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- PDB-7x5p: Truncated VhChiP (1-19aa) in complex with doxycycline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x5p
タイトルTruncated VhChiP (1-19aa) in complex with doxycycline
要素Chitoporin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Vibrio species / Chitin / outer-membrane protein / sugar-specific porin / marine bacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / : / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DXT / Chitoporin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sanram, S. / Robinson, C.R. / Aunkham, A. / Suginta, W.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
Vidyasirimedhi Institute of Science and Technology (VISTEC) タイ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and function of truncated VhChiP
著者: Aunkham, A. / Sanram, S. / Suginta, W.
履歴
登録2022年3月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitoporin
B: Chitoporin
C: Chitoporin
D: Chitoporin
E: Chitoporin
F: Chitoporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,55941
ポリマ－218,8176
非ポリマー6,74235
水37821
1
C: Chitoporin
D: Chitoporin
F: Chitoporin
ヘテロ分子

A: Chitoporin
B: Chitoporin
E: Chitoporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,55941
ポリマ－218,8176
非ポリマー6,74235
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area18890 Å2
ΔGint-285 kcal/mol
Surface area78340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.393, 92.500, 96.522
Angle α, β, γ (deg.)101.110, 101.140, 109.720
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 20 through 125 or (resid 126...
21(chain B and (resid 20 through 39 or (resid 40...
31(chain C and (resid 20 through 39 or (resid 40...
41(chain D and (resid 20 through 39 or (resid 40...
51(chain E and (resid 20 through 39 or (resid 40...
61(chain F and (resid 20 through 39 or (resid 40...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUALAALA(chain A and (resid 20 through 125 or (resid 126...AA20 - 1251 - 106
12SERSERASNASN(chain A and (resid 20 through 125 or (resid 126...AA126 - 127107 - 108
13GLUGLUPHEPHE(chain A and (resid 20 through 125 or (resid 126...AA20 - 3501 - 331
14GLUGLUPHEPHE(chain A and (resid 20 through 125 or (resid 126...AA20 - 3501 - 331
15GLUGLUPHEPHE(chain A and (resid 20 through 125 or (resid 126...AA20 - 3501 - 331
16GLUGLUPHEPHE(chain A and (resid 20 through 125 or (resid 126...AA20 - 3501 - 331
21GLUGLUALAALA(chain B and (resid 20 through 39 or (resid 40...BB20 - 391 - 20
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 20 through 39 or (resid 40...BB4021
23GLUGLUPHEPHE(chain B and (resid 20 through 39 or (resid 40...BB20 - 3501 - 331
24GLUGLUPHEPHE(chain B and (resid 20 through 39 or (resid 40...BB20 - 3501 - 331
25GLUGLUPHEPHE(chain B and (resid 20 through 39 or (resid 40...BB20 - 3501 - 331
26GLUGLUPHEPHE(chain B and (resid 20 through 39 or (resid 40...BB20 - 3501 - 331
31GLUGLUALAALA(chain C and (resid 20 through 39 or (resid 40...CC20 - 391 - 20
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 20 through 39 or (resid 40...CC4021
33GLUGLUPHEPHE(chain C and (resid 20 through 39 or (resid 40...CC20 - 3501 - 331
34GLUGLUPHEPHE(chain C and (resid 20 through 39 or (resid 40...CC20 - 3501 - 331
35GLUGLUPHEPHE(chain C and (resid 20 through 39 or (resid 40...CC20 - 3501 - 331
36GLUGLUPHEPHE(chain C and (resid 20 through 39 or (resid 40...CC20 - 3501 - 331
41GLUGLUALAALA(chain D and (resid 20 through 39 or (resid 40...DD20 - 391 - 20
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 20 through 39 or (resid 40...DD4021
43GLUGLUPHEPHE(chain D and (resid 20 through 39 or (resid 40...DD20 - 3501 - 331
44GLUGLUPHEPHE(chain D and (resid 20 through 39 or (resid 40...DD20 - 3501 - 331
45GLUGLUPHEPHE(chain D and (resid 20 through 39 or (resid 40...DD20 - 3501 - 331
46GLUGLUPHEPHE(chain D and (resid 20 through 39 or (resid 40...DD20 - 3501 - 331
51GLUGLUALAALA(chain E and (resid 20 through 39 or (resid 40...EE20 - 391 - 20
52LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 20 through 39 or (resid 40...EE4021
53GLUGLUPHEPHE(chain E and (resid 20 through 39 or (resid 40...EE20 - 3501 - 331
54GLUGLUPHEPHE(chain E and (resid 20 through 39 or (resid 40...EE20 - 3501 - 331
55GLUGLUPHEPHE(chain E and (resid 20 through 39 or (resid 40...EE20 - 3501 - 331
56GLUGLUPHEPHE(chain E and (resid 20 through 39 or (resid 40...EE20 - 3501 - 331
61GLUGLUALAALA(chain F and (resid 20 through 39 or (resid 40...FF20 - 391 - 20
62LYSLYSLYSLYS(chain F and (resid 20 through 39 or (resid 40...FF4021
63GLUGLUPHEPHE(chain F and (resid 20 through 39 or (resid 40...FF20 - 3501 - 331
64GLUGLUPHEPHE(chain F and (resid 20 through 39 or (resid 40...FF20 - 3501 - 331
65GLUGLUPHEPHE(chain F and (resid 20 through 39 or (resid 40...FF20 - 3501 - 331
66GLUGLUPHEPHE(chain F and (resid 20 through 39 or (resid 40...FF20 - 3501 - 331

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要素

#1: タンパク質
Chitoporin


分子量: 36469.539 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: chiP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0RVU0
#2: 化合物
ChemComp-DXT / (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE / DOXYTETRACYCLINE / DOXYCYCLINE


分子量: 444.435 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N2O8
#3: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE


分子量: 306.438 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.21 % / 解説: Hexagonal shape, 200X300 micron.
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.075 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 8, and 22 % w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月17日
詳細: LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator , A Pair of K-B Focusing Mirrors
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→20.02 Å / Num. obs: 36533 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.942 / CC star: 0.985 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.499 / Net I/σ(I): 53.9
反射 シェル解像度: 3.4→3.4 Å / Num. unique obs: 36533 / CC1/2: 0.942

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MDO

5mdo


解像度: 3.4→20.02 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 27.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 1993 5.46 %
Rwork0.1821 34519 -
obs0.1862 36512 94.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.68 Å2 / Biso mean: 50.9274 Å2 / Biso min: 20.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→20.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15392 0 330 21 15743
Biso mean--72.37 29.78 -
残基数----1986
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6018X-RAY DIFFRACTION8.948TORSIONAL
12B6018X-RAY DIFFRACTION8.948TORSIONAL
13C6018X-RAY DIFFRACTION8.948TORSIONAL
14D6018X-RAY DIFFRACTION8.948TORSIONAL
15E6018X-RAY DIFFRACTION8.948TORSIONAL
16F6018X-RAY DIFFRACTION8.948TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4-3.490.3041080.19551830193872
3.49-3.580.31290.2082258238784
3.58-3.690.33551320.21152359249190
3.69-3.810.27411410.18462412255394
3.81-3.940.23721440.19382521266597
3.94-4.10.31061470.20532549269698
4.1-4.280.2671480.18162589273798
4.28-4.510.24731470.17242546269399
4.51-4.780.21871490.15872593274299
4.78-5.150.22491520.15662576272899
5.15-5.660.22311500.17182569271999
5.66-6.450.24361500.18292581273199
6.45-8.040.28491520.17712583273599
8.04-20.020.23051440.18812553269798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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