PDB-8zur: Crystal structure of the F99S/M153T/V163A/T203V/E222Q variant of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zur

タイトル

Crystal structure of the F99S/M153T/V163A/T203V/E222Q variant of GFP at pH 5.0

要素

Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / GREEN FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Takeda, R. / Takeda, K.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Structural characterization of green fluorescent protein in the I-state.
著者: Takeda, R. / Tsutsumi, E. / Okatsu, K. / Fukai, S. / Takeda, K.

履歴

登録	2024年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月18日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zur.cif.gz	129.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zur.ent.gz	96 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zur.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/8zur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/8zur	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zupC 8zuqC 8zusC 8zutC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.51093/xrd-00353

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

ヘテロ分子

25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.500, 57.790, 68.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 25841.000 Da / 分子数: 1 / 変異: F99S,M153T,V163A,T203V,E222Q / 由来タイプ: 組換発現詳細: Q80R was caused by a PCR error in the early study (Chalfie, M. et al., Science, 1994) 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.79 %
結晶化	温度: 308 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PEG 4000, magnesium chloride, MES-NaOH buffer (pH 5.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.7 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→44.22 Å / Num. obs: 64730 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.71 % / B_iso Wilson estimate: 11.34 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 10.78
反射シェル	解像度: 1.2→1.27 Å / 冗長度: 6.42 % / R_merge(I) obs: 0.798 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 9968 / CC_1/2: 0.77 / R_rim(I) all: 0.869 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→41.2 Å / SU ML: 0.1057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.2979
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1662	3226	4.98 %
R_work	0.1287	61494	-
obs	0.1305	64720	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→41.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1816	0	2	406	2224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0141	2106
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.343	2895
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1139	317
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0121	386
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3337	829

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.22	0.2571	137	0.2041	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.22-1.24	0.2221	135	0.1975	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.24-1.26	0.1927	138	0.1808	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.26-1.28	0.2198	136	0.1701	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.28-1.3	0.2233	130	0.1659	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3-1.33	0.2255	137	0.1639	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.35	0.1904	142	0.1565	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.35-1.38	0.1935	153	0.1595	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.38-1.42	0.2031	138	0.1414	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.1906	139	0.1314	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.49	0.1757	146	0.1183	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.53	0.1604	140	0.1115	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.58	0.1513	145	0.1143	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.58-1.64	0.1704	152	0.1096	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.71	0.1391	131	0.1131	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.78	0.1529	157	0.1174	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.88	0.154	145	0.1126	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.88-2	0.1186	123	0.106	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.15	0.1516	111	0.1098	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.37	0.1594	165	0.1231	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.71	0.1897	122	0.1284	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-3.41	0.148	152	0.1278	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-41.2	0.1644	152	0.1344	2870	X-RAY DIFFRACTION	99.83

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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