PDB-9ass: Crystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap4 from S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ass

タイトル

Crystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap4 from S. aureus

要素

Extracellular Adherence Protein
Neutrophil elastase

キーワード

PROTEIN BINDING / PROTEASE INHIBITOR / IMMUNE EVASION

機能・相同性

機能・相同性情報

leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Expression of NOTCH2NL genes / acute inflammatory response to antigenic stimulus / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Mishra, N.B. / Geisbrecht, B.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: S. aureus Eap is a polyvalent inhibitor of neutrophil serine proteases.
著者: Mishra, N. / Gido, C.D. / Herdendorf, T.J. / Hammel, M. / Hura, G.L. / Fu, Z.Q. / Geisbrecht, B.V.

履歴

登録	2024年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ass.cif.gz	147.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ass.ent.gz	112.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ass.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9ass_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ass_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9ass_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	9ass_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/9ass ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/9ass	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8d7iC 8d7kC 9asxC 9atkC 9atuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#162 - 2013年6月
ダームシジン (Dermcidin)
類似性 (1)
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類似性 (3)
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p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
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カスパーゼ (Caspases)
類似性 (2)
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類似性 (1)
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サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
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ペプシン (Pepsin)
類似性 (1)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Neutrophil elastase

C: Extracellular Adherence Protein

ヘテロ分子

36.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.621, 127.383, 148.675
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-479- HOH
2	1	A-495- HOH
3	1	A-522- HOH
4	1	C-512- HOH

#1: タンパク質

Neutrophil elastase / Bone marrow serine protease / Elastase-2 / Human leukocyte elastase / HLE / Medullasin / PMN elastase

分子量: 23318.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Homo sapiens (ヒト) / 組織: neutrophil / 参照: UniProt: P08246, leukocyte elastase

#2: タンパク質

Extracellular Adherence Protein / Protein map

分子量: 12336.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: map, SAV1938 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99QS1

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.01 M zinc sulfate heptahydrate 0.1M MES (pH 6.5) 25% (v/v) peg-550MME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 44585 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.809 / CC star: 0.946 / R_merge(I) obs: 0.205 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.215 / Χ²: 1.034 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 447621

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.75-1.81	5.5	1.56	4342	0.58	0.857	0.641	1.692	0.94	97.8
1.81-1.89	7.2	1.241	4439	0.751	0.926	0.448	1.322	1.083	99.6
1.89-1.97	8.6	0.944	4415	0.866	0.963	0.323	0.999	1.078	99.8
1.97-2.07	9.4	0.757	4421	0.156	0.52	0.266	0.805	1.07	99.5
2.07-2.2	9.5	0.592	4417	0.93	0.982	0.198	0.625	1.075	98.7
2.2-2.38	11.6	0.445	4474	0.97	0.992	0.136	0.466	1.056	100
2.38-2.61	12.1	0.309	4466	0.978	0.994	0.092	0.323	1.025	99.9
2.61-2.99	11.9	0.248	4462	0.985	0.996	0.074	0.259	1.048	99.7
2.99-3.77	12.1	0.147	4518	0.992	0.998	0.044	0.154	1.002	99.3
3.77-50	12.2	0.107	4631	0.991	0.998	0.032	0.112	0.961	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→41.51 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2124	1984	4.47 %
R_work	0.1885	-	-
obs	0.1896	44362	98.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→41.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2424	0	81	246	2751

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2546
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.797	3448
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.413	947
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	417
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	433

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.8	0.2986	132	0.2972	2849	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8-1.85	0.2547	140	0.2652	2969	X-RAY DIFFRACTION	98
1.85-1.9	0.2481	137	0.2451	2977	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9-1.96	0.2721	140	0.2185	3027	X-RAY DIFFRACTION	99
1.96-2.03	0.2517	142	0.2278	3013	X-RAY DIFFRACTION	99
2.03-2.11	0.2266	140	0.2013	2990	X-RAY DIFFRACTION	99
2.11-2.21	0.23	140	0.1953	3011	X-RAY DIFFRACTION	98
2.21-2.33	0.2088	143	0.1925	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.47	0.2042	144	0.1875	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.66	0.215	143	0.1922	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.93	0.2181	144	0.1957	3049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.35	0.2047	143	0.1918	3051	X-RAY DIFFRACTION	99
3.36-4.23	0.1842	146	0.1607	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
4.23-41.51	0.2011	150	0.1649	3194	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0915	0.0028	0.0599	0.053	0.0715	0.0853	0.0672	0.0006	0.0282	-0.1506	-0.1252	-0.3248	-0.099	-0.0827	-0.0021	0.2318	0.0378	0.0825	0.1781	0.0348	0.2755	11.1806	-3.035	-23.6706
2	0.1715	-0.0203	-0.1488	0.2932	0.3707	0.623	0.0837	0.0478	0.1211	-0.1538	-0.0522	-0.1375	0.0261	-0.1864	0.1153	0.1954	0.0343	0.0685	0.1958	0.0524	0.2082	6.8022	-16.6	-30.8623
3	0.4056	-0.0062	0.0919	0.4213	0.6246	0.8517	0.0595	0.0597	-0.009	0.0357	0.0711	-0.3414	0.1247	-0.0126	0.2149	0.223	0.0298	0.0539	0.1713	0.0408	0.2806	14.5096	-22.2115	-28.6606
4	0.4039	-0.0343	-0.178	0.071	0.2037	0.5602	0.117	-0.0089	-0.1057	0.0554	-0.0365	-0.517	-0.0602	0.0033	0.0778	0.1088	-0.003	-0.1022	0.1743	0.0524	0.4761	21.8567	-13.1098	-13.4437
5	0.0498	-0.0247	0.0297	0.0354	-0.006	0.018	0.034	-0.0598	0.1599	-0.0389	-0.0232	-0.0219	0.0338	-0.0325	-0.0001	0.1901	0.0163	0.0302	0.223	0.0263	0.1843	-0.2149	-7.59	-19.8953
6	0.1374	-0.0608	-0.1707	0.0357	0.0433	0.1513	-0.0008	-0.0016	0.0782	0.191	-0.0548	-0.4761	-0.0341	0.1244	0.0754	0.2529	0.0262	-0.1107	0.2123	0.0161	0.2689	14.857	-13.9945	-8.7812
7	0.0612	-0.0364	0.0457	0.0206	-0.0119	0.0302	-0.0916	-0.0582	-0.0449	0.1227	-0.0329	-0.2143	0.0817	0.0329	-0	0.1909	0.0139	-0.0315	0.2009	0.0201	0.1977	6.2222	-10.2342	-12.1638
8	0.0883	0.1017	0.0037	0.4734	-0.0217	0.1626	0.0983	-0.0627	-0.0556	0.4182	-0.0488	-0.6732	0.0145	-0.0292	-0.0103	0.1551	0.0302	-0.028	0.1785	0.0316	0.3786	16.172	-18.5721	-16.2305
9	0.2252	-0.0606	0.1778	0.0224	-0.0432	0.1683	-0.2641	0.226	0.0839	0.0181	-0.0212	0.1004	-0.0476	-0.1252	-0.1262	0.4607	-0.2942	0.0809	0.5745	-0.0436	0.0974	-16.8388	-30.0307	-18.0703
10	0.0199	-0.0027	0.0035	0.0081	-0.0051	0.0069	-0.1573	0.0027	-0.1425	0.1043	-0.1493	-0.0177	0.0087	0.0038	0.0001	0.6865	-0.1543	0.1791	0.5373	-0.0375	0.4449	-19.4711	-39.5951	-10.8603
11	0.0013	-0.0022	-0.0036	0.0181	-0	0.006	-0.0216	0.1546	0.1327	0.0846	-0.0316	-0.0668	0.039	0.0003	0	0.417	-0.2731	-0.026	0.7088	0.0496	0.3281	-18.3933	-26.0301	-19.5888
12	-0.0006	-0.0011	0.0016	0.0049	-0.0057	-0.0008	0.0576	0.1251	0.1563	0.1149	-0.0602	0.2508	0.0121	-0.386	-0.0031	0.1888	-0.0756	-0.0265	0.4462	0.0835	0.2417	-9.5472	-17.5536	-23.7137
13	0.7875	-0.4313	-0.1137	0.2582	0.066	0.0373	0.1274	0.1379	0.2685	-0.0867	-0.0121	-0.0778	0.1976	-0.4312	0.0254	0.2476	-0.0872	0.0039	0.3523	0.0052	0.134	-13.306	-24.4343	-10.7242
14	0.0564	0.0209	0.0091	0.0248	-0.0014	0.0159	-0.2733	-0.0671	0.1107	0.0498	0.0171	-0.1191	0.1359	-0.1219	-0.0042	0.317	-0.0778	0.0265	0.3602	-0.0113	0.1809	-10.7769	-27.5658	1.0828
15	0.0723	-0.0016	0.0068	0.0322	0.0845	0.2716	-0.3301	0.1448	-0.4515	-0.1623	0.2029	-0.2832	0.4579	0.0368	-0.0001	0.4544	-0.1264	0.1245	0.2991	-0.0804	0.1975	-4.3825	-32.7643	-16.9803
16	0.0435	0.0563	-0.0152	0.0589	-0.0412	0.0198	0.0395	-0.0385	0.0889	-0.0365	0.0172	0.026	0.305	-0.1971	0.0173	0.2084	-0.0365	-0.0003	0.2345	0.0252	0.1101	-0.7991	-22.6267	-13.2169
17	0.1801	-0.1952	-0.0706	0.258	-0.0096	0.3626	-0.2095	0.4618	-0.1809	0.0565	0.1608	-0.0264	0.2394	0.0615	0.1136	0.5159	-0.4018	0.231	0.5372	0.0333	-0.1811	-10.1762	-32.1597	-17.5807

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 29 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 95 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 96 through 137 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 138 through 154 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 155 through 168 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 169 through 188 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 189 through 203 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 204 through 246 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 371 through 380 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 381 through 388 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 389 through 393 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 394 through 400 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 401 through 416 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 417 through 427 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 428 through 444 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 445 through 456 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 457 through 468 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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