PDB-8zrl: Crystal structure of methanol dehydrogenase2 from Bacillus methan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zrl

タイトル

Crystal structure of methanol dehydrogenase2 from Bacillus methanolicus complexed with an inhibitor

要素

NAD-dependent methanol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Methanol dehydrogenase / TypeIII alcohol dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

methanol dehydrogenase / methanol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus methanolicus MGA3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Ma, B.D. / Zhang, M.J. / Kong, X.D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of methanol dehydrogenase2 from Bacillus methanolicus complexed with an inhibitor
著者: Ma, B.D. / Kong, X.D.

履歴

登録	2024年6月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zrl.cif.gz	714.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zrl.ent.gz	590.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zrl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/8zrl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/8zrl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD-dependent methanol dehydrogenase

B: NAD-dependent methanol dehydrogenase

C: NAD-dependent methanol dehydrogenase

D: NAD-dependent methanol dehydrogenase

E: NAD-dependent methanol dehydrogenase

F: NAD-dependent methanol dehydrogenase

G: NAD-dependent methanol dehydrogenase

H: NAD-dependent methanol dehydrogenase

I: NAD-dependent methanol dehydrogenase

J: NAD-dependent methanol dehydrogenase

ヘテロ分子

424 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.571, 204.410, 258.145
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NAD-dependent methanol dehydrogenase 分子量: 41811.809 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus methanolicus MGA3 (バクテリア) 株: MGA3 / ATCC 53907 / 遺伝子: mdh2, BMMGA3_03335 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3E2P9, methanol dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 559.316 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium formate,0.1 M Bistris propane pH6.0 15% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→86.05 Å / Num. obs: 136650 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.915 / R_merge(I) obs: 0.355 / R_pim(I) all: 0.147 / R_rim(I) all: 0.294 / Χ²: 2.18 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.629 / Num. unique obs: 6650 / CC_1/2: 0.812

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→79.51 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2404	6804	4.99 %
R_work	0.1933	-	-
obs	0.1956	136469	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→79.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28470	0	370	712	29552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	29332
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.421	39832
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.592	4045
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.11	4732
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	5106

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.63	0.3238	242	0.2569	4258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.66	0.3313	211	0.2406	4258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.69	0.298	217	0.2384	4324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.73	0.282	224	0.2304	4245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.76	0.3074	216	0.2292	4280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.8	0.2952	232	0.2288	4277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.84	0.2982	221	0.2541	4287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.88	0.3285	207	0.2598	4305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.93	0.2895	257	0.2422	4208	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-2.98	0.3315	234	0.2321	4331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.03	0.2591	221	0.2229	4265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.08	0.2954	234	0.2231	4293	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.14	0.2744	242	0.2247	4252	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.21	0.2881	257	0.2253	4319	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.28	0.2935	233	0.2319	4235	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.35	0.2658	210	0.2301	4369	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.44	0.2661	194	0.225	4303	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.53	0.2595	238	0.2072	4312	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.63	0.2571	235	0.1971	4329	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.75	0.2551	241	0.1932	4261	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-3.88	0.2498	225	0.1816	4306	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.04	0.2189	227	0.1725	4333	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.22	0.1904	247	0.16	4325	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-4.45	0.1864	221	0.1518	4366	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-4.72	0.1612	223	0.149	4341	X-RAY DIFFRACTION	100
4.72-5.09	0.1908	218	0.1512	4371	X-RAY DIFFRACTION	100
5.09-5.6	0.221	216	0.1762	4431	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6-6.41	0.2284	217	0.1782	4424	X-RAY DIFFRACTION	100
6.41-8.08	0.1838	203	0.1544	4482	X-RAY DIFFRACTION	100
8.08-79.51	0.2088	241	0.1814	4575	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)