968958210.1724261295070.6477872841670.1732839834761.5069814274168.933218496110.903748757319.1083866528
96.40699994225-3.051156309551.349802759511.49833095305-0.9241551676942.529143178630.1551226971780.0578453576146-0.1237585131410.356551960940.3448308465951.24546028203-0.29720370785-0.699542539727-0.4231792879220.4681625564590.06759728739610.1262489484760.7338733422770.2422714054781.3632210341638.176452136961.009138269818.6830444802
101.614015813622.3386775042-3.323919027394.13666224399-5.766576046268.206710103290.3227220766330.431766652595-0.0384654020731.685740858950.4550029782661.53352951424-1.17467213617-0.709925046967-0.6887360159951.197891664930.2833015285930.2657262117531.521061060370.03679709196141.1864661226420.548349649791.321675049915.1026321138
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 1 through 76 )CA1 - 761 - 76
22chain 'C' and (resid 77 through 186 )CA77 - 18677 - 186
33chain 'D' and (resid -25 through 48 )DF-25 - 481 - 60
44chain 'D' and (resid 49 through 61 )DF49 - 6161 - 73
55chain 'D' and (resid 62 through 74 )DF62 - 7474 - 86
66chain 'D' and (resid 75 through 130 )DF75 - 13087 - 135
77chain 'D' and (resid 131 through 142 )DF131 - 142136 - 145
88chain 'D' and (resid 143 through 188 )DF143 - 188146 - 186
99chain 'A' and (resid 1 through 128 )AH1 - 1281 - 114
1010chain 'A' and (resid 129 through 141 )AH129 - 141115 - 125
1111chain 'A' and (resid 142 through 154 )AH142 - 154126 - 136
1212chain 'A' and (resid 155 through 204 )AH155 - 203137 - 171
1313chain 'B' and (resid 1 through 133 )BI1 - 1331 - 120
1414chain 'B' and (resid 134 through 253 )BI134 - 253121 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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