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- PDB-7x4r: Crystal structure of Bacteroides thetaiotaomicron glutamate decar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x4r
タイトルCrystal structure of Bacteroides thetaiotaomicron glutamate decarboxylase
要素Glutamate decarboxylase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / glutamate decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate decarboxylase / glutamate decarboxylase activity / L-glutamate catabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutamate decarboxylase / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liu, S. / Wang, Y. / Du, G. / Wen, B. / Xin, F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other governmentS2020JBKY-13 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Coordinated regulation of Bacteroides thetaiotaomicron glutamate decarboxylase activity by multiple motifs
著者: Liu, S. / Wen, B. / Xin, F.
履歴
登録2022年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate decarboxylase
B: Glutamate decarboxylase
C: Glutamate decarboxylase
D: Glutamate decarboxylase
E: Glutamate decarboxylase
F: Glutamate decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,2986
ポリマ－343,2986
非ポリマー00
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area49030 Å2
ΔGint-277 kcal/mol
Surface area82290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.064, 132.189, 109.892
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glutamate decarboxylase


分子量: 57216.395 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_2570 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A4M9, glutamate decarboxylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 15% PEG 3350, 6% pH4.0 TacsimateTM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.14
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 92291 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 0.962 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 376488
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.693.90.76393590.7670.4280.880.71597
2.69-2.840.55192610.8450.3030.6320.7697.3
2.8-2.934.20.44693330.9080.240.5090.79696.9
2.93-3.084.20.35591610.9240.1910.4050.89195.4
3.08-3.2840.2590440.9590.140.2880.98494.6
3.28-3.534.10.17890490.9760.0990.2051.11193.9
3.53-3.884.10.12589000.9860.070.1451.17692.9
3.88-4.453.90.08590950.9910.050.0991.15294.1
4.45-5.64.30.06794550.9930.0370.0771.0597.9
5.6-504.20.05996340.9940.0340.0680.9998.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PMM

1pmm


解像度: 2.6→48.65 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 57.92 / 位相誤差: 30.3 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 4870 5.28 %
Rwork0.1908 87546 -
obs0.1956 92265 95.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.28 Å2 / Biso mean: 57.9779 Å2 / Biso min: 19.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→48.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21848 0 0 302 22150
Biso mean---48.95 -
残基数----2750
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.630.33072460.2996398682
2.63-2.680.32522260.2891447392
2.68-2.730.29272070.2734443493
2.73-2.780.30182400.2667443392
2.78-2.850.31092280.2616442792
2.85-2.910.31212150.2638449592
2.91-2.980.32022290.259439891
2.98-3.060.2982270.2556440190
3.06-3.150.28272340.2432427590
3.15-3.260.26262120.2402435090
3.26-3.370.26052390.2141432989
3.37-3.510.24472270.2045429389
3.51-3.670.232300.1836425588
3.67-3.860.24152230.181423189
3.86-4.10.19262480.1628427088
4.1-4.420.18572630.1434436390
4.42-4.860.19422450.1459444792
4.86-5.570.20172420.1634454994
5.57-7.010.24092730.1868457694
7.01-48.650.17582650.1624456192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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