PDB-8zxi: Peptide channel interactions in the truncated VhChiP nanopore

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zxi

タイトル

Peptide channel interactions in the truncated VhChiP nanopore

要素

ASP-GLY-ALA-ASN-SER-ASP
Chitoporin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Vibrio species / Chitin / outer-membrane protein / sugar-specific porin / marine bacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio harveyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.12 Å

データ登録者

Sanram, S. / Suginta, W. / Robinson, R.C.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and function of truncated VhChiP
著者: Sanram, S. / Suginta, W. / Robinson, R.C.

履歴

登録	2024年6月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zxi.cif.gz	392.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zxi.ent.gz	316.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zxi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zxi_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zxi_full_validation.pdf.gz	5.7 MB	表示
XML形式データ	8zxi_validation.xml.gz	82.1 KB	表示
CIF形式データ	8zxi_validation.cif.gz	107 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/8zxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/8zxi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x5pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitoporin

B: Chitoporin

C: Chitoporin

D: Chitoporin

E: Chitoporin

F: Chitoporin

H: ASP-GLY-ALA-ASN-SER-ASP

ヘテロ分子

223 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chitoporin

ヘテロ分子

D: Chitoporin

ヘテロ分子

C: Chitoporin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chitoporin

E: Chitoporin

F: Chitoporin

H: ASP-GLY-ALA-ASN-SER-ASP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.085, 182.602, 196.808
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Chitoporin 分子量: 36469.539 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: chiP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0RVU0
#2: タンパク質・ペプチド	ASP-GLY-ALA-ASN-SER-ASP 分子量: 848.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio harveyi (バクテリア)
#3: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE 分子量: 306.438 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.7 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: The final and optimized condition, which yielded substantial crystals, was identified as consisting of 0.1M magnesium nitrate hexahydrate, 0.05M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M sodium ...詳細: The final and optimized condition, which yielded substantial crystals, was identified as consisting of 0.1M magnesium nitrate hexahydrate, 0.05M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M sodium citrate at a pH of 6.5, and 20% w/v PEG 1500.

結晶

マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.7 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The final and optimized condition, which yielded substantial crystals, was identified as consisting of 0.1M magnesium nitrate hexahydrate, 0.05M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M sodium ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月17日
詳細: LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator , A Pair of K-B Focusing Mirrors

放射

モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 84382 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 41.22 Å² / CC_1/2: 0.925 / CC star: 0.98 / R_pim(I) all: 0.089 / R_rim(I) all: 0.331 / Χ²: 0.925 / Net I/av σ(I): 7.3 / Net I/σ(I): 14.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.7-2.75	7.2	1.787	4118	0.504	0.819	0.645	1.906	0.797	97.3
2.75-2.8	8.4	1.703	4127	0.661	0.892	0.581	1.803	0.803	99.3
2.8-2.85	9.9	1.595	4143	0.73	0.919	0.509	1.677	0.804	97.9
2.85-2.91	11.4	1.566	4189	0.752	0.926	0.472	1.637	0.823	100
2.91-2.97	12.7	1.426	4140	0.815	0.948	0.41	1.485	0.84	98.1
2.97-3.04	13.7	1.31	4154	0.847	0.958	0.362	1.36	0.849	98.8
3.04-3.12	14.5	1.07	4187	0.888	0.97	0.289	1.109	0.878	99.5
3.12-3.2	14.8	0.84	4178	0.925	0.98	0.225	0.87	0.902	98.6
3.2-3.29	14.9	0.642	4158	0.949	0.987	0.171	0.664	0.938	98.8
3.29-3.4	14.9	0.534	4229	0.966	0.991	0.142	0.553	0.952	99.6
3.4-3.52	15.1	0.402	4192	0.978	0.994	0.107	0.416	1.012	99.4
3.52-3.66	15.1	0.355	4185	0.978	0.994	0.095	0.367	1.018	99.1
3.66-3.83	15.1	0.262	4209	0.987	0.997	0.07	0.271	1.046	99.3
3.83-4.03	15.1	0.23	4253	0.989	0.997	0.061	0.238	1.031	99.4
4.03-4.28	15.1	0.178	4226	0.992	0.998	0.047	0.184	1.024	99.1
4.28-4.6	14.9	0.128	4231	0.995	0.999	0.034	0.132	1.019	99.6
4.6-5.06	15	0.115	4282	0.997	0.999	0.031	0.119	0.934	99.5
5.06-5.77	14.9	0.127	4317	0.994	0.999	0.034	0.132	0.909	99.7
5.77-7.22	14.7	0.123	4348	0.992	0.998	0.033	0.128	0.897	99.7
7.22-20	13.8	0.077	4516	0.994	0.998	0.022	0.081	0.79	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.12→19.87 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2519	2722	4.97 %
R_work	0.195	-	-
obs	0.198	54792	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.12→19.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15294	0	124	299	15717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	15788
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.113	21392
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.826	2287
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	2074
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2886

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.12-3.18	0.3389	132	0.2431	2652	X-RAY DIFFRACTION	98
3.18-3.24	0.3038	114	0.2173	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.3	0.274	121	0.205	2705	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3-3.37	0.2637	149	0.2079	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.45	0.2779	141	0.199	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
3.45-3.54	0.2735	145	0.1995	2702	X-RAY DIFFRACTION	99
3.54-3.63	0.3036	149	0.2	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.74	0.2508	128	0.1884	2742	X-RAY DIFFRACTION	99
3.74-3.86	0.2339	160	0.1817	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4	0.2643	121	0.1994	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
4-4.16	0.2442	146	0.196	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
4.16-4.34	0.3026	146	0.1867	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
4.34-4.57	0.2087	172	0.1721	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.57-4.85	0.2078	144	0.1676	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
4.85-5.22	0.2188	154	0.1663	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
5.22-5.73	0.2236	146	0.188	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
5.73-6.54	0.2769	138	0.2006	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
6.54-8.14	0.2503	141	0.2031	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
8.14-19.87	0.2254	175	0.2327	2894	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)