PDB-8zus: Crystal structure of the F99S/M153T/V163A/T203V variant of GFP at...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zus

タイトル

Crystal structure of the F99S/M153T/V163A/T203V variant of GFP at pH 7.5

要素

Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / GREEN FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Takeda, R. / Takeda, K.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Structural characterization of green fluorescent protein in the I-state.
著者: Takeda, R. / Tsutsumi, E. / Okatsu, K. / Fukai, S. / Takeda, K.

履歴

登録	2024年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月18日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zus.cif.gz	131.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zus.ent.gz	96.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/8zus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/8zus	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zupC 8zuqC 8zurC 8zutC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.51093/xrd-00354

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

ヘテロ分子

25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.720, 62.236, 68.343
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 25841.984 Da / 分子数: 1 / 変異: F99S,M153T,V163A,T203V / 由来タイプ: 組換発現詳細: Q80R was caused by a PCR error in the early study (Chalfie, M. et al., Science, 1994) 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.06 %
結晶化	温度: 308 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PEG 4000, magnesium chloride, MES-NaOH buffer (pH 5.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.7 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→46.02 Å / Num. obs: 68343 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.73 % / B_iso Wilson estimate: 9.22 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_rim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.2→1.27 Å / 冗長度: 6.34 % / R_merge(I) obs: 0.613 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 10858 / CC_1/2: 0.841 / R_rim(I) all: 0.668 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→46.02 Å / SU ML: 0.1197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.6978
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1653	3419	5 %
R_work	0.1327	64908	-
obs	0.1343	68327	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→46.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1823	0	2	519	2344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	2138
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9844	2939
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	316
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	392
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2876	864

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.22	0.2473	150	0.2198	2598	X-RAY DIFFRACTION	98.14
1.22-1.23	0.2456	131	0.2062	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.23-1.25	0.2403	150	0.1887	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.25-1.27	0.234	145	0.1825	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.27-1.3	0.205	127	0.1757	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3-1.32	0.1968	137	0.1578	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.35	0.2058	138	0.1587	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.35-1.37	0.1785	149	0.1497	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.37-1.4	0.1979	134	0.1471	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.4-1.44	0.1846	147	0.1484	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.44-1.47	0.1939	139	0.1452	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.51	0.1816	156	0.1398	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.56	0.1831	152	0.1389	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.56-1.61	0.1781	134	0.1272	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.66	0.15	149	0.1214	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.73	0.1744	152	0.119	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.81	0.1432	139	0.1166	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.9	0.1433	158	0.118	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-2.02	0.1434	127	0.1126	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.18	0.1342	121	0.1153	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.4	0.1377	153	0.1224	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.75	0.1544	121	0.1309	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-3.46	0.1396	157	0.1228	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-46.02	0.1773	153	0.1283	2914	X-RAY DIFFRACTION	99.64

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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