PDB-8zuw: Crystal structure of Bacteroides thetaiotaomicron glutamate decar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zuw

タイトル

Crystal structure of Bacteroides thetaiotaomicron glutamate decarboxylase

要素

Glutamate decarboxylase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / glutamate decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate decarboxylase / glutamate decarboxylase activity / L-glutamate catabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Liu, S. / Yulu, W. / Guoming, D. / Boting, W. / Xin, F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Coordinated regulation of Bacteroides thetaiotaomicron glutamate decarboxylase activity by multiple motifs
著者: Liu, S. / Boting, W. / Xin, F.

履歴

登録	2024年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zuw.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zuw.ent.gz	883 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zuw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zuw_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zuw_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	8zuw_validation.xml.gz	109 KB	表示
CIF形式データ	8zuw_validation.cif.gz	142.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/8zuw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/8zuw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x4rC 7x52S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate decarboxylase

B: Glutamate decarboxylase

C: Glutamate decarboxylase

D: Glutamate decarboxylase

E: Glutamate decarboxylase

F: Glutamate decarboxylase

ヘテロ分子

330 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.228, 124.897, 109.622
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glutamate decarboxylase 分子量: 54913.844 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: DW780_22950, GAN91_24535, GAO51_14925 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0FKB9, glutamate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 717 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% (w/v) PEG3350/0.06M Citric acid/0.04 M BIS-Tris propane pH 4.1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: NFPSS

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: l,-k,h / Fraction: 0.12

反射

解像度: 2.44→50.15 Å / Num. obs: 100824 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.952 / CC star: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.196 / R_pim(I) all: 0.102 / R_rim(I) all: 0.222 / Χ²: 0.925 / Net I/σ(I): 3.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.44-2.48	2.5	0.334	4295	0.719	0.915	0.228	0.407	0.59	82.2
2.48-2.53	3	0.367	4928	0.711	0.912	0.233	0.438	0.562	93.9
2.53-2.58	3.6	0.379	5059	0.73	0.919	0.224	0.443	0.556	97.7
2.58-2.63	3.9	0.376	5072	0.761	0.93	0.211	0.434	0.583	98
2.63-2.69	4.2	0.376	5094	0.796	0.941	0.203	0.429	0.584	98
2.69-2.75	4.4	0.35	5104	0.841	0.956	0.184	0.397	0.635	98.3
2.75-2.82	4.4	0.343	5122	0.85	0.959	0.179	0.389	0.639	98
2.82-2.89	4.4	0.322	5110	0.87	0.965	0.168	0.365	0.69	97.9
2.89-2.98	4.4	0.312	5120	0.876	0.966	0.163	0.354	0.722	98.4
2.98-3.07	4.4	0.282	5101	0.892	0.971	0.148	0.32	0.808	97.8
3.07-3.18	4.1	0.261	4984	0.906	0.975	0.141	0.298	0.971	95.4
3.18-3.31	4.3	0.235	4935	0.926	0.981	0.124	0.267	1.064	94.7
3.31-3.46	4.7	0.216	5155	0.948	0.987	0.11	0.243	1.138	98.4
3.46-3.64	4.7	0.199	5187	0.954	0.988	0.101	0.224	1.192	98.6
3.64-3.87	4.6	0.184	5143	0.957	0.989	0.094	0.207	1.233	98.5
3.87-4.17	4.6	0.169	5124	0.963	0.991	0.087	0.191	1.201	98.1
4.17-4.59	4.3	0.151	5059	0.965	0.991	0.081	0.172	1.227	96.9
4.59-5.25	4.4	0.149	4951	0.968	0.992	0.078	0.169	1.224	94.4
5.25-6.62	4.8	0.157	5206	0.963	0.991	0.079	0.176	1.145	98.3
6.62-50	4.5	0.136	5075	0.976	0.994	0.069	0.153	1.123	94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.1_4122: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7X52

7x52

解像度: 2.46→50.15 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 429.22 / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2336	5272	5.23 %
R_work	0.1811	-	-
obs	0.1864	100781	95.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→50.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21828	0	40	717	22585

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	22454
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.057	30590
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.092	8086
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	3323
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	3903

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.5	0.3151	207	0.2469	3714	X-RAY DIFFRACTION	71
2.5-2.55	0.2717	241	0.2443	4617	X-RAY DIFFRACTION	88
2.55-2.6	0.2687	248	0.2406	4861	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6-2.65	0.279	291	0.2302	4790	X-RAY DIFFRACTION	92
2.65-2.71	0.2848	251	0.2219	4848	X-RAY DIFFRACTION	93
2.71-2.77	0.2441	277	0.2197	4883	X-RAY DIFFRACTION	93
2.77-2.84	0.2572	285	0.2154	4852	X-RAY DIFFRACTION	93
2.84-2.92	0.2811	221	0.2114	4893	X-RAY DIFFRACTION	94
2.92-3	0.2493	254	0.2119	4898	X-RAY DIFFRACTION	94
3-3.1	0.2382	253	0.2066	4865	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1-3.21	0.2663	279	0.1997	4780	X-RAY DIFFRACTION	91
3.21-3.34	0.2558	256	0.1957	4683	X-RAY DIFFRACTION	89
3.34-3.49	0.228	223	0.1856	4929	X-RAY DIFFRACTION	94
3.49-3.67	0.2213	287	0.174	4902	X-RAY DIFFRACTION	93
3.67-3.9	0.1943	220	0.1606	4953	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9-4.2	0.2061	230	0.1469	4935	X-RAY DIFFRACTION	94
4.2-4.63	0.1997	252	0.143	4841	X-RAY DIFFRACTION	92
4.63-5.3	0.1902	261	0.1474	4711	X-RAY DIFFRACTION	89
5.3-6.67	0.2466	306	0.1783	4915	X-RAY DIFFRACTION	93
6.67-50.15	0.2315	248	0.1757	4821	X-RAY DIFFRACTION	90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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