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- PDB-8wv3: NUDIX hydrolase from Bacillus methanolicus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wv3
タイトルNUDIX hydrolase from Bacillus methanolicus
要素ADP-ribose pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / NUDIX hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate pyrophosphatase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ADP-ribose pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus methanolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Ma, B.D. / Kong, X.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA0911000 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: ADP-ribose is a competitive inhibitor of methanol dehydrogenases from Bacillus methanolicus.
著者: Ma, B.D. / Li, J.Y. / Xu, J.H. / Yu, T. / Kong, X.D.
履歴
登録2023年10月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月12日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribose pyrophosphatase
B: ADP-ribose pyrophosphatase
C: ADP-ribose pyrophosphatase
D: ADP-ribose pyrophosphatase
E: ADP-ribose pyrophosphatase
F: ADP-ribose pyrophosphatase
G: ADP-ribose pyrophosphatase
H: ADP-ribose pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,23512
ポリマ－170,4598
非ポリマー7774
水6,900383
1
A: ADP-ribose pyrophosphatase
B: ADP-ribose pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6152
ポリマ－42,6152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16470 Å2
手法PISA
2
C: ADP-ribose pyrophosphatase
D: ADP-ribose pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7213
ポリマ－42,6152
非ポリマー1061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area16330 Å2
手法PISA
3
E: ADP-ribose pyrophosphatase
F: ADP-ribose pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0034
ポリマ－42,6152
非ポリマー3882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area17600 Å2
手法PISA
4
G: ADP-ribose pyrophosphatase
H: ADP-ribose pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8973
ポリマ－42,6152
非ポリマー2821
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area15560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.828, 96.884, 103.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
ADP-ribose pyrophosphatase


分子量: 21307.314 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus methanolicus (バクテリア)
遺伝子: act / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3EA59
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 5.2, 18% v/v Polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→65.79 Å / Num. obs: 102810 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 594778
反射 シェル解像度: 1.98→2.08 Å / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.833 / Num. measured all: 81436 / Num. unique obs: 13895 / CC1/2: 0.698 / Rpim(I) all: 0.369 / Rrim(I) all: 0.913 / Χ2: 0.61 / Net I/σ(I) obs: 2.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→34.13 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 5184 5.06 %
Rwork0.1985 --
obs0.2008 102409 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→34.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11004 0 45 383 11432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911192
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98315069
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.4261484
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641747
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091923
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-20.33951800.27793308X-RAY DIFFRACTION99
2-2.020.31971650.26823296X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.050.28081560.25453283X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.070.34121140.25852118X-RAY DIFFRACTION86
2.07-2.10.27391780.24192995X-RAY DIFFRACTION97
2.1-2.130.31171830.23533337X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.160.29371860.22293308X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.190.26451720.22743320X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.230.26751940.22923288X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.260.30381150.23822236X-RAY DIFFRACTION67
2.26-2.30.30021680.23213333X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.340.27881820.2243280X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.390.25892070.22413287X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.440.26741660.22943317X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.490.31142030.22023333X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.550.2761720.22123321X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.610.27541580.21773339X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.680.28721680.22843339X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.760.27581880.22823323X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.850.31271800.23243344X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.950.24131730.22913341X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.070.28841900.22733314X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.210.28621640.2273341X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.380.24411610.21083357X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.590.26391690.19843355X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.870.22162080.17713334X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.260.20261840.16393310X-RAY DIFFRACTION100
4.26-4.870.19471840.15343344X-RAY DIFFRACTION100
4.87-6.130.18851460.17283409X-RAY DIFFRACTION100
6.13-34.130.20661700.17373415X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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