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- PDB-8zul: Crystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with compound 8m -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zul
タイトルCrystal Structure of Human Myt1 Kinase domain Bounded with compound 8m
要素Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
キーワードGENE REGULATION / protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of mitotic nuclear division / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity ...negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of mitotic nuclear division / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity / mitotic cell cycle / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine/threonine-protein kinase, Cdc2 inhibitor / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.80026162696 Å
データ登録者Zhang, Z.M. / Zhou, Z.Q.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Drug Design of 2-Amino-[1,1'-biphenyl]-3-carboxamide Derivatives as Selective PKMYT1 Inhibitors for the Treatment of CCNE1 -Amplified Breast Cancer.
著者: Wang, C. / Fang, Y. / Zhou, Z. / Liu, Z. / Feng, F. / Wan, X. / Li, Y. / Liu, S. / Ding, J. / Zhang, Z.M. / Xie, H. / Lu, X.
履歴
登録2024年6月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1292
ポリマ－31,7111
非ポリマー4181
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.801, 55.834, 58.633
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-700-

HOH

21A-707-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase / Myt1 kinase


分子量: 31711.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKMYT1, MYT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99640, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1D84 / 2-azanyl-5-[2-[(3~{R})-3-azanylpyrrolidin-1-yl]pyridin-4-yl]-3-(2,6-dimethyl-3-oxidanyl-phenyl)benzamide


分子量: 417.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.8 M Ammonium sulfate,100 mM Sodium citrate,pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.73 Å / Num. obs: 31010 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 24.3348878612 Å2 / CC1/2: 0.488 / Net I/σ(I): 2.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.865 Å / Num. unique obs: 31010 / CC1/2: 0.488

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P1A

3p1a


解像度: 1.80026162696→48.7268528655 Å / SU ML: 0.173597198741 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36879648888 / 位相誤差: 22.5700514482
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21916359869 1986 6.4066582793 %
Rwork0.185853061644 29013 -
obs0.187966331096 30999 99.7169234728 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.6865695572 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.80026162696→48.7268528655 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2176 0 0 210 2386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01052579559032229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.213235143663019
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0634629364473317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00634847394285396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3767709317822
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8003-1.84530.3233954734341300.2410677016881999X-RAY DIFFRACTION97.3479652492
1.8453-1.89520.2491530421161460.2035632902792025X-RAY DIFFRACTION99.9539594843
1.8952-1.95090.2397034032741390.1916451073272046X-RAY DIFFRACTION99.9542543458
1.9509-2.01390.2381226415581400.1927861116822048X-RAY DIFFRACTION100
2.0139-2.08590.2691075894431360.1888142794872056X-RAY DIFFRACTION100
2.0859-2.16940.2546676181481490.1911369849762059X-RAY DIFFRACTION100
2.1694-2.26810.2195556870211410.1851252431962052X-RAY DIFFRACTION100
2.2681-2.38770.2251343041061370.1851198149582050X-RAY DIFFRACTION100
2.3877-2.53730.2654088310831470.1894671441632087X-RAY DIFFRACTION100
2.5373-2.73320.2246707898831420.190850854962046X-RAY DIFFRACTION100
2.7332-3.00820.2533249634791450.1981067920392090X-RAY DIFFRACTION100
3.0082-3.44340.2228131736521420.1811531611722107X-RAY DIFFRACTION100
3.4434-4.33790.1618137928611420.162132X-RAY DIFFRACTION99.9121265378
4.3379-48.720.1929262136841500.1913052223992216X-RAY DIFFRACTION98.9130434783
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.40318473112-0.1916556403610.8207778566310.376128972114-0.4769500379352.27171417532-0.04011225393810.2765853024910.259839325052-0.0166877557905-0.04053516950110.0170213971014-0.2695634591610.2281701572140.05321602431440.244829684426-0.0546367228347-0.02139431464780.2037955182220.04428443911530.251086498492-13.40386977318.2985613936-23.9964719301
21.65790901240.594569188239-0.441460375012.602493033940.1743726190151.745680021690.08878937414610.04195007835730.0306757435602-0.108375332039-0.121742052862-0.0580736874721-0.08828533196990.08609707656310.01294356514660.139427248604-0.01335259599480.01983716712420.144578075778-0.0150470292060.141956667322-18.34173981961.15751734649-10.2913710407
30.8450940986770.248675781139-0.04769195820321.714739045830.4781549245231.638534847850.0382592475998-0.0474247417635-0.09211006045050.107438383297-0.0462266004555-0.1588940378940.08898716236940.06965620704460.01110100946150.181122989138-0.0229378194434-0.00459528328970.1764261190870.005926760776030.169510409165-21.0800134159-9.72413418558-3.78611184212
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 75 through 188 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 189 through 284 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 285 through 361 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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