PDB-8zwd: Crystal structure of methanol dehydrogenase1 from Bacillus methan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zwd

タイトル

Crystal structure of methanol dehydrogenase1 from Bacillus methanolicus

要素

NAD(P)-dependent methanol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / methanol dehydrogenase / TypeIII alcohol dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

methanol dehydrogenase / methanol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus methanolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Ma, B.D. / Kong, X.D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of methanol dehydrogenase1 from Bacillus methanolicus
著者: Ma, B.D. / Kong, X.D.

履歴

登録	2024年6月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zwd.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zwd.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zwd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zwd_validation.pdf.gz	533.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zwd_full_validation.pdf.gz	614.8 KB	表示
XML形式データ	8zwd_validation.xml.gz	146.3 KB	表示
CIF形式データ	8zwd_validation.cif.gz	190.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/8zwd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/8zwd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zrl
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: NAD(P)-dependent methanol dehydrogenase

D: NAD(P)-dependent methanol dehydrogenase

H: NAD(P)-dependent methanol dehydrogenase

J: NAD(P)-dependent methanol dehydrogenase

E: NAD(P)-dependent methanol dehydrogenase

G: NAD(P)-dependent methanol dehydrogenase

F: NAD(P)-dependent methanol dehydrogenase

C: NAD(P)-dependent methanol dehydrogenase

A: NAD(P)-dependent methanol dehydrogenase

I: NAD(P)-dependent methanol dehydrogenase

ヘテロ分子

413 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	256.022, 83.578, 220.557
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NAD(P)-dependent methanol dehydrogenase / NAD-dependent methanol dehydrogenase 分子量: 41286.047 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus methanolicus (バクテリア) 遺伝子: mdh, BMMGA3_17200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TV41, methanol dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.96 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis Tris propane 7.2, 23 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→255.07 Å / Num. obs: 94482 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.839 / R_merge(I) obs: 0.207 / R_pim(I) all: 0.124 / R_rim(I) all: 0.242 / Χ²: 1.25 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 359438
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.386 / Num. measured all: 17935 / Num. unique obs: 4649 / CC_1/2: 0.795 / R_pim(I) all: 0.229 / R_rim(I) all: 0.449 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 3.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→29.78 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2603	4516	4.95 %
R_work	0.2133	-	-
obs	0.2156	91256	95.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→29.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27930	0	12	16	27958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	28358
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.306	38497
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.348	3950
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	4612
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.023	5026

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.03	0.4281	139	0.3114	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.07	0.3314	142	0.293	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.11	0.341	153	0.2922	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.15	0.3615	175	0.2814	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.19	0.3463	168	0.2712	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.23	0.3371	152	0.2671	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.28	0.3108	159	0.2574	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.33	0.3189	179	0.2545	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.38	0.3539	179	0.2661	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.43	0.3147	160	0.2607	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.49	0.3367	69	0.298	1422	X-RAY DIFFRACTION	47
3.49-3.56	0.2631	164	0.2279	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.62	0.2763	134	0.218	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-3.7	0.2915	89	0.2412	1718	X-RAY DIFFRACTION	58
3.7-3.78	0.2865	149	0.2325	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-3.87	0.2744	156	0.2288	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-3.96	0.2689	97	0.224	1963	X-RAY DIFFRACTION	65
3.96-4.07	0.2934	152	0.2058	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-4.19	0.2572	149	0.2036	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-4.32	0.2254	175	0.2	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-4.48	0.2491	157	0.1864	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
4.48-4.66	0.2093	152	0.1797	3031	X-RAY DIFFRACTION	99
4.66-4.87	0.2072	165	0.1867	2988	X-RAY DIFFRACTION	100
4.87-5.12	0.2482	143	0.1944	3077	X-RAY DIFFRACTION	100
5.12-5.44	0.2605	168	0.2136	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
5.44-5.86	0.2722	157	0.2159	3060	X-RAY DIFFRACTION	100
5.86-6.44	0.2566	147	0.2167	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
6.44-7.36	0.2541	148	0.193	3085	X-RAY DIFFRACTION	100
7.36-9.23	0.1816	157	0.1508	3139	X-RAY DIFFRACTION	99
9.23-29.78	0.1899	182	0.1818	3235	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -38.0204 Å / Origin y: -57.0597 Å / Origin z: -10.9852 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1804 Å²	0.0054 Å²	0.0436 Å²	-	0.1391 Å²	0.0168 Å²	-	-	0.1749 Å²
L	0.1103 °²	0.0105 °²	-0.0498 °²	-	0.0065 °²	0.0247 °²	-	-	0.1287 °²
S	-0.0034 Å °	-0.0095 Å °	-0.0101 Å °	0.0297 Å °	-0.0052 Å °	0.0084 Å °	0.0294 Å °	0.0054 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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